2ibg

Crystal Structure of Hedgehog Bound to the FNIII Domains of Ihog

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CG9211-PA

Drosophila melanogaster

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein hedgehog × 1 （Q02936） PHOSPHATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein hedgehog × 1 （Q02936） PHOSPHATE ION × 5 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein hedgehog × 1 （Q02936） PHOSPHATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein hedgehog × 1 （Q02936） PHOSPHATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9VM64_DROME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–214； UniProt 466–677 作者链 B； PDB构建体 3–214； UniProt 466–677 作者链 C； PDB构建体 3–214； UniProt 466–677 作者链 D； PDB构建体 3–214； UniProt 466–677

Protein hedgehog

Drosophila melanogaster

UniProt Q02936

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	CG9211-PA × 1 （Q9VM64） PHOSPHATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	CG9211-PA × 1 （Q9VM64） PHOSPHATE ION × 5 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	CG9211-PA × 1 （Q9VM64） PHOSPHATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	CG9211-PA × 1 （Q9VM64） PHOSPHATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HH_DROME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–150； UniProt 49–198 作者链 F； PDB构建体 1–150； UniProt 49–198 作者链 G； PDB构建体 1–150； UniProt 49–198 作者链 H； PDB构建体 1–150； UniProt 49–198

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ibg
沉积日期 deposition_date	2006-09-11
结构标题 title	Crystal Structure of Hedgehog Bound to the FNIII Domains of Ihog
关键词 keywords	ihog, hedgehog, fibronectin type III, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ibg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ibg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ibg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.16 Å
Rg（电子密度）	24.38 Å
总 Rg	25.17 Å
原子数	2800
残基数	346
排除体积	49690 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2ibg__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2ibg__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2ibg__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2ibg__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CG9211-PA
分子量 formula_weight	24290.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	11644

STYPPTPPNVTRLSDESVMLRWMVPRNDGLPIVIFKVQYRMVGKRKNWQTTNDNIPYGKPKWNSELGKSFTASVTDLKPQHTYRFRILAVYSNNDNKESNTSAKFYLQPGAALDPMPVPELLEIEEYSETAVVLHWSLASDADEHLITGYYAYYRPSSSAGEYFKATIEGAHARSFKIAPLETATMYEFKLQSFSAASASEFSALKQGRTQRPK

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein hedgehog
分子量 formula_weight	17271.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

LYPLVLKQTIPNLSEYTNSASGPLEGVIRRDSPKFKDLVPNYNRDILFRDEEGTGADRLMSKRCKEKLNVLAYSVMNEWPGIRLLVTESWDEDYHHGQESLHYEGRAVTIATSDRDQSKYGMLARLAVEAGFDWVSYVSRRHIYCSVKSD

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	289

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d2ibga1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family family	b.1.2.1 — Fibronectin type III

结构域编号 domain_id	d2ibga2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family family	b.1.2.1 — Fibronectin type III

结构域编号 domain_id	d2ibga3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2ibgb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family family	b.1.2.1 — Fibronectin type III

结构域编号 domain_id	d2ibgb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family family	b.1.2.1 — Fibronectin type III

结构域编号 domain_id	d2ibgb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2ibgc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family family	b.1.2.1 — Fibronectin type III

结构域编号 domain_id	d2ibgc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family family	b.1.2.1 — Fibronectin type III

结构域编号 domain_id	d2ibgc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2ibgd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family family	b.1.2.1 — Fibronectin type III

结构域编号 domain_id	d2ibgd2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family family	b.1.2.1 — Fibronectin type III

结构域编号 domain_id	d2ibgd3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2ibge1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.65 — Hedgehog/DD-peptidase
超家族 Superfamily superfamily	d.65.1 — Hedgehog/DD-peptidase
家族 Family family	d.65.1.2 — Hedgehog (development protein), N-terminal signaling domain

结构域编号 domain_id	d2ibgf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.65 — Hedgehog/DD-peptidase
超家族 Superfamily superfamily	d.65.1 — Hedgehog/DD-peptidase
家族 Family family	d.65.1.2 — Hedgehog (development protein), N-terminal signaling domain

结构域编号 domain_id	d2ibgg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.65 — Hedgehog/DD-peptidase
超家族 Superfamily superfamily	d.65.1 — Hedgehog/DD-peptidase
家族 Family family	d.65.1.2 — Hedgehog (development protein), N-terminal signaling domain

结构域编号 domain_id	d2ibgh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.65 — Hedgehog/DD-peptidase
超家族 Superfamily superfamily	d.65.1 — Hedgehog/DD-peptidase
家族 Family family	d.65.1.2 — Hedgehog (development protein), N-terminal signaling domain

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2ibgA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2ibgA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2ibgB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2ibgB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2ibgC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2ibgC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2ibgD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2ibgD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2ibgE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ibgF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ibgG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ibgH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	75.354 Å
晶胞边长 b length_b	70.003 Å
晶胞边长 c length_c	155.695 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	37.680 Å
R 因子 r_factor	0.2000
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	0.2460

Crystal Structure of Hedgehog Bound to the FNIII Domains of Ihog

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CG9211-PA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein hedgehog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ibg__assembly_1__model_1

2ibg__assembly_1__model_1 | I(q)

2ibg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Hedgehog Bound to the FNIII Domains of Ihog

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CG9211-PA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein hedgehog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ibg__assembly_1__model_1

2ibg__assembly_1__model_1 | I(q)

2ibg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)