SAXSdb — 2jt4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytoskeleton assembly control protein SLA1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 350–420	未记录	Ubiquitin × 1 （P61864）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；318 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成：0.9 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] SH3, 0.9 mM ubiquitin, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.9 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] ubiquitin, 0.9 mM SH3, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.9 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] SH3, 0.9 mM ubiquitin, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成：0.9 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] ubiquitin, 0.9 mM SH3, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2JT4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1SSH Crystal structure of the SH3 domain from a S. cerevisiae hypothetical 40.4 kDa protein in complex with a peptide 提交 2004-03-24	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 191–202（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；2.9M sodium malonate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.40 Å R-free 0.203
1Z9Z Crystal structure of yeast sla1 SH3 domain 3 提交 2005-04-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 357–413（57 aa）片段：SH3 domain 3	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；ammonium sulphate, sodium citrate, potassium/sodium tartrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K	分辨率 1.95 Å R-free 0.229
1Z9Z Crystal structure of yeast sla1 SH3 domain 3 提交 2005-04-05	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 357–413（57 aa）片段：SH3 domain 3	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；ammonium sulphate, sodium citrate, potassium/sodium tartrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K	分辨率 1.95 Å R-free 0.229
1Z9Z Crystal structure of yeast sla1 SH3 domain 3 提交 2005-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 357–413（57 aa）片段：SH3 domain 3 链 B 357–413（57 aa）片段：SH3 domain 3	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；ammonium sulphate, sodium citrate, potassium/sodium tartrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K	分辨率 1.95 Å R-free 0.229
1Z9Z Crystal structure of yeast sla1 SH3 domain 3 提交 2005-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 357–413（57 aa）片段：SH3 domain 3 链 B 357–413（57 aa）片段：SH3 domain 3	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；ammonium sulphate, sodium citrate, potassium/sodium tartrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K	分辨率 1.95 Å R-free 0.229
1Z9Z Crystal structure of yeast sla1 SH3 domain 3 提交 2005-04-05	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 357–413（57 aa）片段：SH3 domain 3	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；ammonium sulphate, sodium citrate, potassium/sodium tartrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K	分辨率 1.95 Å R-free 0.229
2HBP Solution Structure of Sla1 Homology Domain 1 提交 2006-06-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 495–560（66 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；298 K NMR样品组成 0.5mM 15N, 13C labelled SHD1, 1mM unlabeled YNENPFSDPIK peptide. PBS buffer pH 6.7, 1mM d-DTT, 1mM NaN3 \| 90% H2O, 10% D20	分辨率未提供
2V1Q Atomic-resolution structure of the yeast Sla1 SH3 domain 3 提交 2007-05-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 357–413（57 aa）片段：SH3 DOMAIN 3, RESIDUES 357-413	未记录	NA SODIUM ION × 1 PT PLATINUM (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.20 Å R-free 0.188
2V1Q Atomic-resolution structure of the yeast Sla1 SH3 domain 3 提交 2007-05-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 357–413（57 aa）片段：SH3 DOMAIN 3, RESIDUES 357-413	未记录	PT PLATINUM (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.20 Å R-free 0.188
3IDW Crystal structure of Sla1 homology domain 2 提交 2009-07-21	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 653–724（72 aa）片段：Sla1 homology domain 2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；0.1 M HEPES, 5% PEG-6000, 5% MPD, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.85 Å R-free 0.219
9HDB Sla1 SH3_3 domain (residues 355-414) 提交 2024-11-12	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 355–414（60 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.1M HEPES pH 7.5 20% PEG 10000 1mM peptide (PVSTPARTPARTPTP) dissolved in 0.03M HEPES pH 8, 0.15M NaCl, 0.5mM TCEP	分辨率 1.49 Å R-free 0.190
9HDB Sla1 SH3_3 domain (residues 355-414) 提交 2024-11-12	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 355–414（60 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.1M HEPES pH 7.5 20% PEG 10000 1mM peptide (PVSTPARTPARTPTP) dissolved in 0.03M HEPES pH 8, 0.15M NaCl, 0.5mM TCEP	分辨率 1.49 Å R-free 0.190

共 6 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SLA1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–71； UniProt 350–420

Ubiquitin

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P61864

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–76	片段：SH3 domain sequence database residues 350-420	Cytoskeleton assembly control protein SLA1 × 1 （P32790）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；318 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成：0.9 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] SH3, 0.9 mM ubiquitin, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.9 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] ubiquitin, 0.9 mM SH3, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.9 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] SH3, 0.9 mM ubiquitin, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成：0.9 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] ubiquitin, 0.9 mM SH3, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2JT4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1OTR Solution Structure of a CUE-Ubiquitin Complex 提交 2003-03-22	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM sodium phosphate, pH 7.0, 0.2% NaN3；压力 1 NMR样品组成 1 mM U-15N,13C Cue2 + 1 mM Ubiquitin; 20 mM sodium phosphate buffer, pH 7.0, 0.2% NaN3 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM U-15N,13C Cue2 + 1 mM Ubiquitin; 20 mM sodium phosphate buffer, pH 7.0, 0.2% NaN3 \| 99.996% D2O NMR样品组成 1 mM Cue2 + 1 mM U-15N,13C Ubiquitin; 20 mM sodium phosphate buffer, pH 7.0, 0.2% NaN3 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM Cue2 + 1 mM U-15N,13C Ubiquitin; 20 mM sodium phosphate buffer, pH 7.0, 0.2% NaN3 \| 99.996% D2O	分辨率未提供
1Q0W Solution structure of Vps27 amino-terminal UIM-ubiquitin complex 提交 2003-07-17	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM sodium phosphate, pH 6.0, 0.2% NaN3；压力 1 NMR样品组成 1 mM U-15N,13C Ubiquitin + 1 mM Vps27 amino-terminal UIM \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM U-15N,13C Ubiquitin + 1 mM Vps27 amino-terminal UIM \| 100% D2O	分辨率未提供
1WR1 The complex structure of Dsk2p UBA with ubiquitin 提交 2004-10-08	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM potassium phosphate, 5mM potassium chloride NMR样品组成 U-15N, 13C ubiquitin + DSK2-UBA complex (0.9mM) \| 20mM Phosphate buffer (pH 6.8); 5mM potassium chloride; 1mM EDTA; 5% D2O NMR样品组成 U-15N, 13C DSK2-UBA + ubiquitin complex (1.0mM) \| 20mM Phosphate buffer (pH 6.8); 5mM potassium chloride; 1mM EDTA; 5% D2O	分辨率未提供
1ZGU Solution structure of the human Mms2-Ubiquitin complex 提交 2005-04-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	突变：K48R	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM NaCl；压力 1 NMR测量条件 pH 7.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 [U-15N; U-10% 13C]-hMms2 + Ubiquitin (1:4 ratio) 90% H20 : 10% D20 \| 90% H20 : 10% D20 NMR样品组成 [U-13C; U-15N]-Ubiquitin + hMms2 (4:1 ratio) 90% H20 : 10% D20 \| 90% H20 : 10% D20 NMR样品组成 [U-13C; U-15N]-hMms2 + Ubiquitin (1:4 ratio) 90% H20 : 10% D20 \| 90% H20 : 10% D20	分辨率未提供
1ZW7 Elimination of the C-cap in Ubiquitin Structure, Dynamics and Thermodynamic Consequences 提交 2005-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–76（76 aa）	突变：R42E, E34P	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）30 mM actate；压力 Ambient NMR样品组成 1-2 mM of appropriately labeled mutant ubiquitin \| 30 mM acetate buffer, pH 5.0	分辨率未提供
2G3Q Solution Structure of Ede1 UBA-ubiquitin complex 提交 2006-02-20	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM Sodium Phosphate；压力 1 NMR样品组成 1mM 15N,13C-labeled Ede1 UBA; 1mM Ubiquitin; 20mM phosphate buffer (pH 6.0), 2mM DTT, 0.2% NaN3, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM 15N,13C-labeled Ede1 UBA; 1mM Ubiquitin; 20mM phosphate buffer (pH 6.0), 2mM DTT, 0.2% NaN3, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1mM Ede1 UBA; 1mM 15N,13C-labeled Ubiquitin; 20mM phosphate buffer (pH 6.0), 2mM DTT, 0.2% NaN3, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM Ede1 UBA; 1mM 15N,13C-labeled Ubiquitin; 20mM phosphate buffer (pH 6.0), 2mM DTT, 0.2% NaN3, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2JWZ Mutations in the hydrophobic core of ubiquitin differentially affect its recognition by receptor proteins 提交 2007-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–76（76 aa）	突变：L69S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；296 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM；压力 AMBIENT NMR样品组成 2 mM [U-100% 15N] L69S UBIQUITIN, 2 mM L69S UBIQUITIN, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
2L00 Solution structure of the non-covalent complex of the ZNF216 A20 domain with ubiquitin 提交 2010-06-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）片段：ubiquitin core domain	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 4 mM ZNF216-A20-1, 50 uM Zinc-2, 0.1 mM DSS-3, 5 mM TRIS-4, 50 mM sodium chloride-5, 1 mM [U-100% 15N] ubiquitin-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 15N] ZNF216-A20-7, 50 uM Zinc-8, 4 mM MTSL-9, 5 mM TRIS-10, 50 mM sodium chloride-11, 4 mM ubiquitin-12, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ZNF216-A20-13, 50 uM Zinc-14, 0.1 mM DSS-15, 5 mM TRIS-16, 50 mM sodium chloride-17, 2 mM ubiquitin-18, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 15N] ZNF216-A20-19, 50 uM Zinc-20, 0.1 mM DSS-21, 5 mM TRIS-22, 50 mM sodium chloride-23, 5 % Polyacrylamide gel-24, 4 mM ubiquitin-25, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 4 mM ZNF216-A20-26, 50 uM Zinc-27, 0.1 mM DSS-28, 5 mM TRIS-29, 50 mM sodium chloride-30, 5 % Polyacrylamide gel-31, 1 mM [U-100% 15N] ubiquitin-32, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2 mM ZNF216-A20-33, 50 uM Zinc-34, 0.1 mM DSS-35, 5 mM TRIS-36, 50 mM sodium chloride-37, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin-38, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] ZNF216-A20-39, 50 uM Zinc-40, 0.1 mM DSS-41, 5 mM TRIS-42, 50 mM sodium chloride-43, 4 mM ubiquitin-44, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3CMM Crystal Structure of the Uba1-Ubiquitin Complex 提交 2008-03-23	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	PRO PROLINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；L-proline, PEG 5000 MME, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
3CMM Crystal Structure of the Uba1-Ubiquitin Complex 提交 2008-03-23	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–76（76 aa）	未记录	PRO PROLINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；L-proline, PEG 5000 MME, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
3L0W Structure of split monoubiquitinated PCNA with ubiquitin in position two 提交 2009-12-10	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）片段：ubi-C fragment	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；291 K；2.04 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, 3% ethanol, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.314
3L10 Structure of split monoubiquitinated PCNA with ubiquitin in position one 提交 2009-12-10	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）片段：Ubi-C fragment	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；291 K；2.04M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, 3% ethanol, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.314

共 11 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBIQ_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2jt4
沉积日期 deposition_date	2007-07-18
结构标题 title	Solution Structure of the Sla1 SH3-3-Ubiquitin Complex
关键词 keywords	;endocytosis, monoubiquitin signaling, ubiquitin-binding motif, SH3, ubiquitin, Actin-binding, Cytoplasm, Cytoskeleton, Phosphorylation, SH3 domain, DNA damage, DNA repair, Nucleus, Ubl conjugation, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.27 Å
零角强度 I(0) i0	1536560000.00
分子量 molecular_weight	334460.0 kDa
排除体积 excluded_volume	420070 Å³
包络体积 envelope_volume	44959 Å³
水化壳体积 shell_volume	19699 Å³
包络直径 envelope_diameter	68.5 Å
壳层 Rg shell_rg	25.82 Å
包络 Rg envelope_rg	19.84 Å
形状 Rg shape_rg	16.20 Å
总 Rg total_rg	16.68 Å
总原子数 total_atoms	47540
残基数 n_residues	2940
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.7 Å
Rg (实空间) rg_real	16.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5370e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0390e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1537000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7317
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.398
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.172
角度范围 angular_range	— – 0.4750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1374000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.541; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.884; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytoskeleton assembly control protein SLA1
分子量 formula_weight	8179.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	47540

MASKSKKRGIVQYDFMAESQDELTIKSGDKVYILDDKKSKDWWMCQLVDSGKSGLVPAQFIEPVRDKKHTE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	8568.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKSKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2jt4a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2jt4b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2jt4A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — SH3 Domains

结构域编号 domain_id	2jt4B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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fit	/app/data/saxs_computation/jt/2jt4/2jt4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jt/2jt4/2jt4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jt/2jt4/2jt4.dat

Solution Structure of the Sla1 SH3-3-Ubiquitin Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytoskeleton assembly control protein SLA1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)