SAXSdb — 2if1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EIF1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–113	未记录	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）400 mM；压力 1	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2IF1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4KZX Rabbit 40S ribosomal subunit in complex with eIF1. 提交 2013-05-30	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：35-meric	链 l 1–113（113 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；0.1M Ammonium acetate, 0.05M Tris-HCl pH 8.5, 2.5% PEG-20K, 4-6% MPD, 5.0mM Mg acetate, 2.0mM TCEP, vapor diffusion, temperature 292K	分辨率 7.81 Å R-free 0.347
4KZY Rabbit 40S ribosomal subunit in complex with eIF1 and eIF1A. 提交 2013-05-30	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：36-meric	链 l 1–113（113 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；0.1M Ammonium acetate, 0.05M Tris-HCl pH 8.5, 2.5% PEG-20K, 4-6% MPD, 5.0mM Mg acetate, 2.0mM TCEP, vapor diffusion, temperature 292K	分辨率 7.01 Å R-free 0.348
6YBW Structure of a human 48S translational initiation complex - 40S body 提交 2020-03-18	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric	链 p 1–113（113 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 60 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
6ZMW Structure of a human 48S translational initiation complex 提交 2020-07-04	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：57-meric	链 p 1–113（113 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 89	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
6ZP4 SARS-CoV-2 Nsp1 bound to a human 43S preinitiation ribosome complex - state 2 提交 2020-07-08	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric	链 Z 1–113（113 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
6ZVJ Structure of a human ABCE1-bound 43S pre-initiation complex - State II 提交 2020-07-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：51-meric	链 N 23–113（91 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7A09 Structure of a human ABCE1-bound 43S pre-initiation complex - State III 提交 2020-08-07	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric	链 Z 1–113（113 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MET METHIONINE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7QP6 Structure of the human 48S initiation complex in open state (h48S AUG open) 提交 2022-01-03	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric	链 p 1–113（113 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 95 mM KOAc, 3.75 mM Mg(OAc)2, 1 mM ATP, 0.5 mM GTP, 0.25 mM spermidine, 2 mM DTT, 0.4 U/uL RiboLock RNase inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Cryo-EM grids were prepared by floating home-made continuous carbon on 40 ul sample in the wells of teflon block (custom-made). The sample-covered carbon was then adsorbed to an EM grid.	分辨率 4.70 Å
8PJ1 Structure of human 48S translation initiation complex in open codon scanning state (48S-1) 提交 2023-06-22	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric	链 p 1–113（113 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 90 ZN ZINC ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing	分辨率 3.40 Å
8PPK Bat-Hp-CoV Nsp1 and eIF1 bound to the human 40S small ribosomal subunit 提交 2023-07-07	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：37-meric	链 p 1–113（113 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 117 MG MAGNESIUM ION × 111 ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.98 Å
8PPL MERS-CoV Nsp1 bound to the human 43S pre-initiation complex 提交 2023-07-07	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：52-meric	链 Ip 1–113（113 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 116 MET METHIONINE × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 129	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.65 Å
8XXN Cryo-EM structure of the human 43S ribosome with PDCD4 提交 2024-01-18	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：50-meric	链 C1 1–113（113 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 23 ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9BLN The structure of human Pdcd4 bound to the 40S-eIF4A-eIF3-eIF1 complex 提交 2024-04-30	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：50-meric	链 W 1–113（113 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 88 K POTASSIUM ION × 19 SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 3 ACY ACETIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9NPX SARS-CoV-2 nsp1 bound to the Rhinolophus lepidus 40S ribosomal subunit (local refinement of the 40S body) 提交 2025-03-11	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：24-meric	链 k 1–113（113 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 57 K POTASSIUM ION × 13 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.10 Å

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EIF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 14–126； UniProt 1–113

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2if1
沉积日期 deposition_date	1998-08-04
结构标题 title	HUMAN TRANSLATION INITIATION FACTOR EIF1, NMR, 29 STRUCTURES
关键词 keywords	TRANSLATION INITIATION FACTOR; TRANSLATION INITIATION FACTOR
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.11 Å
零角强度 I(0) i0	2570770000.00
分子量 molecular_weight	414710.0 kDa
排除体积 excluded_volume	513910 Å³
包络体积 envelope_volume	215830 Å³
水化壳体积 shell_volume	49180 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.9 Å
壳层 Rg shell_rg	42.42 Å
包络 Rg envelope_rg	37.76 Å
形状 Rg shape_rg	23.11 Å
总 Rg total_rg	23.60 Å
总原子数 total_atoms	58174
残基数 n_residues	3654
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.3 Å
Rg (实空间) rg_real	22.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.16 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4390e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6220e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2571000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6241
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.380
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.797
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	2.4430
最高正则化参数 α highest_alpha	1127000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.005; Oscil: 0.820; Stabil: 0.985; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.713; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2if1a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.64 — eIF1-like
超家族 Superfamily superfamily	d.64.1 — eIF1-like
家族 Family family	d.64.1.1 — eIF1-like

结构域编号 domain_id	d2if1a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2if1A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	780 — Translation Initiation Factor Eif1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SUI1-like domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	EIF1
分子量 formula_weight	14327.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	58174

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

HUMAN TRANSLATION INITIATION FACTOR EIF1, NMR, 29 STRUCTURES

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EIF1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/if/2if1/2if1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/if/2if1/2if1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/if/2if1/2if1.dat