SAXSdb — 2hdi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Colicin I receptor

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 26–663	片段：Colicin I receptor 突变：W338M, L343M, F589M, V591M	Colicin-Ia × 1 （P06716） LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；294 K；9 G/L PROTEIN IN 0.02M TRIS PH7.5, 0.2M NACL, 0.05% LDAO, 0.45% C8E4, 3% HEPTANETRIOL MIXED AT 1:1 RATIO WITH 0.1M MES PH6.2, 10% GLYCEROL, 22% PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.50 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2HDI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2HDF Crystal structure of the Colicin I receptor Cir from E.coli 提交 2006-06-20	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–663（638 aa）片段：Colicin I receptor	突变：W338M, L343M, F589M, V591M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SR STRONTIUM ION × 1 OES N-OCTYL-2-HYDROXYETHYL SULFOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；7-8 G/L PROTEIN IN 0.02M TRIS PH7.5, 0.001M EDTA, 0.3M NACL, 1% N-OCTYL-2-HYDROXYETHYL SULFOXIDE MIXED AT 1:1 RATIO WITH 0.1M TRIS PH7.5, 0.02-0.05M SRCL2, 5% ISOPROPANOL, 32-40 % PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.65 Å R-free 0.291
9NN6 E. coli Cir in Complex with the RBD of Microcin V 提交 2025-03-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–663（632 aa）	突变：W307M, L312M, F558M, V560M	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Phosphate Buffered Saline cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force +5 Wait time 0 Blot total 1 Blot time 5 seconds	分辨率 2.90 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CIRA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–639； UniProt 26–663

Colicin-Ia

Escherichia coli

UniProt P06716

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 282–385	片段：R domain of Colicin Ia	Colicin I receptor × 1 （P17315） LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；294 K；9 G/L PROTEIN IN 0.02M TRIS PH7.5, 0.2M NACL, 0.05% LDAO, 0.45% C8E4, 3% HEPTANETRIOL MIXED AT 1:1 RATIO WITH 0.1M MES PH6.2, 10% GLYCEROL, 22% PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.50 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2HDI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CII COLICIN IA 提交 1997-01-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–624（602 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 vapor diffusion - hanging drop - streak seeding；pH 5.2；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION AGAINST RESERVOIRS OF 1.0 M NH4(SO4)2, 20 MM NA-CITRATE (PH 5.2), 200 MM NACL, STARTING WITH 6 MICROLITERS OF PROTEIN AT 2 MG/ML IN 20 MM NA-CITRATE (PH 5.2), 200 MM NACL, 5 MM DTT, AND 4 MICROLITERS RESERVOIR SOLUTION. THESE DROPS OF MUTANT PROTEIN WERE STREAK-SEEDED FROM STOCKS GENERATED FROM CRUSHED DIFFRACTION-QUALITY WILD-TYPE COLICIN IA CRYSTALS. CRYSTALS WERE HARVESTED TO 1.1 M NA2SO4, 200 MM NACL, 20 MM NA-CITRATE (PH 5.2), AND 5 MM DTT. FOR DERIVATIZATION, CRYSTALS WERE WASHED IN DTT-FREE HARVEST BUFFER AND SOAKED FOR ONE WEEK IN 1 MM CH3HGCL., vapor diffusion - hanging drop - streak seeding	分辨率 3.00 Å R-free 0.312

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CEIA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 10–113； UniProt 282–385

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2hdi
沉积日期 deposition_date	2006-06-20
结构标题 title	Crystal structure of the Colicin I receptor Cir from E.coli in complex with receptor binding domain of Colicin Ia.
关键词 keywords	;Outer membrane, Iron transport, TonB box, Signal transduction, Colicin I Receptor, Receptor Ligand, Membrane Protein, Protein Transport, Antimicrobial Protein ;; Protein Transport,Antimicrobial Protein
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.27 Å
零角强度 I(0) i0	104458000.00
分子量 molecular_weight	78323.0 kDa
排除体积 excluded_volume	97054 Å³
包络体积 envelope_volume	122740 Å³
水化壳体积 shell_volume	36885 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.8 Å
壳层 Rg shell_rg	34.97 Å
包络 Rg envelope_rg	28.49 Å
形状 Rg shape_rg	28.27 Å
总 Rg total_rg	28.88 Å
总原子数 total_atoms	5529
残基数 n_residues	701
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.2 Å
Rg (实空间) rg_real	28.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	104500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8347
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.506
峰度 Kurtosis kurtosis	0.175
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20270000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.638; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.962

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Colicin I receptor
分子量 formula_weight	71294.2 kDa
突变 mutation	W338M, L343M, F589M, V591M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5836

SVDDDGETMVVTASSVEQNLKDAPASISVITQEDLQRKPVQNLKDVLKEVPGVQLTNEGDNRKGVSIRGLDSSYTLILVDGKRVNSRNAVFRHNDFDLNWIPVDSIERIEVVRGPMSSLYGSDALGGVVNIITKKIGQKWSGTVTVDTTIQEHRDRGDTYNGQFFTSGPLIDGVLGMKAYGSLAKREKDDPQNSTTTDTGETPRIEGFSSRDGNVEFAWTPNQNHDFTAGYGFDRQDRDSDSLDKNRLERQNYSVSHNGRWDYGTSELKYYGEKVENKNPGNSSPITSESNTVDGKYTLPLTAINQFLTVGGEMRHDKMSDAVNLTGGTSSKTSASQYALFVEDEWRIFEPLALTTGVRMDDHETYGEHWSPRAYLVYNATDTVTVKGGWATAFKAPSLLQLSPDWTSNSCRGACKIVGSPDLKPETSESWELGLYYMGEEGWLEGVESSVTVFRNDVKDRISISRTSDVNAAPGYQNFVGFETGANGRRIPVFSYYNVNKARIQGVETELKIPFNDEWKLSINYTYNDGRDVSNGENKPLSDLPFHTANGTLDWKPLALEDWSMYMSGHYTGQKRADSATAKTPGGYTIWNTGAAWQVTKDVKLRAGVLNLGDKDLSRDDYSYNEDGRRYFMAVDYRF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Colicin-Ia
分子量 formula_weight	12891.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MHHHHHHHHKNTPDGKTIVSPEKFPGRSSTNHSIVVSGDPRFAGTIKITTSAVIDNRANLNYLLSHSGLDYKRNILNDRNPVVTEDVEGDKKIYNAEVAEWDKLRQRLLDARN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE
分子量 formula_weight	229.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	255

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2hdiA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	130 — Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TonB-dependent receptor, plug domain

结构域编号 domain_id	2hdiA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	170 — Maltoporin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — TonB-dependent receptor, beta-barrel domain

结构域编号 domain_id	2hdiB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	305 — Colicin Ia; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Colicin Ia; domain 2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	132.633 Å
晶胞边长 b length_b	130.494 Å
晶胞边长 c length_c	56.261 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.22 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.1910
R_work r_work	0.1878
R_free r_free	0.2493

fit	/app/data/saxs_computation/hd/2hdi/2hdi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hd/2hdi/2hdi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hd/2hdi/2hdi.dat

Crystal structure of the Colicin I receptor Cir from E.coli in complex with receptor binding domain of Colicin Ia.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Colicin I receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Colicin-Ia

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)