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2hl9

SUMO protease Ulp1 with the catalytic cysteine oxidized to a sulfonic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 60.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-like-specific protease 1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q02724

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 403–621 片段：c-terminal catalytic domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；30%(v/v) pentaerythritol ethoxylate(15/4 EO/OH), 0.05M ammonium sulfate, 100mM hydrogen peroxide , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K 分辨率 1.90 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2HL9 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1EUV X-RAY STRUCTURE OF THE C-TERMINAL ULP1 PROTEASE DOMAIN IN COMPLEX WITH SMT3, THE YEAST ORTHOLOG OF SUMO. 提交 2000-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 401–621（221 aa） 片段：C-TERMINAL PROTEASE DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1M MES pH6.5, 10% w/v polyethylene glycol 20000, 3% w/v 1,6-hexandiol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 1.60 Å R-free 0.251
2HKP SUMO protease Ulp1 with the catalytic cysteine oxidized to a sulfenic acid 提交 2006-07-05 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 403–621（219 aa） 片段：c-terminal catalytic domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；20% w/v PEG 3350, 0.2M NaCl and post-soaked in 50mM DTT for 48 hours, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.10 Å R-free 0.260
2HL8 SUMO protease Ulp1 with the catalytic cysteine oxidized to a sulfinic acid 提交 2006-07-06 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 403–621（219 aa） 片段：c-terminal catalytic domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；20%(w/v) PEG 3350, 0.2M NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.00 Å R-free 0.234
5H2V Crystal structure of the karyopherin Kap121p bound to the SUMO protease Ulp1p 提交 2016-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–150（150 aa） 片段：UNP residues 1-150
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M HEPES, 10% 2-propanol, 24% PEG20000
分辨率 2.80 Å R-free 0.241
5H2W Crystal structure of the karyopherin Kap60p bound to the SUMO protease Ulp1p (150-340) 提交 2016-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 150–340（191 aa） 片段：UNP residues 150-340
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M MES, 0.1M calcium acetate, 12% PEG8000
分辨率 2.50 Å R-free 0.247
5H2W Crystal structure of the karyopherin Kap60p bound to the SUMO protease Ulp1p (150-340) 提交 2016-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 150–340（191 aa） 片段：UNP residues 150-340
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M MES, 0.1M calcium acetate, 12% PEG8000
分辨率 2.50 Å R-free 0.247
5H2X Crystal structure of the karyopherin Kap60p bound to the SUMO protease Ulp1p (150-172) 提交 2016-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 150–172（23 aa） 片段：UNP residues 150-172
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M sodium phosphate, 12% PEG8000
分辨率 2.20 Å R-free 0.228

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ULP1_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–221； UniProt 403–621

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2hl9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2hl9
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2hl9
沉积日期 deposition_date2006-07-06
结构标题 titleSUMO protease Ulp1 with the catalytic cysteine oxidized to a sulfonic acid
关键词 keywordshydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.32 Å
零角强度 I(0) i011269800.00
分子量 molecular_weight25173.0 kDa
排除体积 excluded_volume31596 ų
包络体积 envelope_volume35743 ų
水化壳体积 shell_volume17282 ų
包络直径 envelope_diameter61.7 Å
壳层 Rg shell_rg23.51 Å
包络 Rg envelope_rg17.70 Å
形状 Rg shape_rg17.30 Å
总 Rg total_rg18.33 Å
总原子数 total_atoms1771
残基数 n_residues217
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax60.3 Å
Rg (实空间) rg_real18.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5190e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal11270000.0000
解质量估计 total_estimate0.8041
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary23.1 Å
偏度 Skewness skewness0.263
峰度 Kurtosis kurtosis-0.271
角度范围 angular_range— – 0.4300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2518000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.817; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2hl9a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamilyd.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family familyd.3.1.7 — Adenain-like
结构域编号 domain_idd2hl9a3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2hl9A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology418 — Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id2hl9A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily130 — Ubiquitin-related
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)