SAXSdb — 2f6a

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Collagen adhesin

Staphylococcus aureus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 30–330 链 C； UniProt 30–330	片段：extracellular domain	Collagen × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.35；295 K；0.8 M ammonium sulfate, 0.5 M sodium acetate, PH 6.5, pH 7.35, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.29 Å R-free 0.308
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 30–330 链 D； UniProt 30–330	片段：extracellular domain	Collagen × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.35；295 K；0.8 M ammonium sulfate, 0.5 M sodium acetate, PH 6.5, pH 7.35, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.29 Å R-free 0.308
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 30–330 链 B； UniProt 30–330 链 C； UniProt 30–330 链 D； UniProt 30–330	片段：extracellular domain	Collagen × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.35；295 K；0.8 M ammonium sulfate, 0.5 M sodium acetate, PH 6.5, pH 7.35, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.29 Å R-free 0.308

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2F6A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AMX COLLAGEN-BINDING DOMAIN FROM A STAPHYLOCOCCUS AUREUS ADHESIN 提交 1997-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 151–318（168 aa）片段：CBD (151 - 318)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.7	分辨率 2.00 Å R-free 0.249
1D2O CRYSTAL STRUCTURE OF A SINGLE B REPEAT UNIT (B1) OF COLLAGEN BINDING SURFACE PROTEIN (CNA) OF STAPHYLOCOCCUS AUREUS. 提交 1999-09-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 533–719（187 aa）片段：SINGLE B REPEAT UNIT 链 B 533–719（187 aa）片段：SINGLE B REPEAT UNIT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；Ammonium sulfate, Succinic acid buffer, BOG , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.256
1D2P CRYSTAL STRUCTURE OF TWO B REPEAT UNITS (B1B2) OF THE COLLAGEN BINDING PROTEIN (CNA) OF STAPHYLOCOCCUS AUREUS 提交 1999-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 533–905（373 aa）片段：B REPEAT REGIONS	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG6000, Calcium chloride, sodium cacodylate , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.245
2F68 Crystal structure of collagen adhesin (CNA) from S. aureus 提交 2005-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 30–334（305 aa）片段：Extracellular domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；3.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M NaCl, 0.05 M Hepes, PH. 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.95 Å R-free 0.253

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CNA_STAAU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–303； UniProt 30–330 作者链 B； PDB构建体 3–303； UniProt 30–330 作者链 C； PDB构建体 3–303； UniProt 30–330 作者链 D； PDB构建体 3–303； UniProt 30–330

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2f6a
沉积日期 deposition_date	2005-11-28
结构标题 title	Collagen Adhesin and Collagen Complex Structure
关键词 keywords	CNA, Collagen, MSCRAMM, Adhesion, ECM, CELL ADHESION-STRUCTURAL PROTEIN COMPLEX; CELL ADHESION/STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.21 Å
零角强度 I(0) i0	352794000.00
分子量 molecular_weight	147420.0 kDa
排除体积 excluded_volume	182330 Å³
包络体积 envelope_volume	269960 Å³
水化壳体积 shell_volume	56988 Å³
包络直径 envelope_diameter	153.8 Å
壳层 Rg shell_rg	44.28 Å
包络 Rg envelope_rg	40.95 Å
形状 Rg shape_rg	41.14 Å
总 Rg total_rg	41.61 Å
总原子数 total_atoms	10394
残基数 n_residues	1331
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	139.9 Å
Rg (实空间) rg_real	41.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	352800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8689
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	51.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.413
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.228
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22240000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.809; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.865

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Collagen adhesin
分子量 formula_weight	33131.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	10394

GSARDISSTNVTDLTVSPSKIEDGGKTTVKMTFDDKNGKIQNGDMIKVAWPTSGTVKIEGYSKTVPLTVKGEQVGQAVITPDGATITFNDKVEKLSDVSGFAEFEVQGRNLTQTNTSDDKVATITSGNKSTNVTVHKSEAGTSSVFYYKTGDMLPEDTTHVRWFLNINNEKSYVSKDITIKDQIQGGQQLDLSTLNINVTGTHSNYYSGQSAITDFEKAFPGSKITVDNTKNTIDVTIPQGYGSYNSFSINYKTKITNEQQKEFVNNSQAWYQEHGKEEVNGKSFNHTVHNINANAGIEGTVK

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Collagen
分子量 formula_weight	2783.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H,I,J

GPPGPPGPPGPPGPRGRTGPPGPPGPPGPP

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2f6aA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1280 —

结构域编号 domain_id	2f6aA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	740 —

结构域编号 domain_id	2f6aB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1280 —

结构域编号 domain_id	2f6aB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	740 —

结构域编号 domain_id	2f6aC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1280 —

结构域编号 domain_id	2f6aC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	740 —

结构域编号 domain_id	2f6aD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1280 —

结构域编号 domain_id	2f6aD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	740 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	90.547 Å
晶胞边长 b length_b	193.820 Å
晶胞边长 c length_c	205.189 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.290 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2548
R_work r_work	0.2519
R_free r_free	0.3080

fit	/app/data/saxs_computation/f6/2f6a/2f6a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f6/2f6a/2f6a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f6/2f6a/2f6a.dat

Collagen Adhesin and Collagen Complex Structure

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Collagen adhesin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)