8xxn

Cryo-EM structure of the human 43S ribosome with PDCD4

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 236.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8xxn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8xxn
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8xxn
沉积日期 deposition_date2024-01-18
结构标题 titleCryo-EM structure of the human 43S ribosome with PDCD4
关键词 keywordsRibosome, PDCD4, eIF4A; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier90.04
回转半径 Rg (电子) rg_electron92.38
零角强度 I(0) i060854600000.00
分子量 molecular_weight1663300.0 kDa
排除体积 excluded_volume1899900 ų
包络体积 envelope_volume3498900 ų
水化壳体积 shell_volume308780 ų
包络直径 envelope_diameter320.3
壳层 Rg shell_rg92.40
包络 Rg envelope_rg90.66
形状 Rg shape_rg92.50
总 Rg total_rg92.10
总原子数 total_atoms114565
残基数 n_residues12026
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax236.4
Rg (实空间) rg_real86.74
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56
I(0) (实空间) i0_real5.8200e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1280e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal89.62
I(0) (倒空间) i0_reciprocal60770000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9132
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary97.3
偏度 Skewness skewness0.177
峰度 Kurtosis kurtosis-0.704
角度范围 angular_range— – 0.0850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.9757
最高正则化参数 α highest_alpha2233000000.0000
实空间数据点数 n_real_points18
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.001; Oscil: 0.998; Stabil: 0.965; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (52)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)