SAXSdb — 2jzn

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mannose-specific phosphotransferase enzyme IIA component

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–134 链 B； UniProt 2–134 链 C； UniProt 159–323	突变：H10E	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM phosphate；压力 ambient NMR样品组成：0.5-1 mM see details IIAMan(H10E)+IIBMan, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成：0.5-1 mM see details IIAMan(H10E)+IIBMan, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2JZN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1PDO PHOSPHOENOLPYRUVATE-DEPENDENT PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM 提交 1996-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–132（132 aa）片段：IIA ==MAN== DOMAIN, RESIDUES 2 - 133, OF THE IIAB ==MAN== SUBUNIT PLUS PHE-ALA-GLY AT THE CARBOXY TERMINUS	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8	分辨率 1.70 Å R-free 0.244
1VRC Complex of enzyme IIAmannose and the histidine-containing phosphocarrier protein HPr from escherichia coli nmr, restrained regularized mean structure 提交 2005-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–132（132 aa）片段：EIIA DOMAIN 链 B 1–132（132 aa）片段：EIIA DOMAIN	未记录	PO3 PHOSPHITE ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）40 mM SODIUM PHOSPHATE	分辨率未提供
1VSQ Solution NMR structure of the productive complex between IIAMannose and IIBMannose of the mannose transporter of the E. coli phosphotransferase system 提交 2008-01-10	突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–134（133 aa）链 B 2–134（133 aa）链 C 159–323（165 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM phosphate；压力 ambient NMR样品组成 0.5-1 mM IIAMan(H10E)+IIBMan, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5-1 mM IIAMan(H10E)+IIBMan, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2JZH structure of IIB domain of the mannose transporter of E. coli 提交 2008-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 154–323（170 aa）片段：PTS EIIB type-4 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成 0.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, sodium phosphate, sodium azide, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.5-1 mM [U-100% 15N] protein, sodium phosphate, sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2JZO Solution NMR structure of the non-productive complex between IIAMannose and IIBMannose of the mannose transporter of the E. coli phosphotransferase system 提交 2008-01-10	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–134（133 aa）片段：PTS EIIB type-4 domain 链 B 2–134（133 aa）片段：PTS EIIB type-4 domain 链 D 159–323（165 aa）片段：PTS EIIA type-4 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM phosphate；压力 ambient NMR样品组成 0.5-1 mM IIAMan+IIBMan, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5-1 mM IIAMan+IIBMan, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PTNAB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–133； UniProt 2–134 作者链 B； PDB构建体 1–133； UniProt 2–134 作者链 C； PDB构建体 1–165； UniProt 159–323

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2jzn
沉积日期 deposition_date	2008-01-10
结构标题 title	Solution NMR structure of the productive complex between IIAMannose and IIBMannose of the mannose transporter of the E. coli phosphotransferase system
关键词 keywords	;phosphotransferase, sugar transport, transferase, complex (transferase-phosphocarrier, Cytoplasm, Membrane, Phosphoprotein, Phosphotransferase system ;; TRANSFERASE
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.16 Å
零角强度 I(0) i0	36114600.00
分子量 molecular_weight	47142.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59598 Å³
包络体积 envelope_volume	72895 Å³
水化壳体积 shell_volume	26311 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.0 Å
壳层 Rg shell_rg	30.18 Å
包络 Rg envelope_rg	23.40 Å
形状 Rg shape_rg	23.16 Å
总 Rg total_rg	24.07 Å
总原子数 total_atoms	6705
残基数 n_residues	431
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.1 Å
Rg (实空间) rg_real	24.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6110e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1460e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	36110000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8882
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.289
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.443
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15790000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.975

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Mannose-specific phosphotransferase enzyme IIA component
分子量 formula_weight	14439.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.-
突变 mutation	H10E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6705

TIAIVIGTEGWAAEQLLKTAEMLLGEQENVGWIDFVPGENAETLIEKYNAQLAKLDTTKGVLFLVDTWGGSPFNAASRIVVDKEHYEVIAGVNIPMLVETLMARDDDPSFDELVALAVETGREGVKALKAKPV

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Mannose-specific phosphotransferase enzyme IIB component
分子量 formula_weight	18332.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.69
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

NDYMVIGLARIDDRLIHGQVATRWTKETNVSRIIVVSDEVAADTVRKTLLTQVAPPGVTAHVVDVAKMIRVYNNPKYAGERVMLLFTNPTDVERLVEGGVKITSVNVGGMAFRQGKTQVNNAVSVDEKDIEAFKKLNARGIELEVRKVSTDPKLKMMDLISKIDK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2jzna_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.54 — PTS system fructose IIA component-like
超家族 Superfamily superfamily	c.54.1 — PTS system fructose IIA component-like
家族 Family family	c.54.1.1 — EIIA-man component-like

结构域编号 domain_id	d2jznb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.54 — PTS system fructose IIA component-like
超家族 Superfamily superfamily	c.54.1 — PTS system fructose IIA component-like
家族 Family family	c.54.1.1 — EIIA-man component-like

结构域编号 domain_id	d2jznc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.38 — PTS IIb component
超家族 Superfamily superfamily	c.38.1 — PTS IIb component
家族 Family family	c.38.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2jznA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Phosphotransferase system, mannose-type IIA component

结构域编号 domain_id	2jznB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Phosphotransferase system, mannose-type IIA component

结构域编号 domain_id	2jznC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	35 — Fructose Permease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component

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8. 引用文献 (1)

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fit	/app/data/saxs_computation/jz/2jzn/2jzn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jz/2jzn/2jzn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jz/2jzn/2jzn.dat

Solution NMR structure of the productive complex between IIAMannose and IIBMannose of the mannose transporter of the E. coli phosphotransferase system

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mannose-specific phosphotransferase enzyme IIA component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)