2fir

Crystal structure of DFPR-VIIa/sTF

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 115.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coagulation factor VII Light chain

Homo sapiens

UniProt P08709

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 213–466 链 L; UniProt 61–202 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Tissue factor × 1 (P13726) GLC alpha-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 CA CALCIUM ION × 6 0G7 D-phenylalanyl-N-[(3S)-6-carbamimidamido-1-chloro-2-oxohexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293 K;20% PEG 4000, 100 mM magnesium chloride, 200 mM sodium chloride, 10 mM calcium chloride, 20 uM zinc chloride , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 113 个其他 PDB 条目、123 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FA7_HUMAN
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–142; UniProt 61–202 作者链 H; PDB构建体 1–254; UniProt 213–466

Tissue factor

Homo sapiens

UniProt P13726

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 T; UniProt 38–242 未记录 Coagulation factor VII Light chain × 1 (P08709) Coagulation factor VII Heavy Chain (EC 3.4.21.21) × 1 (P08709) GLC alpha-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 CA CALCIUM ION × 6 0G7 D-phenylalanyl-N-[(3S)-6-carbamimidamido-1-chloro-2-oxohexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293 K;20% PEG 4000, 100 mM magnesium chloride, 200 mM sodium chloride, 10 mM calcium chloride, 20 uM zinc chloride , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 52 个其他 PDB 条目、56 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TF_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 T; PDB构建体 1–205; UniProt 38–242

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2fir

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2fir
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2fir
沉积日期 deposition_date2005-12-30
结构标题 titleCrystal structure of DFPR-VIIa/sTF
关键词 keywords;Factor VIIa, soluble tissue factor, oxyanion hole, serine protease, blood coagulation, BLOOD CLOTTING, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex ;; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.40
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.72
零角强度 I(0) i0143123000.00
分子量 molecular_weight63101.0 kDa
排除体积 excluded_volume60551 ų
包络体积 envelope_volume107470 ų
水化壳体积 shell_volume29839 ų
包络直径 envelope_diameter122.9
壳层 Rg shell_rg35.92
包络 Rg envelope_rg33.18
形状 Rg shape_rg32.62
总 Rg total_rg33.07
总原子数 total_atoms4726
残基数 n_residues554
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax115.1
Rg (实空间) rg_real32.94
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.24
I(0) (实空间) i0_real1.4310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.72
I(0) (倒空间) i0_reciprocal143100000.0000
解质量估计 total_estimate0.7811
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.2
偏度 Skewness skewness0.647
峰度 Kurtosis kurtosis-0.202
角度范围 angular_range— – 0.2450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11960000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.592; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.555; Smooth: 0.818

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd2firh_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd2firl1
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family familyg.3.11.1 — EGF-type module
结构域编号 domain_idd2firl2
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family familyg.3.11.1 — EGF-type module
结构域编号 domain_idd2firl3
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.32 — GLA-domain
超家族 Superfamily superfamilyg.32.1 — GLA-domain
家族 Family familyg.32.1.1 — GLA-domain
结构域编号 domain_idd2firt1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.1 — Fibronectin type III
结构域编号 domain_idd2firt2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.1 — Fibronectin type III

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2firH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2firH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2firT01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2firT02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)