SAXSdb — 2gl9

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gl9
沉积日期 deposition_date	2006-04-04
结构标题 title	Crystal Structure of Glycosylasparaginase-Substrate Complex
关键词 keywords	;glycosylasparaginase, enzyme-substrate complex, catalytic mechanism, proton-relay network, electron-pair transfer, nucleophilic attack, oxyanion hole, enzyme-acyl intermediate, Ntn-hydrolase, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.62 Å
零角强度 I(0) i0	66702300.00
分子量 molecular_weight	62655.0 kDa
排除体积 excluded_volume	77956 Å³
包络体积 envelope_volume	87065 Å³
水化壳体积 shell_volume	30694 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.7 Å
壳层 Rg shell_rg	30.94 Å
包络 Rg envelope_rg	22.95 Å
形状 Rg shape_rg	22.64 Å
总 Rg total_rg	23.39 Å
总原子数 total_atoms	4392
残基数 n_residues	570
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.9 Å
Rg (实空间) rg_real	23.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.3790e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	66700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9001
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.150
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.462
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.906; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.994

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Glycosylasparaginase alpha chain
分子量 formula_weight	16819.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.26
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	4838

TTNKPIVLSTWNFGLHANVEAWKVLSKGGKALDAVEKGVRLVEDDPTERSVGYGGRPDRDGRVTLDACIMDENYNIGSVACMEHIKNPISVARAVMEKTPHVMLVGDGALEFALSQGFKKENLLTAESEKEWKEWLKTSQYKPIVNIENHD

来源 Source

来源生物 organism	Elizabethkingia meningoseptica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	238
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Glycosylasparaginase beta chain
分子量 formula_weight	15380.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.26
突变 mutation	T152C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

CIGMIALDAQGNLSGACTTSGMAYKMHGRVGDSPIIGAGLFVDNEIGAATATGHGEEVIRTVGTHLVVELMNQGRTPQQACKEAVERIVKIVNRRGKNLKDIQVGFIALNKKGEYGAYCIQDGFNFAVHDQKGNRLETPGFALK

来源 Source

来源生物 organism	Elizabethkingia meningoseptica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	238
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	ASPARAGINE
分子量 formula_weight	132.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	377

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2gl9B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — (Glycosyl)asparaginase

结构域编号 domain_id	2gl9D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — (Glycosyl)asparaginase

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.118 Å
晶胞边长 b length_b	96.745 Å
晶胞边长 c length_c	61.998 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.58 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	17.350 Å
R 因子 r_factor	0.1740
R_work r_work	0.1700
R_free r_free	0.2150

fit	/app/data/saxs_computation/gl/2gl9/2gl9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gl/2gl9/2gl9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gl/2gl9/2gl9.dat

Crystal Structure of Glycosylasparaginase-Substrate Complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)