2gkr

Crystal structure of the N-terminally truncated OMTKY3-del(1-5)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 36.9 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ovomucoid

Meleagris gallopavo

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 135–185	片段：turkey ovomucoid third domain, del (1-5)	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES-Na pH 7.5, 10% v/v isopropanol, 20% w/v PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.16 Å R-free 0.177

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2GKR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CHO CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURES OF THE COMPLEX OF ALPHA-*CHYMOTRYPSIN WITH ITS INHIBITOR TURKEY OVOMUCOID THIRD DOMAIN AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1988-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 130–185（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1CSO CRYSTAL STRUCTURE OF THE OMTKY3 P1 VARIANT OMTKY3-ILE18I IN COMPLEX WITH SGPB 提交 1999-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）片段：THIRD DOMAIN ILE18-OMTKY3	突变：DEL 1-5, L18I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；PEG 4000 sodium potassium phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å
1CT0 CRYSTAL STRUCTURE OF THE OMTKY3 P1 VARIANT OMTKY3-SER18I IN COMPLEX WITH SGPB 提交 1999-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）片段：THIRD DOMAIN SER18-OMTKY3	突变：DEL 1-5, L18S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；PEG 4000 sodium potassium phosphate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.80 Å
1CT2 CRYSTAL STRUCTURE OF THE OMTKY3 P1 VARIANT OMTKY3-THR18I IN COMPLEX WITH SGPB 提交 1999-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）片段：THIRD DOMAIN OMTKY3-THR18I	突变：DEL 1-5, L18T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；PEG 4000 sodium potassium phosphate , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.65 Å
1CT4 CRYSTAL STRUCTURE OF THE OMTKY3 P1 VARIANT OMTKY3-VAL18I IN COMPLEX WITH SGPB 提交 1999-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）片段：THIRD DOMAIN OMTKY3-VAL18I	突变：DEL 1-5, L18V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；298 K；PEG 4000 sodium potassium phosphate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å
1DS2 CRYSTAL STRUCTURE OF SGPB:OMTKY3-COO-LEU18I 提交 2000-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）片段：THIRD DOMAIN (OMTKY3)	突变：ESTER BOND BETWEEN THR17I-LEU18I(1LU) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；298 K；PEG 4000, sodium potassium phosphate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.70 Å
1DS3 CRYSTAL STRUCTURE OF OMTKY3-CH2-ASP19I 提交 2000-01-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 135–185（51 aa）片段：THIRD DOMAIN (OMTKY3)	突变：REDUCED PEPTIDE BOND BETWEEN LEU18I(2LU)-ASP19I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；ammonium sulphate, no buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.65 Å R-free 0.230
1HJA LYS 18 VARIANT OF TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR THIRD DOMAIN COMPLEXED WITH ALPHA-CHYMOTRYPSIN 提交 1997-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 135–185（51 aa）片段：THIRD DOMAIN, DELETION OF FIRST 5 RESIDUES FROM N-TERMINUS	突变：DEL(1-5), L18K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.1 M KH2PO4/K2HPO4 PH=6.0 10% PEG6000	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
1OMT SOLUTION STRUCTURE OF OVOMUCOID (THIRD DOMAIN) FROM DOMESTIC TURKEY (298K, PH 4.1) (NMR, 50 STRUCTURES) (STANDARD NOESY ANALYSIS) 提交 1995-10-11	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 130–185（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1OMU SOLUTION STRUCTURE OF OVOMUCOID (THIRD DOMAIN) FROM DOMESTIC TURKEY (298K, PH 4.1) (NMR, 50 STRUCTURES) (REFINED MODEL USING NETWORK EDITING ANALYSIS) 提交 1995-10-11	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 130–185（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1R0R 1.1 Angstrom Resolution Structure of the Complex Between the Protein Inhibitor, OMTKY3, and the Serine Protease, Subtilisin Carlsberg 提交 2003-09-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.2 M ammonium dihydrogen phosphate, 0.1 M Tris, and 50%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.10 Å R-free 0.184
1SGD ASP 18 VARIANT OF TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR THIRD DOMAIN COMPLEXED WITH STREPTOMYCES GRISEUS PROTEINASE B AT PH 6.5 提交 1999-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）片段：THIRD DOMAIN	突变：DEL(1-5), L18D	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.4M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER AT PH 6.5	分辨率 1.80 Å
1SGE GLU 18 VARIANT OF TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR THIRD DOMAIN COMPLEXED WITH STREPTOMYCES GRISEUS PROTEINASE B AT PH 6.5 提交 1999-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）片段：THIRD DOMAIN	突变：DEL(1-5), L18E	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.4 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE buffer AT PH 6.5	分辨率 1.80 Å
1SGN ASN 18 VARIANT OF TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR THIRD DOMAIN COMPLEXED WITH STREPTOMYCES GRISEUS PROTEINASE B 提交 1999-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）片段：THIRD DOMAIN	突变：DEL(1-5), L18N	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；2% PEG 6000, 50MM SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER AT PH 6.5, pH 6.50	分辨率 1.80 Å
1SGP ALA 18 VARIANT OF TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR THIRD DOMAIN COMPLEXED WITH STREPTOMYCES GRISEUS PROTEINASE B 提交 1995-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）	突变：DEL(1-6), L18A	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.40 Å
1SGQ GLY 18 VARIANT OF TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR THIRD DOMAIN COMPLEXED WITH STREPTOMYCES GRISEUS PROTEINASE B 提交 1995-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）	突变：DEL(1-6), L18G	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1SGR LEU 18 VARIANT OF TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR THIRD DOMAIN COMPLEXED WITH STREPTOMYCES GRISEUS PROTEINASE B 提交 1995-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）	突变：DEL(1-6)	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1SGY TYR 18 VARIANT OF TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR THIRD DOMAIN COMPLEXED WITH STREPTOMYCES GRISEUS PROTEINASE B AT PH 6.5 提交 1999-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）片段：THIRD DOMAIN	突变：DEL(1-5), L18Y	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.4 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE buffer AT PH 6.5	分辨率 1.80 Å
1TUR SOLUTION STRUCTURE OF TURKEY OVOMUCOID THIRD DOMAIN AS DETERMINED FROM NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE DATA 提交 1994-07-06	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 130–185（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1TUS SOLUTION STRUCTURE OF REACTIVE-SITE HYDROLYZED TURKEY OVOMUCOID THIRD DOMAIN BY NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND DISTANCE GEOMETRY METHODS 提交 1994-07-06	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 130–185（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1YU6 Crystal Structure of the Subtilisin Carlsberg:OMTKY3 Complex 提交 2005-02-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–185（185 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；10% ethylene glycol, 480 mM sodium malate, 75 mM sodium citrate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.55 Å R-free 0.205
1YU6 Crystal Structure of the Subtilisin Carlsberg:OMTKY3 Complex 提交 2005-02-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–185（185 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；10% ethylene glycol, 480 mM sodium malate, 75 mM sodium citrate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.55 Å R-free 0.205
1Z7K Crystal Structure of Trypsin- Ovomucoid turkey egg white inhibitor complex 提交 2005-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 65–126（62 aa）片段：Second domain, residues 2-63 链 C 12–15（4 aa）片段：First domain, residues 1-4	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；293 K；1.5M ammonium sulphate, 10mM zinc acetate, 50mM Acetate buffer, pH 5.30, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.188
2GKT Crystal structure of the P14'-Ala32 variant of the N-terminally truncated OMTKY3-del(1-5) 提交 2006-04-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 135–185（51 aa）片段：turkey ovomucoid third domain del (1-5)	突变：G32A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES-Na pH 7.5, 10% v/v isopropanol, 20% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.23 Å R-free 0.151
2GKV Crystal structure of the SGPB:P14'-Ala32 OMTKY3-del(1-5) complex 提交 2006-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 135–185（51 aa）片段：turkey ovomucoid third domain	突变：G32A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.2M Na acetate trihydrate, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 26% w/v PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.70 Å R-free 0.248
2GKV Crystal structure of the SGPB:P14'-Ala32 OMTKY3-del(1-5) complex 提交 2006-04-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 135–185（51 aa）片段：turkey ovomucoid third domain	突变：G32A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.2M Na acetate trihydrate, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 26% w/v PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.70 Å R-free 0.248
2NU0 Molecular structures of the complexes of SGPB with OMTKY3 aromatic P1 variants Trp18I, His18I, Phe18I, and Tyr18I 提交 2006-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）片段：third domain, residues 135-185	突变：L18W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；298 K；PEG 4000, SODIUM POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å
2NU1 Molecular structures of the complexes of SGPB with OMTKY3 aromatic P1 variants Trp18I, His18I, Phe18I and Tyr18I 提交 2006-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）片段：third domain, residues 135-185	突变：L18H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；298 K；PEG 4000, SODIUM POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å
2NU2 Accommodation of positively-charged residues in a hydrophobic specificity pocket: Crystal structures of SGPB in complex with OMTKY3 variants Lys18I and Arg18I 提交 2006-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）片段：third domain, residues 135-185	突变：L18R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；298 K；PEG 4000, SODIUM POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.65 Å
2NU3 Accommodation of positively-charged residues in a hydrophobic specificity pocket: Crystal structures of SGPB in complex with OMTKY3 variants Lys18I and Arg18I 提交 2006-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）片段：third domain, residues 135-185	突变：L18K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；298 K；PEG 4000, SODIUM POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å
2NU4 Accommodation of positively-charged residues in a hydrophobic specificity pocket: Crystal structures of SGPB in complex with OMTKY3 variants Lys18I and Arg18I 提交 2006-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）片段：third domain, residues 135-185	突变：L18K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEG 4000, SODIUM POTASSIUM PHOSPHATE at pH 7.1 24h before data collection, crystal was transferred to PEG4000, NaKHPO4 at pH 10.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å
2SGD ASP 18 VARIANT OF TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR THIRD DOMAIN COMPLEXED WITH STREPTOMYCES GRISEUS PROTEINASE B AT PH 10.7 提交 1999-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）片段：THIRD DOMAIN	突变：DEL(1-5), L18D	PO4 PHOSPHATE ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.7；0.4M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER AT PH 10.7	分辨率 1.80 Å
2SGE GLU 18 VARIANT OF TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR THIRD DOMAIN COMPLEXED WITH STREPTOMYCES GRISEUS PROTEINASE B AT PH 10.7 提交 1999-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）片段：THIRD DOMAIN	突变：DEL(1-5), L18E	PO4 PHOSPHATE ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.7；0.4M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER AT PH 10.7	分辨率 1.80 Å
2SGF PHE 18 VARIANT OF TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR THIRD DOMAIN COMPLEXED WITH STREPTOMYCES GRISEUS PROTEINASE B 提交 1999-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）片段：THIRD DOMAIN	突变：DEL(1-5), L18F	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.4 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE AT PH 6.5	分辨率 1.75 Å
2SGP PRO 18 VARIANT OF TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR THIRD DOMAIN COMPLEXED WITH STREPTOMYCES GRISEUS PROTEINASE B AT PH 6.5 提交 1999-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）片段：THIRD DOMAIN	突变：DEL(1-5), L18P	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.4 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER AT PH 6.5, pH 6.50	分辨率 1.80 Å
2SGQ GLN 18 VARIANT OF TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR THIRD DOMAIN COMPLEXED WITH STREPTOMYCES GRISEUS PROTEINASE B AT PH 6.5 提交 1999-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）片段：THIRD DOMAIN	突变：DEL(1-6), L18Q	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.4 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE buffer AT PH 6.5	分辨率 1.80 Å
3SGB STRUCTURE OF THE COMPLEX OF STREPTOMYCES GRISEUS PROTEASE B AND THE THIRD DOMAIN OF THE TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1983-01-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 130–185（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
3SGQ GLN 18 VARIANT OF TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR THIRD DOMAIN COMPLEXED WITH STREPTOMYCES GRISEUS PROTEINASE B AT PH 10.7 提交 1999-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 135–185（51 aa）片段：THIRD DOMAIN	突变：DEL(1-5), L18Q	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.7；0.4 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE buffer AT PH 10.7	分辨率 1.80 Å

共 36 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IOVO_MELGA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–51； UniProt 135–185

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gkr
沉积日期 deposition_date	2006-04-03
结构标题 title	Crystal structure of the N-terminally truncated OMTKY3-del(1-5)
关键词 keywords	reactive-site loop, alpha-helix, antiparallel beta-sheet, HYDROLASE INHIBITOR; HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	11.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	10.14 Å
零角强度 I(0) i0	869471.00
分子量 molecular_weight	5615.0 kDa
排除体积 excluded_volume	6820 Å³
包络体积 envelope_volume	7546 Å³
水化壳体积 shell_volume	6716 Å³
包络直径 envelope_diameter	35.4 Å
壳层 Rg shell_rg	15.05 Å
包络 Rg envelope_rg	10.48 Å
形状 Rg shape_rg	10.10 Å
总 Rg total_rg	11.60 Å
总原子数 total_atoms	388
残基数 n_residues	51
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	36.9 Å
Rg (实空间) rg_real	11.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.6950e+05
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.4140e+03
Rg (倒空间) rg_reciprocal	11.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	869500.0000
解质量估计 total_estimate	0.7216
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	14.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.156
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.321
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	74250.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.256; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.942

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ovomucoid
分子量 formula_weight	5585.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I
原子数 atom_count	456

VDCSEYPKPACTLEYRPLCGSDNKTYGNKCNFCNAVVESNGTLTLSHFGKC

来源 Source

来源生物 organism	Meleagris gallopavo
通用名 common_name	turkey
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9103
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	63

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2gkri_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.68 — Kazal-type serine protease inhibitors
超家族 Superfamily superfamily	g.68.1 — Kazal-type serine protease inhibitors
家族 Family family	g.68.1.1 — Ovomucoid domain III-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2gkrI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	22.900 Å
晶胞边长 b length_b	34.429 Å
晶胞边长 c length_c	25.794 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.25 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.160 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.1503
R_work r_work	0.1472
R_free r_free	0.1773

fit	/app/data/saxs_computation/gk/2gkr/2gkr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gk/2gkr/2gkr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gk/2gkr/2gkr.dat