2ey4

Crystal Structure of a Cbf5-Nop10-Gar1 Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable tRNA pseudouridine synthase B

Pyrococcus furiosus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	small nucleolar rnp similar to gar1 × 1 Ribosome biogenesis protein Nop10 × 1 （Q8U1R4） ZINC ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	small nucleolar rnp similar to gar1 × 1 Ribosome biogenesis protein Nop10 × 1 （Q8U1R4） ZINC ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	small nucleolar rnp similar to gar1 × 2 Ribosome biogenesis protein Nop10 × 2 （Q8U1R4） ZINC ION × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRUB_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–333； UniProt 1–333 作者链 B； PDB构建体 1–333； UniProt 1–333

Ribosome biogenesis protein Nop10

Pyrococcus furiosus

UniProt Q8U1R4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Probable tRNA pseudouridine synthase B × 1 （Q7LWY0） small nucleolar rnp similar to gar1 × 1 ZINC ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Probable tRNA pseudouridine synthase B × 1 （Q7LWY0） small nucleolar rnp similar to gar1 × 1 ZINC ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Probable tRNA pseudouridine synthase B × 2 （Q7LWY0） small nucleolar rnp similar to gar1 × 2 ZINC ION × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NOP10_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55 作者链 F； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ey4
沉积日期 deposition_date	2005-11-09
结构标题 title	Crystal Structure of a Cbf5-Nop10-Gar1 Complex
关键词 keywords	;Trimeric complex, Structural Genomics, PSI, Protein Structure Initiative, Southeast Collaboratory for Structural Genomics, SECSG, ISOMERASE-BIOSYNTHETIC PROTEIN COMPLEX ;; ISOMERASE/BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ey4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ey4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ey4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.80 Å
Rg（电子密度）	26.13 Å
总 Rg	26.84 Å
原子数	3643
残基数	454
排除体积	65898 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2ey4__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2ey4__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2ey4__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Probable tRNA pseudouridine synthase B
分子量 formula_weight	37664.0 kDa
EC 编号 ec_number	5.4.99.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7456

MARDEVRRILPADIKREVLIKDENAETNPDWGFPPEKRPIEMHIQFGVINLDKPPGPTSHEVVAWIKKILNLEKAGHGGTLDPKVSGVLPVALEKATRVVQALLPAGKEYVALMHLHGDVPEDKIIQVMKEFEGEIIQRPPLRSAVKRRLRTRKVYYIEVLEIEGRDVLFRVGVEAGTYIRSLIHHIGLALGVGAHMSELRRTRSGPFKEDETLITLHDLVDYYYFWKEDGIEEYFRKAIQPMEKAVEHLPKVWIKDSAVAAVTHGADLAVPGIAKLHAGIKRGDLVAIMTLKDELVALGKAMMTSQEMLEKTKGIAVDVEKVFMPRDWYPKL

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	small nucleolar rnp similar to gar1
分子量 formula_weight	9505.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MEKQGEKMKRLGKVLHYAKQGFLIVRTNWVPSLNDRVVDKRLQFVGIVKDVFGPVKMPYVAIKPKVSNPEIYVGEVLYVDER

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ribosome biogenesis protein Nop10
分子量 formula_weight	6640.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MRFRIRKCPKCGRYTLKEVCPVCGEKTKVAHPPRFSPEDPYGEYRRRWKREVLGI

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	176

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d2ey4a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.122 — PUA domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.122.1 — PUA domain-like
家族 Family family	b.122.1.1 — PUA domain

结构域编号 domain_id	d2ey4a2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.265 — Pseudouridine synthase
超家族 Superfamily superfamily	d.265.1 — Pseudouridine synthase
家族 Family family	d.265.1.2 — Pseudouridine synthase II TruB

结构域编号 domain_id	d2ey4b1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.122 — PUA domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.122.1 — PUA domain-like
家族 Family family	b.122.1.1 — PUA domain

结构域编号 domain_id	d2ey4b2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.265 — Pseudouridine synthase
超家族 Superfamily superfamily	d.265.1 — Pseudouridine synthase
家族 Family family	d.265.1.2 — Pseudouridine synthase II TruB

结构域编号 domain_id	d2ey4c1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.3 — Translation proteins
家族 Family family	b.43.3.5 — Gar1-like SnoRNP

结构域编号 domain_id	d2ey4d_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.3 — Translation proteins
家族 Family family	b.43.3.5 — Gar1-like SnoRNP

结构域编号 domain_id	d2ey4e1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.16 — Nop10-like SnoRNP
家族 Family family	g.41.16.1 — Nucleolar RNA-binding protein Nop10-like

结构域编号 domain_id	d2ey4f_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.16 — Nop10-like SnoRNP
家族 Family family	g.41.16.1 — Nucleolar RNA-binding protein Nop10-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2ey4A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	130 — Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PUA domain

结构域编号 domain_id	2ey4A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2350 — Pseudouridine synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pseudouridine synthase

结构域编号 domain_id	2ey4B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	130 — Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PUA domain

结构域编号 domain_id	2ey4B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2350 — Pseudouridine synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pseudouridine synthase

结构域编号 domain_id	2ey4C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Probable tRNA pseudouridine synthase domain

结构域编号 domain_id	2ey4D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Probable tRNA pseudouridine synthase domain

结构域编号 domain_id	2ey4E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10

结构域编号 domain_id	2ey4F00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10

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晶胞边长 a length_a	36.087 Å
晶胞边长 b length_b	75.361 Å
晶胞边长 c length_c	103.240 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	95.90 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.90 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	94.99 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.110 Å
最低分辨率 resolution_low	39.970 Å
R 因子 r_factor	0.2110
R_work r_work	0.2110
R_free r_free	0.2550

Crystal Structure of a Cbf5-Nop10-Gar1 Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable tRNA pseudouridine synthase B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ribosome biogenesis protein Nop10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ey4__assembly_1__model_1

2ey4__assembly_1__model_1 | I(q)

2ey4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of a Cbf5-Nop10-Gar1 Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable tRNA pseudouridine synthase B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribosome biogenesis protein Nop10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ey4__assembly_1__model_1

2ey4__assembly_1__model_1 | I(q)

2ey4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)