2inq

Neutron Crystal Structure of Escherichia coli Dihydrofolate Reductase Bound to the Anti-cancer drug, Methotrexate

Method: NEUTRON DIFFRACTION Dmax: 78.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydrofolate reductase

Escherichia coli K12

UniProt P0ABQ4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–159 突变:N37D MT1 N-(4-{[(2,4-DIAMINOPTERIDIN-1-IUM-6-YL)METHYL](METHYL)AMINO}BENZOYL)-L-GLUTAMIC ACID × 1 NEUTRON DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;277 K;16% (v/v) Polyethylene Glycol 400, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Na-HEPES (pH = 7.5); complex [] = 50 mg/ml, Microbatch under parrafin oil, temperature 277K, pH 7.50 分辨率 2.20 Å R-free 0.233
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–159 突变:N37D MT1 N-(4-{[(2,4-DIAMINOPTERIDIN-1-IUM-6-YL)METHYL](METHYL)AMINO}BENZOYL)-L-GLUTAMIC ACID × 1 NEUTRON DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;277 K;16% (v/v) Polyethylene Glycol 400, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Na-HEPES (pH = 7.5); complex [] = 50 mg/ml, Microbatch under parrafin oil, temperature 277K, pH 7.50 分辨率 2.20 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 141 个其他 PDB 条目、155 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DYR_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–159; UniProt 1–159 作者链 B; PDB构建体 1–159; UniProt 1–159

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2inq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2inq
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2inq
沉积日期 deposition_date2006-10-08
结构标题 titleNeutron Crystal Structure of Escherichia coli Dihydrofolate Reductase Bound to the Anti-cancer drug, Methotrexate
关键词 keywordsNeutron Structure; Deuterium Exchange; Pseudo-Rossman Fold; Nucleotide Binding Domain; Chemotherapy, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodNEUTRON DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.68
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.80
零角强度 I(0) i026347400.00
分子量 molecular_weight40095.0 kDa
排除体积 excluded_volume50217 ų
包络体积 envelope_volume67569 ų
水化壳体积 shell_volume24745 ų
包络直径 envelope_diameter79.1
壳层 Rg shell_rg29.97
包络 Rg envelope_rg23.26
形状 Rg shape_rg22.92
总 Rg total_rg23.44
总原子数 total_atoms5468
残基数 n_residues318
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax78.7
Rg (实空间) rg_real23.72
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47
I(0) (实空间) i0_real2.6350e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5290e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.71
I(0) (倒空间) i0_reciprocal26350000.0000
解质量估计 total_estimate0.7154
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary25.8
偏度 Skewness skewness0.407
峰度 Kurtosis kurtosis-0.346
角度范围 angular_range— – 0.3350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10710000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.833; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.286; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.975

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2inqa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.71 — Dihydrofolate reductase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.71.1 — Dihydrofolate reductase-like
家族 Family familyc.71.1.1 — Dihydrofolate reductases
结构域编号 domain_idd2inqb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.71 — Dihydrofolate reductase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.71.1 — Dihydrofolate reductase-like
家族 Family familyc.71.1.1 — Dihydrofolate reductases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2inqA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology430 — Dihydrofolate Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dihydrofolate Reductase, subunit A
结构域编号 domain_id2inqB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology430 — Dihydrofolate Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dihydrofolate Reductase, subunit A

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)