SAXSdb — 2f15

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'-AMP-activated protein kinase, beta-2 subunit ;

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 69–163	片段：Glycogen-Binding Domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；27% MPD, 0.1 M Hepes, pH 7.5, 0.2 M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.296

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2F15	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2V8Q Crystal structure of the regulatory fragment of mammalian AMPK in complexes with AMP 提交 2007-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 187–272（86 aa）片段：RESIDUES 187-272	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.237
2V92 Crystal structure of the regulatory fragment of mammalian AMPK in complexes with ATP-AMP 提交 2007-08-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 187–272（86 aa）片段：RESIDUES 187-272	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
2V9J Crystal structure of the regulatory fragment of mammalian AMPK in complexes with Mg.ATP-AMP 提交 2007-08-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 187–272（86 aa）片段：RESIDUES 187-272	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.53 Å R-free 0.266
2Y8L Structure of the regulatory fragment of mammalian aMPK in complex with two ADP 提交 2011-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 187–272（86 aa）片段：RESIDUES 187-272	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.253
2Y8Q Structure of the regulatory fragment of mammalian AMPK in complex with one ADP 提交 2011-02-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 187–272（86 aa）片段：RESIDUES 187-272	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
2YA3 STRUCTURE OF THE REGULATORY FRAGMENT OF MAMMALIAN AMPK IN COMPLEX WITH COUMARIN ADP 提交 2011-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 187–272（86 aa）片段：RESIDUES 187-272	未记录	J7V 3'-(7-diethylaminocoumarin-3-carbonylamino)-3'-deoxy-ADP × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.51 Å R-free 0.263
4CFH Structure of an active form of mammalian AMPK 提交 2013-11-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 187–272（86 aa）片段：RESIDUES 187-272	未记录	STU STAUROSPORINE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING DROP METHOD WITH RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 8% ISOPROPANOL AND 5% MPD AS PRECIPITANT IN 0.1M TRIS AT PH 7.5 AT 18 DEGREES.	分辨率 3.24 Å R-free 0.268
4EAI Co-crystal structure of an AMPK core with AMP 提交 2012-03-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 189–272（84 aa）片段：UNP residues 189-272	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.26；298 K；MES, 16% IPP, 1% 1,4-butanediol, pH 6.26, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 K	分辨率 2.29 Å R-free 0.252
4EAJ Co-crystal of AMPK core with AMP soaked with ATP 提交 2012-03-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 189–272（84 aa）片段：UNP residues 189-272	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.26；298 K；MES pH 6.26, 16% IPP, 1% 1,4-butanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 K	分辨率 2.61 Å R-free 0.258
4RER Crystal structure of the phosphorylated human alpha1 beta2 gamma1 holo-AMPK complex bound to AMP and cyclodextrin 提交 2014-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 76–272（197 aa）片段：Human AMPK beta2 subunit [A76-I272]	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；12% PEG 4000,0.1 M HEPES, pH7.8, 10% 2-propanol (v/v) and 0.19 mM 7-cyclohexyl-1-heptyl-D-maltoside, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 4.05 Å R-free 0.260
4REW Crystal structure of the non-phosphorylated human alpha1 beta2 gamma1 holo-AMPK complex 提交 2014-09-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 76–272（197 aa）片段：Human AMPK beta2 subunit [A76-I272]	未记录	STU STAUROSPORINE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；293 K；0.1 M N-acetamido-iminodiacetic acid, pH 6.8, 9% 2-methyl-2,4-pentanediol, and 11.5 mM C-HEGA, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 4.58 Å R-free 0.259
6B2E Structure of full length human AMPK (a2b2g1) in complex with a small molecule activator SC4. 提交 2017-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–272（272 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 1 CG7 5-{[6-chloro-5-(2'-hydroxy[1,1'-biphenyl]-4-yl)-1H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-yl]oxy}-2-methylbenzoic acid × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；6-8% PEG 3350, 0.1 M MgCl2, 0.001% cocamidopropyl betaine and 0.1 M imidazole	分辨率 3.80 Å R-free 0.277
7JHG Cryo-EM structure of ATP-bound fully inactive AMPK in complex with Dorsomorphin (Compound C) and Fab-nanobody 提交 2020-07-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 75–272（198 aa）	未记录	TAK 6-[4-(2-piperidin-1-ylethoxy)phenyl]-3-pyridin-4-ylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.47 Å
7JHH Cryo-EM structure of ATP-bound fully inactive AMPK in complex with Fab and nanobody 提交 2020-07-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 75–272（198 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.92 Å
7JIJ ATP-bound AMP-activated protein kinase 提交 2020-07-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 76–272（197 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M tri-lithium citrate,10% w/v PEG3350, pH7.5,0.01 M barium chloride	分辨率 5.50 Å R-free 0.323
7M74 ATP-bound AMP-activated protein kinase 提交 2021-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 76–272（197 aa）	未记录	TAK 6-[4-(2-piperidin-1-ylethoxy)phenyl]-3-pyridin-4-ylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.93 Å

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AAKB2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–96； UniProt 69–163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2f15
沉积日期 deposition_date	2005-11-14
结构标题 title	Glycogen-Binding Domain Of The Amp-Activated Protein Kinase beta2 Subunit
关键词 keywords	;BETA SANDWICH, FATTY ACID BIOSYNTHESIS, LIPID SYNTHESIS, PHOSPHORYLATION, STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM, SGC, SUGAR BINDING PROTEIN ;; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.79 Å
零角强度 I(0) i0	2083480.00
分子量 molecular_weight	10134.0 kDa
排除体积 excluded_volume	12794 Å³
包络体积 envelope_volume	14867 Å³
水化壳体积 shell_volume	9835 Å³
包络直径 envelope_diameter	51.8 Å
壳层 Rg shell_rg	18.59 Å
包络 Rg envelope_rg	14.38 Å
形状 Rg shape_rg	13.79 Å
总 Rg total_rg	14.94 Å
总原子数 total_atoms	721
残基数 n_residues	89
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	53.8 Å
Rg (实空间) rg_real	14.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0830e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4140e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2083000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8450
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.324
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.155
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	284500.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.693; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.906; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2f15a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.21 — AMPK-beta glycogen binding domain-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2f15A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.723 Å
晶胞边长 b length_b	69.723 Å
晶胞边长 c length_c	118.491 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	19.750 Å
R 因子 r_factor	0.2392
R_work r_work	0.2366
R_free r_free	0.2961

描述 description	;5'-AMP-activated protein kinase, beta-2 subunit ;
分子量 formula_weight	10865.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	754

Glycogen-Binding Domain Of The Amp-Activated Protein Kinase beta2 Subunit

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'-AMP-activated protein kinase, beta-2 subunit ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	33

fit	/app/data/saxs_computation/f1/2f15/2f15.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f1/2f15/2f15.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f1/2f15/2f15.dat