SAXSdb — 2gmf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GRANULOCYTE-MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 18–144	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.40 Å
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 18–144	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2GMF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CSG Three-dimensional structure of recombinant human granulocyte-macrophage colony-stimulating factor 提交 1992-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–144（127 aa）链 B 18–144（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å
4NKQ Structure of a Cytokine Receptor Complex 提交 2013-11-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 18–144（127 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；293 K；100mM HEPES buffer (pH 7.0), 6%(v/v) PEG3350, 0.2M proline, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.273
4RS1 Crystal structure of receptor-cytokine complex 提交 2014-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–142（112 aa）片段：RESIDUES 31-142	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293 K；22% PEG8000, 1% MPD, 5MM DITHIOTHREITOL, 100MM IMIDAZOLE, PH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.68 Å R-free 0.287
5C7X Crystal structure of MOR04357, a neutralizing anti-human GM-CSF antibody Fab fragment in complex with human GM-CSF 提交 2015-06-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 18–144（127 aa）片段：UNP residues 18-144	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PG6 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；100 mM sodium acetate, pH 4.0-4.3, 39-42 % (w/v) PEG 400, 40 mg/mL protein	分辨率 2.95 Å R-free 0.276
5C7X Crystal structure of MOR04357, a neutralizing anti-human GM-CSF antibody Fab fragment in complex with human GM-CSF 提交 2015-06-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 18–144（127 aa）片段：UNP residues 18-144	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；100 mM sodium acetate, pH 4.0-4.3, 39-42 % (w/v) PEG 400, 40 mg/mL protein	分辨率 2.95 Å R-free 0.276
5D70 Crystal structure of MOR03929, a neutralizing anti-human GM-CSF antibody Fab fragment in complex with human GM-CSF 提交 2015-08-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 18–144（127 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.75；293 K；100 mM Tris, pH 8.75, 200 mM LiSO4, 25-28 % (w/v) PEG 3350, 28mg/mL protein	分辨率 2.06 Å R-free 0.222
5D71 Crystal structure of MOR04302, a neutralizing anti-human GM-CSF antibody Fab fragment in complex with human GM-CSF 提交 2015-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–127（127 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；100 mM sodium acetate, pH 4.0-4.3, 39-42 % (w/v) PEG 400, 35 mg/mL protein	分辨率 2.25 Å R-free 0.219
5D72 Crystal structure of MOR04252, a neutralizing anti-human GM-CSF antibody Fab fragment in complex with human GM-CSF 提交 2015-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–127（127 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；100 mM sodium acetate, pH 4.0-4.3, 39-42 % (w/v) PEG 400, 30 mg/mL protein	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
5D72 Crystal structure of MOR04252, a neutralizing anti-human GM-CSF antibody Fab fragment in complex with human GM-CSF 提交 2015-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–127（127 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；100 mM sodium acetate, pH 4.0-4.3, 39-42 % (w/v) PEG 400, 30 mg/mL protein	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
6BFQ The mechanism of GM-CSF inhibition by human GM-CSF auto-antibodies 提交 2017-10-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 18–144（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283.15 K；0.16 M Calcium acetate, 14.4% PEG8000, 0.08 M Sodium Cacodylate pH 6.5 and 20% glycerol	分辨率 2.60 Å R-free 0.264
6BFQ The mechanism of GM-CSF inhibition by human GM-CSF auto-antibodies 提交 2017-10-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 18–144（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283.15 K；0.16 M Calcium acetate, 14.4% PEG8000, 0.08 M Sodium Cacodylate pH 6.5 and 20% glycerol	分辨率 2.60 Å R-free 0.264
6BFQ The mechanism of GM-CSF inhibition by human GM-CSF auto-antibodies 提交 2017-10-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 18–144（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283.15 K；0.16 M Calcium acetate, 14.4% PEG8000, 0.08 M Sodium Cacodylate pH 6.5 and 20% glycerol	分辨率 2.60 Å R-free 0.264
6BFQ The mechanism of GM-CSF inhibition by human GM-CSF auto-antibodies 提交 2017-10-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 18–144（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283.15 K；0.16 M Calcium acetate, 14.4% PEG8000, 0.08 M Sodium Cacodylate pH 6.5 and 20% glycerol	分辨率 2.60 Å R-free 0.264
6BFS The mechanism of GM-CSF inhibition by human GM-CSF auto-antibodies 提交 2017-10-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 18–144（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283.15 K；0. 2 M Sodium Chloride, 20% PEG 8000, 0.1 M phosphate Citrate 4.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.248
9JKR human GM-CSF with Fabs from autoantibodies, F1 and C. 提交 2024-09-17	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 I 18–144（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 10 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSF2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–127； UniProt 18–144 作者链 B； PDB构建体 1–127； UniProt 18–144

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gmf
沉积日期 deposition_date	1996-04-24
结构标题 title	HUMAN GRANULOCYTE MACROPHAGE COLONY STIMULATING FACTOR
关键词 keywords	GRANULOCYTE-MACROPHAGE COLONY STIMULATING GROWTH FACTOR, GROWTH FACTOR; GROWTH FACTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.41 Å
零角强度 I(0) i0	13814900.00
分子量 molecular_weight	27625.0 kDa
排除体积 excluded_volume	34471 Å³
包络体积 envelope_volume	42704 Å³
水化壳体积 shell_volume	17416 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.7 Å
壳层 Rg shell_rg	26.71 Å
包络 Rg envelope_rg	21.45 Å
形状 Rg shape_rg	21.41 Å
总 Rg total_rg	22.17 Å
总原子数 total_atoms	1935
残基数 n_residues	241
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.8 Å
Rg (实空间) rg_real	22.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6830e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13810000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9052
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.302
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.548
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	2232000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.986

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2gmfa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamily	a.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family family	a.26.1.2 — Short-chain cytokines

结构域编号 domain_id	d2gmfa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2gmfb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamily	a.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family family	a.26.1.2 — Short-chain cytokines

结构域编号 domain_id	d2gmfb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2gmfA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2gmfB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	47.520 Å
晶胞边长 b length_b	59.060 Å
晶胞边长 c length_c	126.290 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.2350
R_work r_work	0.2350
R_free r_free	—

描述 description	GRANULOCYTE-MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR
分子量 formula_weight	14492.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2027

HUMAN GRANULOCYTE MACROPHAGE COLONY STIMULATING FACTOR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GRANULOCYTE-MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	92

fit	/app/data/saxs_computation/gm/2gmf/2gmf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gm/2gmf/2gmf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gm/2gmf/2gmf.dat