9h1w

Grouped 150-240 ms dark structure of sensory rhodopsin-II solved by serial millisecond crystallography

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 60.7 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9h1w
沉积日期 deposition_date	2024-10-10
最后修订 last_revision	2025-04-30
结构标题 title	Grouped 150-240 ms dark structure of sensory rhodopsin-II solved by serial millisecond crystallography
关键词 keywords	;SRII, serial millisecond crystallography, sensory rhodopsin, sensory rhodopsin II, SMX, SSX, Time-resolved crystallography, TRX, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.89 Å
零角强度 I(0) i0	8324330.00
分子量 molecular_weight	27201.0 kDa
排除体积 excluded_volume	36683 Å³
包络体积 envelope_volume	40348 Å³
水化壳体积 shell_volume	18688 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.1 Å
壳层 Rg shell_rg	24.46 Å
包络 Rg envelope_rg	18.24 Å
形状 Rg shape_rg	17.84 Å
总 Rg total_rg	19.34 Å
总原子数 total_atoms	1918
残基数 n_residues	212
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.7 Å
Rg (实空间) rg_real	19.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.3240e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.6830e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8324000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9016
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.239
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.453
角度范围 angular_range	— – 0.4150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1938000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.989

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Sensory rhodopsin-2
分子量 formula_weight	26666.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1951

MVGLTTLFWLGAIGMLVGTLAFAWAGRDAGSGERRYYVTLVGISGIAAVAYVVMALGVGWVPVAERTVFAPRYIDWILTTPLIVYFLGLLAGLDSREFGIVITLNTVVMLAGFAGAMVPGIERYALFGMGAVAFLGLVYYLVGPMTESASQRSSGIKSLYVRLRNLTVILWAIYPFIWLLGPPGVALLTPTVDVALIVYLDLVTKVGFGFIALDAAATLRAEHGESLAGVDTDAPAVADENSHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Natronomonas pharaonis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2257
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	RETINAL
分子量 formula_weight	284.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	octyl beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	292.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 non-polymer

描述 description	[(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	33

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	89.750 Å
晶胞边长 b length_b	131.750 Å
晶胞边长 c length_c	51.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	44.880 Å
R 因子 r_factor	0.2158
R_work r_work	0.2157
R_free r_free	0.2185

fit	/app/data/saxs_computation/h1/9h1w/9h1w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h1/9h1w/9h1w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h1/9h1w/9h1w.dat