9bln

The structure of human Pdcd4 bound to the 40S-eIF4A-eIF3-eIF1 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 229.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9bln

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9bln
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9bln
沉积日期 deposition_date2024-04-30
结构标题 titleThe structure of human Pdcd4 bound to the 40S-eIF4A-eIF3-eIF1 complex
关键词 keywordsPdcd4, eIF4A, ribosome, 43S, translation, ANTITUMOR PROTEIN; ANTITUMOR PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier87.65
回转半径 Rg (电子) rg_electron89.14
零角强度 I(0) i053826600000.00
分子量 molecular_weight1515800.0 kDa
排除体积 excluded_volume1705000 ų
包络体积 envelope_volume3288900 ų
水化壳体积 shell_volume295050 ų
包络直径 envelope_diameter309.9
壳层 Rg shell_rg90.09
包络 Rg envelope_rg89.84
形状 Rg shape_rg89.42
总 Rg total_rg88.47
总原子数 total_atoms104344
残基数 n_residues11542
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax229.9
Rg (实空间) rg_real84.38
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.53
I(0) (实空间) i0_real5.1330e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.8160e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal87.24
I(0) (倒空间) i0_reciprocal53750000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9050
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary102.2
偏度 Skewness skewness0.180
峰度 Kurtosis kurtosis-0.710
角度范围 angular_range— – 0.0900 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.1330
最高正则化参数 α highest_alpha2045000000.0000
实空间数据点数 n_real_points19
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.998; Stabil: 0.958; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.900; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (55)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)