8pj6

Structure of human 48S translation initiation complex with initiator tRNA, eIF1A and eIF3 (off-pathway)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 228.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8pj6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8pj6
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8pj6
沉积日期 deposition_date2023-06-22
结构标题 titleStructure of human 48S translation initiation complex with initiator tRNA, eIF1A and eIF3 (off-pathway)
关键词 keywordsRIBOSOME, TRANSLATION, initiation, 48S, eIF, human, eukaryotic, factor, codon, scanning, closed; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier86.34
回转半径 Rg (电子) rg_electron88.06
零角强度 I(0) i057776300000.00
分子量 molecular_weight1556200.0 kDa
排除体积 excluded_volume1743500 ų
包络体积 envelope_volume3142200 ų
水化壳体积 shell_volume286000 ų
包络直径 envelope_diameter312.7
壳层 Rg shell_rg88.75
包络 Rg envelope_rg89.00
形状 Rg shape_rg88.35
总 Rg total_rg87.37
总原子数 total_atoms106913
残基数 n_residues11225
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax228.2
Rg (实空间) rg_real83.08
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.59
I(0) (实空间) i0_real5.5130e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.9620e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal85.76
I(0) (倒空间) i0_reciprocal57670000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9078
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary88.7
偏度 Skewness skewness0.214
峰度 Kurtosis kurtosis-0.691
角度范围 angular_range— – 0.0900 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.0830
最高正则化参数 α highest_alpha2899000000.0000
实空间数据点数 n_real_points19
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 1.000; Stabil: 0.960; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.926; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (52)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)