2gww

;Human vinculin (head domain, Vh1, residues 1-258) in complex with Shigella's IpaA vinculin binding site (residues 602-633) ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 98.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gww
沉积日期 deposition_date	2006-05-07
结构标题 title	;Human vinculin (head domain, Vh1, residues 1-258) in complex with Shigella's IpaA vinculin binding site (residues 602-633) ;
关键词 keywords	protein complex, CELL ADHESION, STRUCTURAL PROTEIN; CELL ADHESION, STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.40 Å
零角强度 I(0) i0	16821700.00
分子量 molecular_weight	31436.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39572 Å³
包络体积 envelope_volume	48716 Å³
水化壳体积 shell_volume	18091 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.9 Å
壳层 Rg shell_rg	29.18 Å
包络 Rg envelope_rg	26.78 Å
形状 Rg shape_rg	26.41 Å
总 Rg total_rg	26.73 Å
总原子数 total_atoms	2200
残基数 n_residues	281
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.9 Å
Rg (实空间) rg_real	26.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6820e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7910e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	16820000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7274
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.755
峰度 Kurtosis kurtosis	0.090
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3571000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.442; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.184; Smooth: 0.942

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	vinculin
分子量 formula_weight	30026.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2282

MEHHHHHHMPVFHTRTIESILEPVAQQISHLVIMHEEGEVDGKAIPDLTAPVAAVQAAVSNLVRVGKETVQTTEDQILKRDMPPAFIKVENACTKLVQAAQMLQSDPYSVPARDYLIDGSRGILSGTSDLLLTFDEAEVRKIIRVCKGILEYLTVAEVVETMEDLVTYTKNLGPGMTKMAKMIDERQQELTHQEHRVMLVNSMNTVKELLPVLISAMKIFVTTKNSKNQGIEEALKNRNFTVEKMSAEINEIIRVLQLTSWDEDAW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	IpaA
分子量 formula_weight	3310.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

NNDITAENNNIYKAAKDVTTSLSKVLKNIN

来源 Source

来源生物 organism	Shigella flexneri
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	623
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	82

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2gwwa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.9 — alpha-catenin/vinculin-like
家族 Family family	a.24.9.1 — alpha-catenin/vinculin

结构域编号 domain_id	d2gwwa2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.9 — alpha-catenin/vinculin-like
家族 Family family	a.24.9.1 — alpha-catenin/vinculin

结构域编号 domain_id	d2gwwa3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2gwwA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Alpha-catenin/vinculin-like

结构域编号 domain_id	2gwwA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Alpha-catenin/vinculin-like

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	151.310 Å
晶胞边长 b length_b	151.310 Å
晶胞边长 c length_c	151.310 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	I 41 3 2
空间群编号 int_tables_number	214
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.720 Å
最低分辨率 resolution_low	99.000 Å
R 因子 r_factor	0.2323
R_work r_work	0.2292
R_free r_free	0.2906

fit	/app/data/saxs_computation/gw/2gww/2gww.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gw/2gww/2gww.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gw/2gww/2gww.dat

;Human vinculin (head domain, Vh1, residues 1-258) in complex with Shigella's IpaA vinculin binding site (residues 602-633) ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)