SAXSdb — 2g77

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2g77
沉积日期 deposition_date	2006-02-27
结构标题 title	Crystal Structure of Gyp1 TBC domain in complex with Rab33 GTPase bound to GDP and AlF3
关键词 keywords	Protein transport, Gyp1 TBC domain, Rab33, vesicular trafficking, HYDROLASE ACTIVATOR-PROTEIN TRANSPORT COMPLEX; HYDROLASE ACTIVATOR/PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.34 Å
零角强度 I(0) i0	58117600.00
分子量 molecular_weight	59397.0 kDa
排除体积 excluded_volume	74235 Å³
包络体积 envelope_volume	87414 Å³
水化壳体积 shell_volume	29557 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.1 Å
壳层 Rg shell_rg	31.97 Å
包络 Rg envelope_rg	24.72 Å
形状 Rg shape_rg	24.30 Å
总 Rg total_rg	25.27 Å
总原子数 total_atoms	4174
残基数 n_residues	500
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.7 Å
Rg (实空间) rg_real	25.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.8120e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8870e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	58120000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8870
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.330
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.298
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10440000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.993

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	GTPase-activating protein GYP1
分子量 formula_weight	48158.5 kDa
突变 mutation	E405K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4590

MGHHHHHHGSLVPRGSDVQELNSIIQRISKFDNILKDKTIINQQDLRQISWNGIPKIHRPVVWKLLIGYLPVNTKRQEGFLQRKRKEYRDSLKHTFSDQHSRDIPTWHQIEIDIPRTNPHIPLYQFKSVQNSLQRILYLWAIRHPASGYVQGINDLVTPFFETFLTEYLPPSQIDDVKIKDPSTYMVDEQITDLEADTFWCLTKLLEQITDNYIHGQPGILRQVKNLSQLVKRIDADLYNHFQNEHVEFIQFAFRWMNCLLMREFQMGTVIRMWDTYLSETSQEVTSSYSMSSNDIKPPVTPTEPRVASFVTPTKDFQSPTTALSNMTPNNAVEDSGKMRQSSLNEFHVFVCAAFLIKWSDQLMEMDFQETITFLQNPPTKDWTETDIEMLLSEAFIWQSLYKDATSHWL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Ras-related protein Rab-33B
分子量 formula_weight	22549.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGHHHHHHGSSSCAVSGASGCLPPARSRIFKIIVIGDSNVGKTCLTYRFCAGRFPDRTEATIGVDFRERAVDIDGERIKIQLWDTAGQERFRKSMVQHYYRNVHAVVFVYDMTNMASFHSLPAWIEECKQHLLANDIPRILVGNKCDLRSAIQVPTDLAQKFADTHSMPLFETSAKNPNDNDHVEAIFMTLAHKLKSH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	ALUMINUM FLUORIDE
分子量 formula_weight	84.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	416

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2g77a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.69 — Left-handed superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.69.2 — Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p
家族 Family family	a.69.2.1 — Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p

结构域编号 domain_id	d2g77a2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.69 — Left-handed superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.69.2 — Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p
家族 Family family	a.69.2.1 — Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p

结构域编号 domain_id	d2g77b1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2g77A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p, domain 3

结构域编号 domain_id	2g77B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.200 Å
晶胞边长 b length_b	94.526 Å
晶胞边长 c length_c	102.561 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.260 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2073
R_work r_work	0.2052
R_free r_free	0.2436

fit	/app/data/saxs_computation/g7/2g77/2g77.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g7/2g77/2g77.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g7/2g77/2g77.dat

Crystal Structure of Gyp1 TBC domain in complex with Rab33 GTPase bound to GDP and AlF3

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)