← 返回搜索
2kdi

Solution structure of a Ubiquitin/UIM fusion protein

Method: SOLUTION NMR Dmax: 62.8 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin, Vacuolar protein sorting-associated protein 27 fusion protein

Saccharomyces cerevisiae

UniProt B3LRG8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–76 片段：UIM 1 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.103；压力 ambient NMR样品组成：1.24 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin/UIM fusion protein-1, 3 mM sodium azide-2, 20 mM sodium phosphate-3, 50 mM sodium chloride-4, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：1.1 mM [U-100% 15N] Ubiquitin/UIM fusion protein-5, 3 mM sodium azide-6, 20 mM sodium phosphate-7, 50 mM sodium chloride-8, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：0.5 mM [U-100% 15N] Ubiquitin/UIM fusion protein-9, 3 mM sodium azide-10, 20 mM sodium phosphate-11, 50 mM sodium chloride-12, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B3LRG8_YEAS1
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 11–85； UniProt 2–76

Ubiquitin, Vacuolar protein sorting-associated protein 27 fusion protein

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P40343

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 258–277 片段：UIM 1 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.103；压力 ambient NMR样品组成：1.24 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin/UIM fusion protein-1, 3 mM sodium azide-2, 20 mM sodium phosphate-3, 50 mM sodium chloride-4, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：1.1 mM [U-100% 15N] Ubiquitin/UIM fusion protein-5, 3 mM sodium azide-6, 20 mM sodium phosphate-7, 50 mM sodium chloride-8, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：0.5 mM [U-100% 15N] Ubiquitin/UIM fusion protein-9, 3 mM sodium azide-10, 20 mM sodium phosphate-11, 50 mM sodium chloride-12, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2KDI Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1O06 Crystal structure of the Vps27p Ubiquitin Interacting Motif (UIM) 提交 2003-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 301–320（20 aa） 片段：Residues 301-320
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.08M sodium cacodylate, 0.16M zinc acetate, 10.4% PEG-8000, 20% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K
分辨率 1.45 Å R-free 0.224
1O06 Crystal structure of the Vps27p Ubiquitin Interacting Motif (UIM) 提交 2003-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 301–320（20 aa） 片段：Residues 301-320
未记录 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.08M sodium cacodylate, 0.16M zinc acetate, 10.4% PEG-8000, 20% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K
分辨率 1.45 Å R-free 0.224
1O06 Crystal structure of the Vps27p Ubiquitin Interacting Motif (UIM) 提交 2003-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 301–320（20 aa） 片段：Residues 301-320
未记录 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.08M sodium cacodylate, 0.16M zinc acetate, 10.4% PEG-8000, 20% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K
分辨率 1.45 Å R-free 0.224
1Q0V Solution Structure of Tandem UIMs of Vps27 提交 2003-07-17 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 249–329（81 aa） 片段：Tandem UIM
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM sodium phosphate, pH 6.0, 0.2% NaN3；压力 1
NMR样品组成 1 mM Vps27 UIM U-15N | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM Vps27 UIM U-15N,U-13C | 100% D2O
分辨率未提供
1Q0W Solution structure of Vps27 amino-terminal UIM-ubiquitin complex 提交 2003-07-17 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 256–279（24 aa） 片段：Amino-terminal UIM, residues 256 to 278
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM sodium phosphate, pH 6.0, 0.2% NaN3；压力 1
NMR样品组成 1 mM U-15N,13C Ubiquitin + 1 mM Vps27 amino-terminal UIM | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM U-15N,13C Ubiquitin + 1 mM Vps27 amino-terminal UIM | 100% D2O
分辨率未提供
1VFY PHOSPHATIDYLINOSITOL-3-PHOSPHATE BINDING FYVE DOMAIN OF VPS27P PROTEIN FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE 提交 1999-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 163–230（68 aa） 片段：163-229, FYVE DOMAIN
突变：6 RESIDUES (EFIVTD) INSERTED AT C-TERMINUS ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6, 15% PEG 4000, pH 5.6
分辨率 1.15 Å R-free 0.181
2PJW The Vps27/Hse1 complex is a GAT domain-based scaffold for ubiquitin-dependent sorting 提交 2007-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 V 348–438（91 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.85；288 K；1.1-1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl. Then micro-seeding into 1.25 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.85, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
分辨率 3.01 Å R-free 0.285
2PJW The Vps27/Hse1 complex is a GAT domain-based scaffold for ubiquitin-dependent sorting 提交 2007-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 V 348–438（91 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.85；288 K；1.1-1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl. Then micro-seeding into 1.25 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.85, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
分辨率 3.01 Å R-free 0.285
3R42 Crystal structure of the yeast vps23 UEV domain in complex with a vps27 PSDP peptide 提交 2011-03-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 445–453（9 aa） 片段：PSDP peptide (UNP residues 445-453)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；288 K；0.2 M sodium phosphate monobasic, 20% PEG3350, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 1.87 Å R-free 0.203
3R42 Crystal structure of the yeast vps23 UEV domain in complex with a vps27 PSDP peptide 提交 2011-03-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 445–453（9 aa） 片段：PSDP peptide (UNP residues 445-453)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；288 K；0.2 M sodium phosphate monobasic, 20% PEG3350, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 1.87 Å R-free 0.203
6NJG Ubiquitin Variant in Complex with Ubiquitin Interacting Motif 提交 2019-01-03 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 256–278（23 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.1 M DL-Malic acid
分辨率 2.35 Å R-free 0.244

共 7 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VPS27_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 92–111； UniProt 258–277

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2kdi

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2kdi
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2kdi
沉积日期 deposition_date2009-01-09
结构标题 titleSolution structure of a Ubiquitin/UIM fusion protein
关键词 keywords;Ubiquitin, Ubiquitin Interacting Motif, UIM, protein domain interface, Endosome, Membrane, Metal-binding, Phosphoprotein, Zinc, Zinc-finger, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.13 Å
零角强度 I(0) i01013690000.00
分子量 molecular_weight256850.0 kDa
排除体积 excluded_volume316970 ų
包络体积 envelope_volume50106 ų
水化壳体积 shell_volume20319 ų
包络直径 envelope_diameter70.3 Å
壳层 Rg shell_rg27.92 Å
包络 Rg envelope_rg22.06 Å
形状 Rg shape_rg15.14 Å
总 Rg total_rg15.39 Å
总原子数 total_atoms35960
残基数 n_residues2280
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.8 Å
Rg (实空间) rg_real16.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0140e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4010e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1014000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7645
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.3 Å
偏度 Skewness skewness0.552
峰度 Kurtosis kurtosis0.306
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha446600.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.423; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.672; Smooth: 0.994
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2kdiA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
▶

8. 引用文献 (2)

▶

9. 文件与曲线 (10)