SAXSdb — 2f93

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sensory rhodopsin II

Natronomonas pharaonis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Sensory rhodopsin II transducer × 2 （P42259） octyl beta-D-glucopyranoside × 2 RETINAL × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BACS2_NATPH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–238； UniProt 2–239

Sensory rhodopsin II transducer

Natronomonas pharaonis

UniProt P42259

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Sensory rhodopsin II × 2 （P42196） octyl beta-D-glucopyranoside × 2 RETINAL × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HTR2_NATPH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–113； UniProt 3–114

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2f93
沉积日期 deposition_date	2005-12-05
结构标题 title	K Intermediate Structure of Sensory Rhodopsin II/Transducer Complex in Combination with the Ground State Structure
关键词 keywords	MENBRANE PROTEIN COMPLEX, SIGNAL TRANSDUCTION, PHOTOCYCLE STATE, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2f93__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2f93__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2f93__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.99 Å
Rg（电子密度）	27.54 Å
总 Rg	28.41 Å
原子数	4082
残基数	542
排除体积	75477 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2f93__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	2	`2f93__assembly_1__model_2`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sensory rhodopsin II
分子量 formula_weight	26534.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4150

VGLTTLFWLGAIGMLVGTLAFAWAGRDAGSGERRYYVTLVGISGIAAVAYVVMALGVGWVPVAERTVFAPRYIDWILTTPLIVYFLGLLAGLDSREFGIVITLNTVVMLAGFAGAMVPGIERYALFGMGAVAFLGLVYYLVGPMTESASQRSSGIKSLYVRLRNLTVILWAIYPFIWLLGPPGVALLTPTVDVALIVYLDLVTKVGFGFIALDAAATLRAEHGESLAGVDTDAPAVADENSHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Natronomonas pharaonis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2257
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Sensory rhodopsin II transducer
分子量 formula_weight	12548.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ALNVSRLLLPSRVRHSYTGKMGAVFIFVGALTVLFGAIAYGEVTAAAATGDAAAVQEAAVSAILGLIILLGINLGLVAATLGGDTAASLSTLAAKASRMGDGDLDVELETRRENSHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Natronomonas pharaonis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2257
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	octyl beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	292.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	RETINAL
分子量 formula_weight	284.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	35

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2f93a_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.13 — Class A G protein-coupled receptor (GPCR)-like
超家族 Superfamily superfamily	f.13.1 — Class A G protein-coupled receptor (GPCR)-like
家族 Family family	f.13.1.1 — Bacteriorhodopsin-like

结构域编号 domain_id	d2f93b1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamily	f.17.4 — Htr2 transmembrane domain-like
家族 Family family	f.17.4.1 — Htr2 transmembrane domain-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2f93A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

结构域编号 domain_id	2f93B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	470 — Helix hairpin bin

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晶胞边长 a length_a	124.340 Å
晶胞边长 b length_b	47.030 Å
晶胞边长 c length_c	53.820 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	34.060 Å
R 因子 r_factor	0.2180
R_work r_work	0.2180
R_free r_free	0.2450

K Intermediate Structure of Sensory Rhodopsin II/Transducer Complex in Combination with the Ground State Structure

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sensory rhodopsin II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Sensory rhodopsin II transducer

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2f93__assembly_1__model_1

2f93__assembly_1__model_1 | I(q)

2f93__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (2)

K Intermediate Structure of Sensory Rhodopsin II/Transducer Complex in Combination with the Ground State Structure

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sensory rhodopsin II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Sensory rhodopsin II transducer

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2f93__assembly_1__model_1

2f93__assembly_1__model_1 | I(q)

2f93__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (2)