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2k9g

Solution structure of the third SH3 domain of the Cin85 adapter protein

Method: SOLUTION NMR Dmax: 49.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SH3 domain-containing kinase-binding protein 1

Homo sapiens

UniProt Q96B97

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 262–333 片段：SH3 domain C, UNP residues 262-333 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）140；压力 ambient NMR样品组成：1mM Cin85 SH3-C, 20mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 1mM DTT, 1mM EDTA, 0.02% sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1mM [U-98% 13C; U-98% 15N] Cin85 SH3-C, 20mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 1mM DTT, 1mM EDTA, 0.02% sodium azide, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成：1mM [U-99% 15N] Cin85 SH3-C, 20mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 1mM DTT, 1mM EDTA, 0.02% sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Cin85 SH3-C, 20mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 1mM DTT, 1mM EDTA, 0.02% sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2K9G Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2BZ8 N-terminal Sh3 domain of CIN85 bound to Cbl-b peptide 提交 2005-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–58（58 aa） 片段：N-TERMINAL SH3 DOMAIN RESIDUES 1-58
链 B 1–58（58 aa） 片段：N-TERMINAL SH3 DOMAIN RESIDUES 1-58
未记录 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.8 M NA CITRATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 7.5, 0.2 M NACL
分辨率 2.00 Å R-free 0.271
2K6D CIN85 Sh3-C domain in complex with ubiquitin 提交 2008-07-07 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 267–328（62 aa） 片段：CIN85 SH3-C domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.150；压力 ambient
NMR样品组成 0.1 mM CIN85, 0.1 mM [U-100% 15N] ubiquitin, 50 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 5 mM DSS, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.1 mM [U-100% 15N] CIN85, 0.1 mM ubiquitiny, 50 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 5 mM DSS, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CIN85, 50 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 5 mM DSS, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2N64 NMR Structure of the C-terminal Coiled-Coil Domain of CIN85 提交 2015-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 594–665（72 aa） 片段：Coiled coil domain residues 594-665
链 B 594–665（72 aa） 片段：Coiled coil domain residues 594-665
链 C 594–665（72 aa） 片段：Coiled coil domain residues 594-665
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.9；305 K；压力 ambient
NMR样品组成 1-3 mM [U-13C; U-15N; U-2H] CIN85 CC-domain, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1-3 mM [U-13C; U-15N; U-2H] CIN85 CC-domain, 1-3 mM [U-2H] CIN85 CC-domain, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2O2O Solution structure of domain B from human CIN85 PROTEIN 提交 2006-11-30 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 92–168（77 aa） 片段：CIN85_B
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM PO4, 100mM NACL, 1mM EDTA, 2mM DTT, 0.01% NAN3；压力 AMBIENT
NMR样品组成 1MM CIN85_B U-15N PHOSPHATE BUFFER; 1MM CIN85_B U-15N,13C; 20MM PHOSPHATE BUFFER; 1MM CIN85_B U-15N,13C; 20MM PHOSPHATE BUFFER
分辨率未提供
2YDL Crystal structure of SH3C from CIN85 提交 2011-03-22 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 270–328（59 aa） 片段：SH3 C, RESIDUES 270-328
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1M CITRATE PH 5.5, 2.0 M AMMONIUM SULPHATE
分辨率 2.05 Å R-free 0.252
5ABS CRYSTAL STRUCTURE OF THE C-TERMINAL COILED-COIL DOMAIN OF CIN85 IN SPACE GROUP P321 提交 2015-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 599–662（64 aa） 片段：COILED-COIL DOMAIN, RESIDUES 599-662
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.05M ZN ACETATE, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7
分辨率 1.74 Å R-free 0.283

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SH3K1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–73； UniProt 262–333

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2k9g

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2k9g
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2k9g
沉积日期 deposition_date2008-10-10
结构标题 titleSolution structure of the third SH3 domain of the Cin85 adapter protein
关键词 keywords;Cin85, SH3, adaptor protein, downregulation, cbl, Apoptosis, Cell junction, Cytoplasmic vesicle, Cytoskeleton, Endocytosis, Membrane, Phosphoprotein, SH3 domain, SH3-binding, Synapse, Synaptosome, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier13.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron12.74 Å
零角强度 I(0) i0400015000.00
分子量 molecular_weight168930.0 kDa
排除体积 excluded_volume210930 ų
包络体积 envelope_volume24428 ų
水化壳体积 shell_volume13099 ų
包络直径 envelope_diameter53.1 Å
壳层 Rg shell_rg21.77 Å
包络 Rg envelope_rg17.53 Å
形状 Rg shape_rg12.67 Å
总 Rg total_rg13.22 Å
总原子数 total_atoms23340
残基数 n_residues1460
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax49.3 Å
Rg (实空间) rg_real13.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real4.0000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.1390e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal13.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal400000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8026
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary15.0 Å
偏度 Skewness skewness0.469
峰度 Kurtosis kurtosis0.061
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha160200.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.538; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.819; Smooth: 0.996
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2k9ga1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.2 — SH3-domain
家族 Family familyb.34.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2k9ga2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2k9gA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)