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2gx6

Rational stabilization of E. coli ribose binding protein

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 65.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

D-ribose-binding periplasmic protein

Escherichia coli

UniProt P02925

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 26–296 突变：T83V,T91V,T272V RIP beta-D-ribopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；290 K；36% PEG4000, 0.1M NaAcetate pH5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K 分辨率 1.97 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2GX6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BA2 D67R MUTANT OF D-RIBOSE-BINDING PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1998-04-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–296（271 aa）
突变：D67R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；VAPOR DIFFUSION OF DROPS CONTAINING 7.5 MG/ML PROTEIN AGAINST A RESERVOIR OF 24% PEG4000, 100 MM TRIS-HCL, PH 7., pH 7.0, vapor diffusion
分辨率 2.10 Å R-free 0.279
1BA2 D67R MUTANT OF D-RIBOSE-BINDING PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1998-04-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 26–296（271 aa）
突变：D67R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；VAPOR DIFFUSION OF DROPS CONTAINING 7.5 MG/ML PROTEIN AGAINST A RESERVOIR OF 24% PEG4000, 100 MM TRIS-HCL, PH 7., pH 7.0, vapor diffusion
分辨率 2.10 Å R-free 0.279
1DBP IDENTICAL MUTATIONS AT CORRESPONDING POSITIONS IN TWO HOMOLOGOUS PROTEINS WITH NON-IDENTICAL EFFECTS 提交 1994-01-31 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–296（271 aa）
未记录 RIP beta-D-ribopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å
1DRJ PROBING PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS: THE RIBOSE-BINDING PROTEIN IN BACTERIAL TRANSPORT AND CHEMOTAXIS 提交 1994-09-23 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–296（271 aa）
未记录 RIP beta-D-ribopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
1DRK PROBING PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS: THE RIBOSE-BINDING PROTEIN IN BACTERIAL TRANSPORT AND CHEMOTAXIS 提交 1994-09-23 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–296（271 aa）
未记录 RIP beta-D-ribopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
1URP D-RIBOSE-BINDING PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1998-04-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–296（271 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；CRYSTALS WERE OBTAINED FROM SOLUTIONS OF 7.5 - 15 MG/ML RBP, 21% PEG4000, 50-100 MM SODIUM CITRATE, PH 4, 5% GLYCEROL, BY HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION., pH 5.0, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.30 Å R-free 0.267
1URP D-RIBOSE-BINDING PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1998-04-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 26–296（271 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；CRYSTALS WERE OBTAINED FROM SOLUTIONS OF 7.5 - 15 MG/ML RBP, 21% PEG4000, 50-100 MM SODIUM CITRATE, PH 4, 5% GLYCEROL, BY HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION., pH 5.0, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.30 Å R-free 0.267
1URP D-RIBOSE-BINDING PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1998-04-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 26–296（271 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；CRYSTALS WERE OBTAINED FROM SOLUTIONS OF 7.5 - 15 MG/ML RBP, 21% PEG4000, 50-100 MM SODIUM CITRATE, PH 4, 5% GLYCEROL, BY HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION., pH 5.0, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.30 Å R-free 0.267
1URP D-RIBOSE-BINDING PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1998-04-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 26–296（271 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；CRYSTALS WERE OBTAINED FROM SOLUTIONS OF 7.5 - 15 MG/ML RBP, 21% PEG4000, 50-100 MM SODIUM CITRATE, PH 4, 5% GLYCEROL, BY HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION., pH 5.0, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.30 Å R-free 0.267
2DRI PROBING PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS: THE RIBOSE BINDING PROTEIN IN BACTERIAL TRANSPORT AND CHEMOTAXIS 提交 1994-09-23 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–296（271 aa）
未记录 RIP beta-D-ribopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å

共 6 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RBSB_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–272； UniProt 26–296

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2gx6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2gx6
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2gx6
沉积日期 deposition_date2006-05-08
结构标题 titleRational stabilization of E. coli ribose binding protein
关键词 keywordsRBP, ribose binding protein, periplasmic binding protein, rational stabilization, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.17 Å
零角强度 I(0) i014277300.00
分子量 molecular_weight28600.0 kDa
排除体积 excluded_volume35974 ų
包络体积 envelope_volume40737 ų
水化壳体积 shell_volume18196 ų
包络直径 envelope_diameter64.3 Å
壳层 Rg shell_rg24.88 Å
包络 Rg envelope_rg19.48 Å
形状 Rg shape_rg19.13 Å
总 Rg total_rg20.08 Å
总原子数 total_atoms2011
残基数 n_residues271
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.2 Å
Rg (实空间) rg_real19.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4280e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14280000.0000
解质量估计 total_estimate0.7988
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.1 Å
偏度 Skewness skewness0.432
峰度 Kurtosis kurtosis-0.285
角度范围 angular_range— – 0.4000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5125000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.805; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2gx6a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamilyc.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family familyc.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2gx6A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id2gx6A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)