2jsv

Dipole tensor-based refinement for atomic-resolution structure determination of a nanocrystalline protein by solid-state NMR spectroscopy

Method: SOLID-STATE NMR Dmax: 39.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunoglobulin G-binding protein G

;Streptococcus sp. 'group G' ;

UniProt P19909

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 X; UniProt 303–357 片段:2-1 repeat 突变:T2Q 无其他共同聚合物 SOLID-STATE NMR NMR测量条件:pH 5.5;281 K;压力 ambient NMR样品组成:14 mg/mL [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, (4R)-2-Metylpentane-2,4-Diol (50% v/v), Isopropyl alcohol (25% v/v), 25 mg/mL GB1 in 50 mM sodium phosphate buffered H2O | H2O NMR样品组成:14 mg/mL [U-99% 15N] protein, (4R)-2-Metylpentane-2,4-Diol (50% v/v), Isopropyl alcohol (25% v/v), 25 mg/mL GB1 in 50 mM sodium phosphate buffered H2O | H2O NMR样品组成:14 mg/mL [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, (4R)-2-Metylpentane-2,4-Diol (50% v/v), Isopropyl alcohol (25% v/v), 25 mg/mL GB1 in 50 mM sodium phosphate buffered H2O | H2O NMR样品组成:14 mg/mL (1,3) 13C glycerol, U15N protein, (4R)-2-Metylpentane-2,4-Diol (50% v/v), Isopropyl alcohol (25% v/v), 25 mg/mL GB1 in 50 mM sodium phosphate buffered H2O | H2O NMR样品组成:14 mg/mL 2 13C glycerol, Uniform 15N protein, (4R)-2-Metylpentane-2,4-Diol (50% v/v), Isopropyl alcohol (25% v/v), 25 mg/mL GB1 in 50 mM sodium phosphate buffered H2O | H2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 76 个其他 PDB 条目、116 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPG2_STRSG
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 X; PDB构建体 2–56; UniProt 303–357

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2jsv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2jsv
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2jsv
沉积日期 deposition_date2007-07-16
结构标题 titleDipole tensor-based refinement for atomic-resolution structure determination of a nanocrystalline protein by solid-state NMR spectroscopy
关键词 keywordsSSNMR, GB1, tensor refinement, Cell wall, IgG-binding protein, Peptidoglycan-anchor, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodSOLID-STATE NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier11.08
回转半径 Rg (电子) rg_electron10.86
零角强度 I(0) i057578100.00
分子量 molecular_weight62188.0 kDa
排除体积 excluded_volume77324 ų
包络体积 envelope_volume10959 ų
水化壳体积 shell_volume8450 ų
包络直径 envelope_diameter39.6
壳层 Rg shell_rg16.73
包络 Rg envelope_rg11.79
形状 Rg shape_rg10.79
总 Rg total_rg11.36
总原子数 total_atoms8570
残基数 n_residues560
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax39.9
Rg (实空间) rg_real11.03
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real5.7580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.3520e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal11.03
I(0) (倒空间) i0_reciprocal57580000.0000
解质量估计 total_estimate0.7466
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary13.6
偏度 Skewness skewness0.116
峰度 Kurtosis kurtosis-0.424
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha47900.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.574; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2jsvX00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)