SAXSdb — 2gcj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hypothetical 63.0 kDa protein in DAK1-ORC1 intergenic region

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 220–478	片段：Pob3 Middle domain 突变：Q308K	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；21% PEG 3350, 20% Glycerol, 200mM NaCl, 50mM Ammonium Sulphate, 100mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.55 Å R-free 0.303
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 220–478	片段：Pob3 Middle domain 突变：Q308K	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；21% PEG 3350, 20% Glycerol, 200mM NaCl, 50mM Ammonium Sulphate, 100mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.55 Å R-free 0.303
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 220–478	片段：Pob3 Middle domain 突变：Q308K	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；21% PEG 3350, 20% Glycerol, 200mM NaCl, 50mM Ammonium Sulphate, 100mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.55 Å R-free 0.303
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 220–478	片段：Pob3 Middle domain 突变：Q308K	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；21% PEG 3350, 20% Glycerol, 200mM NaCl, 50mM Ammonium Sulphate, 100mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.55 Å R-free 0.303

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2GCJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2GCL Structure of the Pob3 Middle domain 提交 2006-03-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 220–478（259 aa）片段：Middle domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；21% PEG 3350, 20% glycerol, 200mM NaCl, 50mM Ammonium sulphate, 100mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.21 Å R-free 0.264
2GCL Structure of the Pob3 Middle domain 提交 2006-03-14	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 220–478（259 aa）片段：Middle domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；21% PEG 3350, 20% glycerol, 200mM NaCl, 50mM Ammonium sulphate, 100mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.21 Å R-free 0.264
3F5R The crystal structure of a subunit of the heterodimeric FACT complex (Spt16p-Pob3p). 提交 2008-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–168（168 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 2 FMT FORMIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M Bis-tris, 1.5M (NH4)2SO4., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.192
4PQ0 Crystal structure of POB3 middle domain at 1.65A 提交 2014-02-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 232–473（242 aa）片段：UNP RESIDUES 232-473	未记录	MLA MALONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；287 K；0.1M Sodium malonate pH 7.0, 0.1M Ammonium acetate, 20% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K	分辨率 1.65 Å R-free 0.248
8XGC Structure of yeast replisome associated with FACT and histone hexamer, Composite map 提交 2023-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric	链 M 1–552（552 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YMG9_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–261； UniProt 220–478 作者链 B； PDB构建体 3–261； UniProt 220–478 作者链 C； PDB构建体 3–261； UniProt 220–478 作者链 D； PDB构建体 3–261； UniProt 220–478

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gcj
沉积日期 deposition_date	2006-03-14
结构标题 title	Crystal Structure of the Pob3 middle domain
关键词 keywords	Chromatin, FACT, double PH domain, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.28 Å
零角强度 I(0) i0	168786000.00
分子量 molecular_weight	107040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	135370 Å³
包络体积 envelope_volume	183600 Å³
水化壳体积 shell_volume	45366 Å³
包络直径 envelope_diameter	125.3 Å
壳层 Rg shell_rg	40.14 Å
包络 Rg envelope_rg	33.87 Å
形状 Rg shape_rg	34.24 Å
总 Rg total_rg	34.90 Å
总原子数 total_atoms	7569
残基数 n_residues	919
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	116.0 Å
Rg (实空间) rg_real	35.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6880e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	168800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8897
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.258
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.340
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.876; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.935

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2gcja1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.10 — SSRP1-like

结构域编号 domain_id	d2gcjb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.10 — SSRP1-like

结构域编号 domain_id	d2gcjc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.10 — SSRP1-like

结构域编号 domain_id	d2gcjd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.10 — SSRP1-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2gcjA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	2gcjA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	2gcjB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	2gcjB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	2gcjC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	2gcjC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	2gcjD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	2gcjD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.868 Å
晶胞边长 b length_b	157.527 Å
晶胞边长 c length_c	57.787 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.77 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.550 Å
最低分辨率 resolution_low	78.810 Å
R 因子 r_factor	0.2193
R_work r_work	0.2147
R_free r_free	0.3029

描述 description	Hypothetical 63.0 kDa protein in DAK1-ORC1 intergenic region
分子量 formula_weight	30341.3 kDa
突变 mutation	Q308K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7649

Crystal Structure of the Pob3 middle domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hypothetical 63.0 kDa protein in DAK1-ORC1 intergenic region

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	80

fit	/app/data/saxs_computation/gc/2gcj/2gcj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gc/2gcj/2gcj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gc/2gcj/2gcj.dat