SAXSdb — 2io3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sentrin-specific protease 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 364–589	片段：catalytic domain 突变：C548S	Small ubiquitin-related modifier 2 × 4 （P61956） Ran GTPase-activating protein 1 × 4 （P46060）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；12% PEG 4000, 0.1M Lithium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.306

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2IO3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1TGZ Structure of human Senp2 in complex with SUMO-1 提交 2004-05-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 364–589（226 aa）片段：catalytic domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.276
1TGZ Structure of human Senp2 in complex with SUMO-1 提交 2004-05-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 364–589（226 aa）片段：catalytic domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.276
1TH0 Structure of human Senp2 提交 2004-05-31	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 364–589（226 aa）片段：catalytic domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；277 K；20% PEG 4000, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 3% XYLITOL, 50MM SODIUM CITRATE, PH6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.247
1TH0 Structure of human Senp2 提交 2004-05-31	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 364–589（226 aa）片段：catalytic domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；277 K；20% PEG 4000, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 3% XYLITOL, 50MM SODIUM CITRATE, PH6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.247
2IO0 Crystal structure of human Senp2 in complex with preSUMO-2 提交 2006-10-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 364–589（226 aa）片段：catalytic domain	突变：C548S	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；15% PEG 4000, 0.2M Lithium sulfate, 0.1mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.30 Å R-free 0.249
2IO1 Crystal structure of human Senp2 in complex with preSUMO-3 提交 2006-10-09	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 364–589（226 aa）片段：catalytic domain	突变：C548S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；7% PEG 4000, 0.1M Sodium acetate, 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.230
2IO1 Crystal structure of human Senp2 in complex with preSUMO-3 提交 2006-10-09	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 364–589（226 aa）片段：catalytic domain	突变：C548S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；7% PEG 4000, 0.1M Sodium acetate, 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.230
2IO1 Crystal structure of human Senp2 in complex with preSUMO-3 提交 2006-10-09	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 364–589（226 aa）片段：catalytic domain	突变：C548S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；7% PEG 4000, 0.1M Sodium acetate, 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.230
2IO2 Crystal structure of human Senp2 in complex with RanGAP1-SUMO-1 提交 2006-10-09	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 364–589（226 aa）片段：catalytic domain	突变：C548S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；12% PEG 4000, 0.1M Lithium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.301
3ZO5 Structure of SENP2-Loop1 in complex with preSUMO-2 提交 2013-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 363–392（30 aa）片段：RESIDUES 363-589 链 A 395–589（195 aa）片段：RESIDUES 363-589	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.15 Å R-free 0.236
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 U 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 W 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Q 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326

共 7 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SENP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–232； UniProt 364–589

Small ubiquitin-related modifier 2

Homo sapiens

UniProt P61956

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 15–93	未记录	Sentrin-specific protease 2 × 4 （Q9HC62） Ran GTPase-activating protein 1 × 4 （P46060）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；12% PEG 4000, 0.1M Lithium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.306

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2IO3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1WM2 Crystal structure of human SUMO-2 protein 提交 2004-07-02	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 12–89（78 aa）片段：no N-terminal arm(residues 12-89)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；40% PEG600, 0.1M CHES, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.60 Å R-free 0.190
1WM3 Crystal structure of human SUMO-2 protein 提交 2004-07-02	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 17–88（72 aa）片段：no N-terminal arm(residues 17-88)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；40% PEG600, 0.1M CHES, 0.1M Na-HEPES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.20 Å R-free 0.185
1WZ0 Solution Structure of Human SUMO-2 (SMT3B), a Ubiquitin-like Protein 提交 2005-02-21	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–91（91 aa）片段：ubiquitin-like molecule	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM；压力 ambient NMR样品组成 1.21mM protein U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl (pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2AWT Solution Structure of Human Small Ubiquitin-Like Modifier Protein Isoform 2 (SUMO-2) 提交 2005-09-02	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–95（95 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate, 150mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 0.8mM SUMO-2 U-15N, 13C; 50mM phosphate buffer pH 6.0; 150mM NaCl; 1mM EDTA; 1mM DSS; 0.01% sodium azide; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2CKH SENP1-SUMO2 complex 提交 2006-04-18	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 15–93（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；pH 5.00	分辨率 3.20 Å R-free 0.294
2D07 Crystal Structure of SUMO-3-modified Thymine-DNA Glycosylase 提交 2005-07-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–93（93 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；1.5M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.241
2IO0 Crystal structure of human Senp2 in complex with preSUMO-2 提交 2006-10-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 15–95（81 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；15% PEG 4000, 0.2M Lithium sulfate, 0.1mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.30 Å R-free 0.249
2IYD SENP1 covalent complex with SUMO-2 提交 2006-07-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 15–95（81 aa）片段：CATALYTIC FRAGMENT, RESIDUES 15-95	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.288
2N1W Solution structure of human SUMO2 提交 2015-04-24	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–93（93 aa）片段：UNP residues 1-93	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；290 K；压力 ambient NMR样品组成 0.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SUMO2-1, 10 mM potassium phosphate-2, 100 mM potassium chloride-3, 2 mM DTT-4, 0.1 mM EDTA-5, 0.001 % sodium azide-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5-1 mM [U-100% 15N] SUMO2-7, 10 mM potassium phosphate-8, 100 mM potassium chloride-9, 2 mM DTT-10, 0.1 mM EDTA-11, 0.001 % sodium azide-12, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5-1 mM [U-100% 15N] SUMO2-13, 10 mM potassium phosphate-14, 100 mM potassium chloride-15, 2 mM DTT-16, 0.1 mM EDTA-17, 0.001 % sodium azide-18, 10 w/v Pf1 phage-19, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5-1 mM SUMO2-20, 10 mM potassium phosphate-21, 100 mM potassium chloride-22, 2 mM DTT-23, 0.1 mM EDTA-24, 0.001 % sodium azide-25, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2N9E Structure of SUMO-2 bound to phosphorylated RAP80 SIM 提交 2015-11-15	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–95（95 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）25；压力 ambient NMR样品组成 1.2 mM peptide, 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2RPQ Solution Structure of a SUMO-interacting motif of MBD1-containing chromatin-associated factor 1 bound to SUMO-3 提交 2008-07-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–93（93 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 0.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SIMMCAF1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3UIN Complex between human RanGAP1-SUMO2, UBC9 and the IR1 domain from RanBP2 提交 2011-11-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 14–93（80 aa）片段：UNP residues 14-93	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；279 K；100 mM HEPES pH 7.5, 400 mM ammonium citrate, 2% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 2.60 Å R-free 0.264
3UIO Complex between human RanGAP1-SUMO2, UBC9 and the IR1 domain from RanBP2 containing IR2 Motif II 提交 2011-11-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 14–93（80 aa）片段：UNP residues 14-93	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；279 K；14% PEG4000, 100 mM sodium citrate pH 6.0, 200 mM ammonium acetate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 279K	分辨率 2.60 Å R-free 0.251
3ZO5 Structure of SENP2-Loop1 in complex with preSUMO-2 提交 2013-02-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 16–95（80 aa）片段：RESIDUES 16-95	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.15 Å R-free 0.236
4BKG crystal structure of human diSUMO-2 提交 2013-04-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 12–93（82 aa）片段：SUMO-2DELTAN11, RESIDUES 12-93	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.1 M TRIS/HCL PH 8.0, 28% PEG 350MME,0.05% DIOXANE	分辨率 2.11 Å R-free 0.231
4NPN Crystal structure of human tetra-SUMO-2 提交 2013-11-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 12–93（82 aa）片段：DELTAN11SUMO-2, UNP RESIDUES 12-93	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.4；289 K；0.1M Tris-HCl, 0.1M CHES, 30% PEG 600, pH 9.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.63 Å R-free 0.218
4NPN Crystal structure of human tetra-SUMO-2 提交 2013-11-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 12–93（82 aa）片段：DELTAN11SUMO-2, UNP RESIDUES 12-93	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.4；289 K；0.1M Tris-HCl, 0.1M CHES, 30% PEG 600, pH 9.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.63 Å R-free 0.218
5D2M Complex between human SUMO2-RANGAP1, UBC9 and ZNF451 提交 2015-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 15–93（79 aa）片段：UNP residues 15-93 链 E 15–93（79 aa）片段：UNP residues 15-93	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；6 % (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium citrate and 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
5ELU Isoform-specific inhibition of SUMO-dependent protein-protein interactions 提交 2015-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 14–89（76 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M sodium chloride and 2.0 M ammonium sulphate	分辨率 2.35 Å R-free 0.207
5EQL Isoform-specific inhibition of SUMO-dependent protein-protein interactions 提交 2015-11-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 14–89（76 aa）片段：UNP residues 14-89	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；291 K；0.1 M HEPES sodium salt pH 7.6, 22% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 2.49 Å R-free 0.243
5GHB SOLUTION STRUCTURE OF LYS42 ACETYLATED HUMAN SUMO2 提交 2016-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–93（93 aa）片段：UNP RESIDUES 1-93	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；290 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM KCl；压力 AMBIENT NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] SUMO2 K42Ac, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] SUMO2 K42Ac, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] SUMO2 K42Ac, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 10 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM K42Ac SUMO2, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5GHC SOLUTION STRUCTURE OF LYS33 ACETYLATED HUMAN SUMO2 提交 2016-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–93（93 aa）片段：UNP RESIDUES 1-93	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；290 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM KCl；压力 AMBIENT NMR样品组成 1 mM SUMO2 K33Ac, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM SUMO2 K33Ac, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM SUMO2 K33Ac, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 10 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM SUMO2 K33Ac, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6JXW Complex of SUMO2 bound SLS4 from ICP0. 提交 2019-04-25	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–95（95 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）137；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-98% 15N] SUMO2, 2.0 mM SLS4-SIM from Ubiquitin E3 ligase ICP0, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SUMO2, 2.0 mM SLS4-SIM from Ubiquitin E3 ligase ICP0, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-15N; U-2H] SUMO2, 2.0 mM SLS4-SIM from Ubiquitin E3 ligase ICP0, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2.0 mM [U-15N; U-2H] SUMO2, 0.5 mM SLS4-SIM from Ubiquitin E3 ligase ICP0, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6JXX SUMO2 bound to phosphorylated SLS4-SIM peptide from ICP0 提交 2019-04-25	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–95（95 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）137；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-15N] SUMO2, 2 mM Phosphorylated SLS4 from E3 ubiquitin ligase ICP0, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM [U-13C; U-15N] SUMO2, 1.5 mM Phosphorylated SLS4 from E3 ubiquitin ligase ICP0, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7ZJV Structure of human USPL1 in covalent complex with DeltaN-SUMO2/3-PA probe 提交 2022-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 18–92（75 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 CL CHLORIDE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；293 K；100 mM CHES pH 8.9, 34% PEG600	分辨率 2.40 Å R-free 0.258

共 24 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SUMO2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–81； UniProt 15–93

Ran GTPase-activating protein 1

Homo sapiens

UniProt P46060

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 418–587	片段：c-terminal domain 突变：C573S	Sentrin-specific protease 2 × 4 （Q9HC62） Small ubiquitin-related modifier 2 × 4 （P61956）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；12% PEG 4000, 0.1M Lithium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.306

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2IO3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Z5S Crystal structure of a complex between UBC9, SUMO-1, RANGAP1 and NUP358/RANBP2 提交 2005-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 418–587（170 aa）片段：C-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；18% PEG4000 (w/v), 0.1 M sodium citrate, 0.2 M ammonium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.01 Å R-free 0.290
2GRN Crystal Structure of human RanGAP1-Ubc9 提交 2006-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 419–587（169 aa）片段：C-terminal domain (residues 419-587)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；1M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.218
2GRO Crystal Structure of human RanGAP1-Ubc9-N85Q 提交 2006-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 419–587（169 aa）片段：C-terminal domain (residues 419-587)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；1M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.202
2GRP Crystal Structure of human RanGAP1-Ubc9-Y87A 提交 2006-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 419–587（169 aa）片段：C-terminal domain (RESIDUES 419-587)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；1M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.231
2GRQ Crystal Structure of human RanGAP1-Ubc9-D127A 提交 2006-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 419–587（169 aa）片段：C-terminal domain (RESIDUES 419-587)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；1M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.205
2GRR Crystal Structure of human RanGAP1-Ubc9-D127S 提交 2006-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 419–587（169 aa）片段：C-terminal domain (RESIDUES 419-587)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；1M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.30 Å R-free 0.222
2IO2 Crystal structure of human Senp2 in complex with RanGAP1-SUMO-1 提交 2006-10-09	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 C 418–587（170 aa）片段：c-terminal domain	突变：C573S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；12% PEG 4000, 0.1M Lithium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.301
2IY0 SENP1 (mutant) SUMO1 RanGAP 提交 2006-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 432–587（156 aa）片段：C-TERMINUS, RESIDUES 432-587	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.77 Å R-free 0.279
3UIN Complex between human RanGAP1-SUMO2, UBC9 and the IR1 domain from RanBP2 提交 2011-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 419–587（169 aa）片段：UNP residues 419-587	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；279 K；100 mM HEPES pH 7.5, 400 mM ammonium citrate, 2% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 2.60 Å R-free 0.264
3UIO Complex between human RanGAP1-SUMO2, UBC9 and the IR1 domain from RanBP2 containing IR2 Motif II 提交 2011-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 419–587（169 aa）片段：UNP residues 419-587	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；279 K；14% PEG4000, 100 mM sodium citrate pH 6.0, 200 mM ammonium acetate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 279K	分辨率 2.60 Å R-free 0.251
3UIP Complex between human RanGAP1-SUMO1, UBC9 and the IR1 domain from RanBP2 containing IR2 Motif II 提交 2011-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 419–587（169 aa）片段：UNP residues 419-587	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；279 K；22% PEG4000, 100 mM HEPES pH 7.5, 400 mM ammonium citrate, 2% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 2.29 Å R-free 0.232
5D2M Complex between human SUMO2-RANGAP1, UBC9 and ZNF451 提交 2015-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 418–587（170 aa）片段：UNP residues 418-587	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；6 % (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium citrate and 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
5D2M Complex between human SUMO2-RANGAP1, UBC9 and ZNF451 提交 2015-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 418–587（170 aa）片段：UNP residues 418-587	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；6 % (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium citrate and 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
9B62 Human RANBP2/RAN(GTP)/RANGAP1-SUMO1/UBC9/CRM1/RAN(GTP) - composite map and model 提交 2024-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 G 1–587（587 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-Cl pH 8.0, 50 mM NaCl, 0.1 mM TCEP supplemented with 0.02% (v/v) IGEPAL CA-630 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30 s wait time, blot for 2.5 s before plunging	分辨率 2.90 Å

共 13 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RGP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–172； UniProt 418–587

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2io3
沉积日期 deposition_date	2006-10-09
结构标题 title	Crystal structure of human Senp2 in complex with RanGAP1-SUMO-2
关键词 keywords	SUMO, Ubiquitin, Senp, Ulp, complex, PROTEIN BINDING, HYDROLASE; PROTEIN BINDING, HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.75 Å
零角强度 I(0) i0	43619500.00
分子量 molecular_weight	52073.0 kDa
排除体积 excluded_volume	65756 Å³
包络体积 envelope_volume	86959 Å³
水化壳体积 shell_volume	28501 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.9 Å
壳层 Rg shell_rg	32.59 Å
包络 Rg envelope_rg	25.96 Å
形状 Rg shape_rg	25.73 Å
总 Rg total_rg	26.64 Å
总原子数 total_atoms	3664
残基数 n_residues	454
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.5 Å
Rg (实空间) rg_real	26.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0400e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	43620000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9132
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.237
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.525
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6057000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.962; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.987

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sentrin-specific protease 2
分子量 formula_weight	27342.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
突变 mutation	C548S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3664

GSHMASDLLELTEDMEKEISNALGHGPQDEILSSAFKLRITRGDIQTLKNYHWLNDEVINFYMNLLVERNKKQGYPALHVFSTFFYPKLKSGGYQAVKRWTKGVNLFEQEIILVPIHRKVHWSLVVIDLRKKCLKYLDSMGQKGHRICEILLQYLQDESKTKRNSDLNLLEWTHHSMKPHEIPQQLNGSDSGMFTCKYADYISRDKPITFTQHQMPLFRKKMVWEILHQQLL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Small ubiquitin-related modifier 2
分子量 formula_weight	9265.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MANDHINLKVAGQDGSVVQFKIKRHTPLSKLMKAYCERQGLSMRQIRFRFDGQPINETDTPAQLEMEDEDTIDVFQQQTGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ran GTPase-activating protein 1
分子量 formula_weight	18670.5 kDa
突变 mutation	C573S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

SLNTGEPAPVLSSPPPADVSTFLAFPSPEKLLRLGPKSSVLIAQQTDTSDPEKVVSAFLKVSSVFKDEATVRMAVQDAVDALMQKAFNSSSFNSNTFLTRLLVHMGLLKSEDKVKAIANLYGPLMALNHMVQQDYFPKALAPLLLAFVTKPNSALESSSFARHSLLQTLYKV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2io3a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.7 — Adenain-like

结构域编号 domain_id	d2io3b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d2io3c1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.12 — Ran-GTPase activating protein 1 (RanGAP1), C-terminal domain
家族 Family family	a.118.12.1 — Ran-GTPase activating protein 1 (RanGAP1), C-terminal domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2io3A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	395 — Adenoviral Proteinase; Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenoviral Proteinase; Chain A

结构域编号 domain_id	2io3B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2io3C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Ran-GTPase activating protein 1, C-terminal domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	164.056 Å
晶胞边长 b length_b	164.056 Å
晶胞边长 c length_c	78.094 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 64 2 2
空间群编号 int_tables_number	181
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	24.810 Å
R 因子 r_factor	0.2770
R_work r_work	0.2770
R_free r_free	0.3060

fit	/app/data/saxs_computation/io/2io3/2io3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/io/2io3/2io3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/io/2io3/2io3.dat

Crystal structure of human Senp2 in complex with RanGAP1-SUMO-2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sentrin-specific protease 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Small ubiquitin-related modifier 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ran GTPase-activating protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)