2jel

JEL42 FAB/HPR COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 98.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HISTIDINE-CONTAINING PROTEIN

物种未注明

UniProt P0AA04

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 1–85 未记录 JEL42 FAB FRAGMENT × 1 JEL42 FAB FRAGMENT × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.8;pH 5.8 分辨率 2.50 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PTHP_ECOLI
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–85; UniProt 1–85

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2jel

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2jel
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2jel
沉积日期 deposition_date1998-02-24
结构标题 titleJEL42 FAB/HPR COMPLEX
关键词 keywords;ANTIBODY-PROTEIN COMPLEX, HISTIDINE-CONTAINING PROTEIN, MOLECULAR RECOGNITION, COMPLEX (ANTIBODY-ANTIGEN), COMPLEX (ANTIBODY-ANTIGEN) complex ;; COMPLEX (ANTIBODY/ANTIGEN)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.01
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.45
零角强度 I(0) i052668200.00
分子量 molecular_weight56165.0 kDa
排除体积 excluded_volume69980 ų
包络体积 envelope_volume88606 ų
水化壳体积 shell_volume27714 ų
包络直径 envelope_diameter103.0
壳层 Rg shell_rg33.55
包络 Rg envelope_rg28.41
形状 Rg shape_rg28.41
总 Rg total_rg29.06
总原子数 total_atoms3947
残基数 n_residues510
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax98.6
Rg (实空间) rg_real29.23
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.92
I(0) (实空间) i0_real5.2670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.6820e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.14
I(0) (倒空间) i0_reciprocal52660000.0000
解质量估计 total_estimate0.8420
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.5
偏度 Skewness skewness0.566
峰度 Kurtosis kurtosis-0.101
角度范围 angular_range— – 0.2750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9196000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.817; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.786; Smooth: 0.706

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd2jelh1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd2jelh2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd2jell1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd2jell2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd2jelp_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.94 — HPr-like
超家族 Superfamily superfamilyd.94.1 — HPr-like
家族 Family familyd.94.1.1 — HPr-like

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id2jelH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2jelH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2jelL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2jelL02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2jelP00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1340 — Histidine-containing Protein; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HPr-like

8. 引用文献 (5)

9. 文件与曲线 (10)