SAXSdb — 2hcj

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2hcj
沉积日期 deposition_date	2006-06-16
结构标题 title	Trypsin-modified Elongation Factor Tu in complex with tetracycline
关键词 keywords	trypsin-modified EF-Tu, GTPase center, complex with tetracycline, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.47 Å
零角强度 I(0) i0	29235300.00
分子量 molecular_weight	41460.0 kDa
排除体积 excluded_volume	51913 Å³
包络体积 envelope_volume	62411 Å³
水化壳体积 shell_volume	22764 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.2 Å
壳层 Rg shell_rg	29.87 Å
包络 Rg envelope_rg	23.51 Å
形状 Rg shape_rg	23.43 Å
总 Rg total_rg	24.38 Å
总原子数 total_atoms	2908
残基数 n_residues	367
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.2 Å
Rg (实空间) rg_real	24.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9240e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6740e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29240000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8807
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.348
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.385
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6409000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.912; Smooth: 0.985

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Protein chain elongation factor EF-Tu
分子量 formula_weight	3765.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3143

TKPHVNVGTIGHVDHGKTTLTAAITTVLAKTYGGAAR

Entity 2 polymer

描述 description	Protein chain elongation factor EF-Tu
分子量 formula_weight	36982.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GITINTSHVEYDTPTRHYAHVDCPGHADYVKNMITGAAQMDGAILVVAATDGPMPQTREHILLGRQVGVPYIIVFLNKCDMVDDEELLELVEMEVRELLSQYDFPGDDTPIVRGSALKALEGDAEWEAKILELAGFLDSYIPEPERAIDKPFLLPIEDVFSISGRGTVVTGRVERGIIKVGEEVEIVGIKETQKSTCTGVEMFRKLLDEGRAGENVGVLLRGIKREEIERGQVLAKPGTIKPHTKFESEVYILSKDEGGRHTPFFKGYRPQFYFRTTDVTGTIELPEGVEMVMPGDNIKMVVTLIHPIAMDDGLRFAIREGGRTVGAGVVAKVLG

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	TETRACYCLINE
分子量 formula_weight	444.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	GLYOXYLIC ACID
分子量 formula_weight	74.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	160

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2hcjB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2hcjB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	2hcjB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	69.110 Å
晶胞边长 b length_b	69.110 Å
晶胞边长 c length_c	157.330 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.120 Å
最低分辨率 resolution_low	51.920 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2000
R_free r_free	0.2340

fit	/app/data/saxs_computation/hc/2hcj/2hcj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hc/2hcj/2hcj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hc/2hcj/2hcj.dat

Trypsin-modified Elongation Factor Tu in complex with tetracycline

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)