2ilm

Factor Inhibiting HIF-1 Alpha D201A Mutant in Complex with FE(II), Alpha-Ketoglutarate and HIF-1 Alpha 35mer

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hypoxia-inducible factor 1 alpha inhibitor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Hypoxia-inducible factor 1 alpha × 2 （Q16665） FE (II) ION × 2 SULFATE ION × 4 BICARBONATE ION × 2 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 GLYCEROL × 6 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HIF1N_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–349； UniProt 1–349

Hypoxia-inducible factor 1 alpha

物种未注明

UniProt Q16665

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Hypoxia-inducible factor 1 alpha inhibitor × 2 （Q9NWT6） FE (II) ION × 2 SULFATE ION × 4 BICARBONATE ION × 2 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 GLYCEROL × 6 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HIF1A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–41； UniProt 786–826

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ilm
沉积日期 deposition_date	2006-10-03
结构标题 title	Factor Inhibiting HIF-1 Alpha D201A Mutant in Complex with FE(II), Alpha-Ketoglutarate and HIF-1 Alpha 35mer
关键词 keywords	;FIH, HIF, DSBH, OXYGENASE, TRANSCRIPTION, HYPOXIA, INHIBITOR 2-OXOGLUTARATE, ASPARAGINYL HYDROXYLASE, TRANSCRIPTION REGULATOR, OXIDOREDUCTASE ;; TRANSCRIPTION REGULATOR, OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ilm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ilm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ilm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.18 Å
Rg（电子密度）	34.15 Å
总 Rg	34.40 Å
原子数	5470
残基数	694
排除体积	96190 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2ilm__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hypoxia-inducible factor 1 alpha inhibitor
分子量 formula_weight	40284.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.11.16
突变 mutation	D201A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2910

MAATAAEAVASGSGEPREEAGALGPAWDESQLRSYSFPTRPIPRLSQSDPRAEELIENEEPVVLTDTNLVYPALKWDLEYLQENIGNGDFSVYSASTHKFLYYDEKKMANFQNFKPRSNREEMKFHEFVEKLQDIQQRGGEERLYLQQTLNDTVGRKIVMDFLGFNWNWINKQQGKRGWGQLTSNLLLIGMEGNVTPAHYAEQQNFFAQIKGYKRCILFPPDQFECLYPYPVHHPCDRQSQVDFDNPDYERFPNFQNVVGYETVVGPGDVLYIPMYWWHHIESLLNGGITITVNFWYKGAPTPKRIEYPLKAHQKVAIMRNIEKMLGEALGNPQEVGPLLNTMIKGRYN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Hypoxia-inducible factor 1 alpha
分子量 formula_weight	4506.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

SMDESGLPQLTSYDCEVNAPIQGSRNLLQGEELLRALDQVN

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	BICARBONATE ION
分子量 formula_weight	61.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-OXOGLUTARIC ACID
分子量 formula_weight	146.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	175

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2ilma_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.2 — Clavaminate synthase-like
家族 Family family	b.82.2.6 — Hypoxia-inducible factor HIF ihhibitor (FIH1)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2ilmA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	2ilmA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1010 — Clavaminate synthase-like

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晶胞边长 a length_a	86.531 Å
晶胞边长 b length_b	86.531 Å
晶胞边长 c length_c	147.640 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	43.270 Å
R 因子 r_factor	0.2090
R_work r_work	0.2090
R_free r_free	0.2670

Factor Inhibiting HIF-1 Alpha D201A Mutant in Complex with FE(II), Alpha-Ketoglutarate and HIF-1 Alpha 35mer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hypoxia-inducible factor 1 alpha inhibitor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Hypoxia-inducible factor 1 alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ilm__assembly_1__model_1

2ilm__assembly_1__model_1 | I(q)

2ilm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (3)

Factor Inhibiting HIF-1 Alpha D201A Mutant in Complex with FE(II), Alpha-Ketoglutarate and HIF-1 Alpha 35mer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hypoxia-inducible factor 1 alpha inhibitor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Hypoxia-inducible factor 1 alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ilm__assembly_1__model_1

2ilm__assembly_1__model_1 | I(q)

2ilm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (3)