8pj5

Structure of human 48S translation initiation complex after eIF2 release prior 60S subunit joining (48S-5)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 228.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8pj5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8pj5
下载 Download

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8pj5
沉积日期 deposition_date2023-06-22
结构标题 titleStructure of human 48S translation initiation complex after eIF2 release prior 60S subunit joining (48S-5)
关键词 keywordsRIBOSOME, TRANSLATION, initiation, 48S, eIF, human, eukaryotic, factor, codon, scanning, closed; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier86.26
回转半径 Rg (电子) rg_electron88.21
零角强度 I(0) i063134400000.00
分子量 molecular_weight1642500.0 kDa
排除体积 excluded_volume1848600 ų
包络体积 envelope_volume3325300 ų
水化壳体积 shell_volume299890 ų
包络直径 envelope_diameter311.6
壳层 Rg shell_rg90.59
包络 Rg envelope_rg89.21
形状 Rg shape_rg88.51
总 Rg total_rg87.49
总原子数 total_atoms112913
残基数 n_residues11915
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax228.5
Rg (实空间) rg_real82.81
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58
I(0) (实空间) i0_real6.0280e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.8910e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal85.76
I(0) (倒空间) i0_reciprocal63040000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9110
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary88.9
偏度 Skewness skewness0.229
峰度 Kurtosis kurtosis-0.628
角度范围 angular_range— – 0.0900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.8788
最高正则化参数 α highest_alpha3672000000.0000
实空间数据点数 n_real_points19
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 1.000; Stabil: 0.965; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.952; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (54)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)