SAXSdb — 2jk4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VOLTAGE-DEPENDENT ANION-SELECTIVE CHANNEL PROTEIN 1

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–283	片段：RESIDUES 2-283	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE HEXAHYDRATE, 0.1 M HEPES SODIUM PH 7.5, 30% V/V POLYETHYLENE GLYCOL 400	分辨率 4.10 Å R-free 0.387

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2JK4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2K4T Solution structure of human VDAC-1 in LDAO micelles 提交 2008-06-17	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）25；压力 AMBIENT NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N; U-2H] VDAC-1, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
5JDP E73V mutant of the human voltage-dependent anion channel 提交 2016-04-17	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–283（282 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；310 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR样品组成 0.8 mM U- 2H, 15N_sample E73V mutant of the Voltage-dependent anion channel 1, 2 % [U-2H] LDAO, 20 mM [U-2H] TRIS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5XDN Crystal structure of human voltage-dependent anion channel 1 (hVDAC1) in P22121 space group 提交 2017-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–283（283 aa）链 B 1–283（283 aa）	未记录	D12 DODECANE × 2 HEX HEXANE × 4 OCT N-OCTANE × 1 D10 DECANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；36% PEG300, 0.1 M MES (pH 6.5), 0.1 M NaCl	分辨率 3.15 Å R-free 0.300
5XDO Crystal structure of human voltage-dependent anion channel 1 (hVDAC1) in C222 space group 提交 2017-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–283（283 aa）链 B 1–283（283 aa）	未记录	SPD SPERMIDINE × 2 OCT N-OCTANE × 4 LNK PENTANE × 2 HEX HEXANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；45% PEG300, 0.1 M HEPES (pH 7.0), 0.15 M NaCl, 11 mM spermidine	分辨率 3.10 Å R-free 0.298
6G6U The dynamic nature of the VDAC1 channels in bilayers: human VDAC1 at 2.7 Angstrom resolution 提交 2018-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–283（283 aa）链 B 1–283（283 aa）	未记录	MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 NO3 NITRATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；25.5% precipitant mix 4 [25% (v/v) MPD, 25% (w/v) PEG 1000, 25% (w/v) PEG 3350], 0.06 M NH4NO3, 0.1 buffer system 1 [imidazole and MES adjusted to pH 6.5]	分辨率 2.74 Å R-free 0.287
6G73 The dynamic nature of the VDAC1 channels in bilayers: human VDAC1 at 3.3 Angstrom resolution 提交 2018-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–283（283 aa）链 D 1–283（283 aa）	未记录	MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292.2 K；25.5% Precipitant mix 4 [precipitant mix 4 consists of 25% (v/v) MPD, 25% (w/v) PEG1000, 25% (w/v) PEG3350], 0.06M NaNO3, 0.08M K2HPO4, 0.1M Buffer System2 [HEPES and MOPS adjusted to pH 7.5]	分辨率 3.27 Å R-free 0.298
6G73 The dynamic nature of the VDAC1 channels in bilayers: human VDAC1 at 3.3 Angstrom resolution 提交 2018-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–283（283 aa）链 B 1–283（283 aa）	未记录	MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292.2 K；25.5% Precipitant mix 4 [precipitant mix 4 consists of 25% (v/v) MPD, 25% (w/v) PEG1000, 25% (w/v) PEG3350], 0.06M NaNO3, 0.08M K2HPO4, 0.1M Buffer System2 [HEPES and MOPS adjusted to pH 7.5]	分辨率 3.27 Å R-free 0.298
6TIQ Refined solution NMR structure of hVDAC-1 in detergent micelles 提交 2019-11-22	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303.15 K；离子强度（mmCIF原始值）225；压力 1 NMR样品组成 0.6 mM U-99%-2H,13C,15N hVDAC-1, 3 % no LDAO, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.6 mM [ U -99%- 2 H, 13 C, 15 N; 99%- 1 H delta -IL; 99%- 1 H gamma -V] hVDAC-1, 3 % [U-99% 2H] LDAO, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.6 mM [ U -99%- 2 H, 15 N; 99%- 1 H delta , 13 C delta -IL; 99%- 1 H gamma , 13 C gamma -V] hVDAC-1, 3 % [U-99% 2H] LDAO, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6TIR NOE based model of hVDAC-1 bound to beta-NADH in detergent micelles 提交 2019-11-22	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303.15 K；离子强度（mmCIF原始值）25；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-99%-2H, 15N; 99%-1Hdelta-IL; 99%-1Hgamma-V] human VDAC-1, 45 mM beta-NADH, 150 mM [U-99% 2H] LDAO, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-99%-2H, 15N; 99%-1H,13C-delta-IL; 99%-1H,13Cgamma-V] human VDAC-1, 45 mM beta-NADH, 150 mM [U-99% 2H] LDAO, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM U-99%-2H,15N,13C human VDAC-1, 150 mM [U-99% 2H] LDAO, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7QI2 Magic-angle spinning NMR structure of the human voltage-dependent anion channel 1 (E73V/C127A/C232S) in DMPC lipid bilayers 提交 2021-12-14	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–283（283 aa）	突变：E73V/C127A/C232S	未记录非水小分子	SOLID-STATE NMR NMR测量条件 pH 6.5；285 K；离子强度（mmCIF原始值）0.21；压力 1 NMR样品组成 66 % w/w [U-13C; U-15N; U-2H] u[2H,13C,15N]-hVDAC1(E73V/C127A/C232S), 33 % w/w DMPC, 10 mM MES, 150 mM sodium chloride, 20 mM MgCl2, 100% H2O \| 100% H2O NMR样品组成 66 % w/w [U-13C; U-15N]-alpha PET u[2H,13C,15N]-hVDAC1(E73V/C127A/C232S), 33 % w/w DMPC, 10 mM MES, 150 mM sodium chloride, 20 mM MgCl2, 100% H2O \| 100% H2O	分辨率未提供
8J0O cryo-EM structure of human EMC and VDAC 提交 2023-04-11	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 K 1–283（283 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.32 Å
9PFZ Architecture of human Voltage Dependent Anion Channel 1 in nanodiscs 提交 2025-07-07	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；25 mM NaPi, 100 mM NaCl, pH 7.0 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3.0 uL sample, blot time 3sec, Blotforce 1, Blot total 1,	分辨率 5.40 Å

共 11 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VDAC1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–286； UniProt 2–283

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2jk4
沉积日期 deposition_date	2008-08-15
结构标题 title	Structure of the human voltage-dependent anion channel
关键词 keywords	;VDAC, PORIN, MEMBRANE, APOPTOSIS, TRANSPORT, MITOCHONDRION OUTER MEMBRANE, MITOCHONDRIAL OUTER MEMBRANE, MEMBRANE PROTEIN, HOST-VIRUS INTERACTION, ION TRANSPORT, TRANSMEMBRANE, PHOSPHOPROTEIN, ACETYLATION, MITOCHONDRION, CELL MEMBRANE ;; TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.29 Å
零角强度 I(0) i0	17175400.00
分子量 molecular_weight	31288.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39145 Å³
包络体积 envelope_volume	55160 Å³
水化壳体积 shell_volume	21844 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.9 Å
壳层 Rg shell_rg	28.11 Å
包络 Rg envelope_rg	20.43 Å
形状 Rg shape_rg	21.28 Å
总 Rg total_rg	22.25 Å
总原子数 total_atoms	2207
残基数 n_residues	288
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.5 Å
Rg (实空间) rg_real	21.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7180e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2660e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	17180000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8352
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.8 Å
偏度 Skewness skewness	-0.128
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.436
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2135000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.625; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.990 Å
晶胞边长 b length_b	77.990 Å
晶胞边长 c length_c	167.040 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.100 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.3314
R_work r_work	0.3250
R_free r_free	0.3873

描述 description	VOLTAGE-DEPENDENT ANION-SELECTIVE CHANNEL PROTEIN 1
分子量 formula_weight	32182.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2207

Structure of the human voltage-dependent anion channel

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VOLTAGE-DEPENDENT ANION-SELECTIVE CHANNEL PROTEIN 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

fit	/app/data/saxs_computation/jk/2jk4/2jk4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jk/2jk4/2jk4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jk/2jk4/2jk4.dat