SAXSdb — 2ibt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Modification methylase TaqI

Thermus aquaticus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(GPTPTPCPGP(2PR)PTPGPTPC)-3' × 1 5'-D(GPAPCPAP(3DR)PCPGP(6MA)PAPC)-3' × 1 5'-DEOXY-5'-[2-(AMINO)ETHYLTHIO]ADENOSINE × 1 GLYCEROL × 3 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(GPTPTPCPGP(2PR)PTPGPTPC)-3' × 1 5'-D(GPAPCPAP(3DR)PCPGP(6MA)PAPC)-3' × 1 5'-DEOXY-5'-[2-(AMINO)ETHYLTHIO]ADENOSINE × 1 GLYCEROL × 4 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MTTA_THEAQ
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421 作者链 D； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ibt
沉积日期 deposition_date	2006-09-12
结构标题 title	Crystal structure of the adenine-specific DNA methyltransferase M.TaqI complexed with the cofactor analog AETA and a 10 bp DNA containing 2-aminopurine at the target position and an abasic site analog at the target base partner position
关键词 keywords	DNA, DNA methyltransferase, 2-aminopurine, abasic site analog, base flipping, nucleotide flipping, TRANSFERASE-DNA COMPLEX; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ibt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ibt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ibt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.12 Å
Rg（电子密度）	23.56 Å
总 Rg	24.32 Å
原子数	3625
残基数	410
排除体积	63763 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2ibt__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2ibt__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(GPTPTPCPGP(2PR)PTPGPTPC)-3'
分子量 formula_weight	3051.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,E
原子数 atom_count	8297

GTTCGGTGTC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(GPAPCPAP(3DR)PCPGP(6MA)PAPC)-3'
分子量 formula_weight	2927.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,F

GACANCGAAC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Modification methylase TaqI
分子量 formula_weight	47931.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.72
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D

MGLPPLLSLPSNSAPRSLGRVETPPEVVDFMVSLAEAPRGGRVLEPACAHGPFLRAFREAHGTAYRFVGVEIDPKALDLPPWAEGILADFLLWEPGEAFDLILGNPPYGIVGEASKYPIHVFKAVKDLYKKAFSTWKGKYNLYGAFLEKAVRLLKPGGVLVFVVPATWLVLEDFALLREFLAREGKTSVYYLGEVFPQKKVSAVVIRFQKSGKGLSLWDTQESESGFTPILWAEYPHWEGEIIRFETEETRKLEISGMPLGDLFHIRFAARSPEFKKHPAVRKEPGPGLVPVLTGRNLKPGWVDYEKNHSGLWMPKERAKELRDFYATPHLVVAHTKGTRVVAAWDERAYPWREEFHLLPKEGVRLDPSSLVQWLNSEAMQKHVRTLYRDFVPHLTLRMLERLPVRREYGFHTSPESARNF

来源 Source

来源生物 organism	Thermus aquaticus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	271
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	5'-DEOXY-5'-[2-(AMINO)ETHYLTHIO]ADENOSINE
分子量 formula_weight	326.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1041

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2ibta1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.27 — DNA methylase TaqI, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2ibta2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.287 — DNA methylase specificity domain
超家族 Superfamily superfamily	d.287.1 — DNA methylase specificity domain
家族 Family family	d.287.1.1 — TaqI C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2ibtd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.27 — DNA methylase TaqI, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2ibtd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.287 — DNA methylase specificity domain
超家族 Superfamily superfamily	d.287.1 — DNA methylase specificity domain
家族 Family family	d.287.1.1 — TaqI C-terminal domain-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2ibtA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2ibtA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	220 — Adenine-n6-DNA-methyltransferase TaqI; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenine-n6-DNA-methyltransferase Taqi, Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	2ibtD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2ibtD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	220 — Adenine-n6-DNA-methyltransferase TaqI; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenine-n6-DNA-methyltransferase Taqi, Chain A, domain 2

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晶胞边长 a length_a	59.339 Å
晶胞边长 b length_b	68.699 Å
晶胞边长 c length_c	114.022 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.09 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	19.920 Å
R 因子 r_factor	0.1687
R_work r_work	0.1669
R_free r_free	0.2032

Crystal structure of the adenine-specific DNA methyltransferase M.TaqI complexed with the cofactor analog AETA and a 10 bp DNA containing 2-aminopurine at the target position and an abasic site analog at the target base partner position

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Modification methylase TaqI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ibt__assembly_1__model_1

2ibt__assembly_1__model_1 | I(q)

2ibt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (3)

Crystal structure of the adenine-specific DNA methyltransferase M.TaqI complexed with the cofactor analog AETA and a 10 bp DNA containing 2-aminopurine at the target position and an abasic site analog at the target base partner position

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Modification methylase TaqI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ibt__assembly_1__model_1

2ibt__assembly_1__model_1 | I(q)

2ibt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (3)