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2kkj

Solution structure of the Nuclear coactivator binding domain of CBP

Method: SOLUTION NMR Dmax: 61.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CREB-binding protein

Mus musculus

UniProt P45481

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2059–2117 片段：Nuclear coactivator binding domain, UNP residues 2059-2441 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；31 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成：10 % D2O-1, 20 mM sodium chloride-2, 20 mM sodium phosphate-3, 2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2KKJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1F81 SOLUTION STRUCTURE OF THE TAZ2 DOMAIN OF THE TRANSCRIPTIONAL ADAPTOR PROTEIN CBP 提交 2000-06-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1764–1850（87 aa） 片段：TAZ2 DOMAIN (1764-1850)
未记录 ZN ZINC ION × 3 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.9；298 K；离子强度（mmCIF原始值）25 mM；压力 1
NMR样品组成 1.5 mM Taz2 | 25 mM deuterated acetate 0.1 mM ZnCl2 0.1 mM DTT pH 5.9
分辨率未提供
1JJS NMR Structure of IBiD, A Domain of CBP/p300 提交 2001-07-09 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2067–2112（46 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K
分辨率未提供
1KBH Mutual Synergistic Folding in the Interaction Between Nuclear Receptor Coactivators CBP and ACTR 提交 2001-11-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2059–2117（59 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.6；31 K；离子强度（mmCIF原始值）60 mM；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.6；31 K；离子强度（mmCIF原始值）60 mM；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.6；31 K；离子强度（mmCIF原始值）60 mM；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.6；31 K；离子强度（mmCIF原始值）60 mM；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.6；31 K；离子强度（mmCIF原始值）60 mM；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.6；31 K；离子强度（mmCIF原始值）60 mM；压力 ambient
NMR样品组成 3mM U-15N,13C-CBP:2059-2117 6mM 14N,12C-ACTR:1018-1088 | 10 mM Tris, 50 mM NaCl 95%H2O,5%D2O
NMR样品组成 3mM U-15N,12C-CBP:2059-2117 6mM 14N,12C-ACTR:1018-1088 | 10 mM Tris, 50 mM NaCl 95%H2O,5%D2O
NMR样品组成 3mM U-15N,13C-CBP:2059-2117 6mM 14N,12C-ACTR:1018-1088 | 10 mM Tris, 50 mM NaCl 100%D2O
NMR样品组成 2mM U-15N,13C-ACTR:1018-1088 4mM 14N,12C-CBP:2059-2117 | 10 mM Tris, 50 mM NaCl 95%H2O,5%D2O
NMR样品组成 2mM U-15N,12C-ACTR:1018-1088 4mM 14N,12C-CBP:2059-2117 | 10 mM Tris, 50 mM NaCl 95%H2O,5%D2O
NMR样品组成 2mM U-15N,13C-ACTR:1018-1088 4mM 14N,12C-CBP:2059-2117 | 10 mM Tris, 50 mM NaCl 100%D2O
分辨率未提供
1KDX KIX DOMAIN OF MOUSE CBP (CREB BINDING PROTEIN) IN COMPLEX WITH PHOSPHORYLATED KINASE INDUCIBLE DOMAIN (PKID) OF RAT CREB (CYCLIC AMP RESPONSE ELEMENT BINDING PROTEIN), NMR 17 STRUCTURES 提交 1997-09-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 586–666（81 aa） 片段：KIX, RESIDUES 586-666
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；315 K；离子强度（mmCIF原始值）0.07；压力 1
NMR样品组成 H2O OR D2O
分辨率未提供
1L8C STRUCTURAL BASIS FOR HIF-1ALPHA/CBP RECOGNITION IN THE CELLULAR HYPOXIC RESPONSE 提交 2002-03-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 345–439（95 aa） 片段：TAZ1 (Transcription activation zinc finger) domain, Residues 345-439
未记录 ZN ZINC ION × 3 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）2.0 Millimolar；压力 Ambient
NMR样品组成 1MM 13C, 15N-TAZ1, 2MM HIF-1a
NMR样品组成 1MM 13C, 15N-HIF-1a, 2MM TAZ1
NMR样品组成 10MM D-TRIS, 10MM D-DTT, 0.02% NAN3, 0.5MM ZnSO4
分辨率未提供
1SB0 Solution structure of the KIX domain of CBP bound to the transactivation domain of c-Myb 提交 2004-02-09 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 580–666（87 aa） 片段：KIX domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；27 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM；压力 ambient
NMR样品组成 20 mM Tris d11 acetate d4; 50 mM NaCl; 2 mM NaN3; pH 5.5 | 90% H20; 10% D2O
分辨率未提供
1TOT ZZ Domain of CBP- a Novel Fold for a Protein Interaction Module 提交 2004-06-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1700–1751（52 aa） 片段：ZZ domain of murine CBP (residues 1700-1751)
未记录 ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM；压力 ambient
NMR样品组成 2.3 mM solutions in degassed 10 mM Tris-d11 pH 6.8, 200 M ZnCl2, 10 mM DTT-d10, 0.05% w/v sodium azide, 94 % H2O, 6 % D2O | 94 % H2O, 6 % D2O
分辨率未提供
1U2N Structure CBP TAZ1 Domain 提交 2004-07-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 340–439（100 aa） 片段：CBP TAZ1 Domain
未记录 ZN ZINC ION × 3 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.9；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM；压力 ambient
NMR样品组成 1mM N15 TAZ1; 10mM Tris-d11 pH 6.9; 50mM NaCl; 2mM DTT | 90% H2O, 10% 2H2O
NMR样品组成 1mM C13,N15 TAZ1; 10mM Tris-d11 pH 6.9; 50mM NaCl; 2mM DTT | 100% 2H2O
NMR样品组成 1mM C13,N15 TAZ1; 10mM Tris-d11 pH 6.9; 50mM NaCl; 2mM DTT | 90% H2O, 10% 2H2O
分辨率未提供
2AGH Structural basis for cooperative transcription factor binding to the CBP coactivator 提交 2005-07-26 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 586–672（87 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；298 K；压力 1
NMR样品组成 0.5-0.8 mM 15N,13C-labeled protein (e.g. CBP) + 3 fold excess of unlabeled binding partners (MYB + MLL), 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O | 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O
NMR样品组成 13C,15N-MYB + UNLABELED CBP & MYB, 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O | 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O
NMR样品组成 13C,15N-MLL + UNLABELED CBP & MLL, 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O | 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O
分辨率未提供
2C52 Structural diversity in CBP p160 complexes 提交 2005-10-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2059–2117（59 aa） 片段：SID, RESIDUES 2059-2117
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100
NMR样品组成 90% WATER/10% D2O
NMR样品组成 90% WATER/10% D2O
NMR样品组成 100% D2O
NMR样品组成 100% D2O
分辨率未提供
2KA6 NMR structure of the CBP-TAZ2/STAT1-TAD complex 提交 2008-10-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1764–1855（92 aa） 片段：UNP residues 1764 to 1855
未记录 ZN ZINC ION × 3 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；290 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] TAZ2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2L14 Structure of CBP nuclear coactivator binding domain in complex with p53 TAD 提交 2010-07-22 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2059–2117（59 aa） 片段：CBP nuclear coactivator binding domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient
NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 15N] CBP nuclear coactivator binding domain, 0.5 mM [U-99% 15N] p53 TAD, 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CBP nuclear coactivator binding domain, 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] p53 TAD, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2LQH NMR structure of FOXO3a transactivation domains (CR2C-CR3) in complex with CBP KIX domain (2b3l conformation) 提交 2012-03-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 586–672（87 aa） 片段：KIX domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient
NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] KIX, 0.6 mM CR2C-CR3, 20 mM MES, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] KIX, 0.6 mM CR2C-CR3, 20 mM MES, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CR2C-CR3, 0.6 mM KIX, 20 mM MES, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CR2C-CR3, 0.6 mM KIX, 20 mM MES, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2LQI NMR structure of FOXO3a transactivation domains (CR2C-CR3) in complex with CBP KIX domain (2l3b conformation) 提交 2012-03-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 586–672（87 aa） 片段：KIX DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient
NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] KIX, 0.6 mM CR2C-CR3, 20 mM MES, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] KIX, 0.6 mM CR2C-CR3, 20 mM MES, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CR2C-CR3, 0.6 mM KIX, 20 mM MES, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CR2C-CR3, 0.6 mM KIX, 20 mM MES, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2LWW NMR structure of RelA-TAD/CBP-TAZ1 complex 提交 2012-08-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 340–439（100 aa） 片段：TAZ-type 1 zinc finger residues 340-439
未记录 ZN ZINC ION × 3 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）40；压力 ambient
NMR样品组成 0.8-1.1 mM [U-13C; U-15N] TAZ1, 1.2-1.5 mM RelA-TA2, 2 mM DTT, 20 mM TRIS, 40 mM sodium chloride, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.8-1.1 mM [U-13C] TAZ1, 1.2-1.5 mM RelA-TA2, 2 mM [U-2H] DTT, 20 mM [U-2H] TRIS, 40 mM sodium chloride, 99.8 % [U-2H] D2O, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.7-0.9 mM [U-13C] RelA-TA2, 1.5-1.8 mM TAZ1, 2 mM [U-2H] DTT, 20 mM [U-2H] TRIS, 40 mM sodium chloride, 99.8 % [U-2H] D2O, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.7-0.9 mM [U-13C; U-15N] RelA-TA2, 1.5-1.8 mM TAZ1, 2 mM DTT, 20 mM TRIS, 40 mM sodium chloride, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.8-1.1 mM [U-15N] TAZ1, 1.2-1.5 mM RelA-TA2, 2 mM DTT, 20 mM TRIS, 40 mM sodium chloride, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.7-0.9 mM [U-15N] RelA-TA2, 1.5-1.8 mM TAZ1, 2 mM DTT, 20 mM TRIS, 40 mM sodium chloride, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
4I9O Crystal Structure of GACKIX L664C Tethered to 1-10 提交 2012-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 586–672（87 aa） 片段：UNP residues 562-672, GACKIX domain
突变：L664C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） KI1 1-{4-[4-chloro-3-(trifluoromethyl)phenyl]-4-hydroxypiperidin-1-yl}-3-sulfanylpropan-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.8 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.233
4I9O Crystal Structure of GACKIX L664C Tethered to 1-10 提交 2012-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 586–672（87 aa） 片段：UNP residues 562-672, GACKIX domain
突变：L664C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） KI1 1-{4-[4-chloro-3-(trifluoromethyl)phenyl]-4-hydroxypiperidin-1-yl}-3-sulfanylpropan-1-one × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.8 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.233
5HOU Solution Structure of p53TAD-TAZ1 提交 2016-01-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 340–439（100 aa） 片段：p53TAD, TAZ1 domain of CBP
未记录 ZN ZINC ION × 3 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR测量条件 pH 6.4；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成 1.0 mM [U-15N] p53TAD - [NA] TAZ1 p53TAD-TAZ1 fusion protein, 20 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1.0 mM [U-15N][U-13C] p53TAD - [NA] TAZ1 p53TAD-TAZ1 fusion protein, 20 mM [U-2H] TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM [U-2H] DTT, 99 % [U-2H] D2O, 99% D2O, 1% H2O | 99% D2O, 1% H2O
NMR样品组成 1.0 mM [NA] p53TAD - [U-15N] TAZ1 p53TAD-TAZ1 fusion protein, 20 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1.0 mM [NA] p53TAD - [U-15N][U-13C] TAZ1 p53TAD-TAZ1 fusion protein, 20 mM [U-2H] TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM [U-2H] DTT, 99 % [U-2H] D2O, 99% D2O, 1% H2O | 99% D2O, 1% H2O
NMR样品组成 1.0 mM [U-15N][U-13C] p53TAD - [NA] TAZ1 p53TAD-TAZ1 fusion protein, 20 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1 mM [NA] p53TAD - [U-15N][U-13C] TAZ1 p53TAD-TAZ1 fusion protein, 20 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
5HP0 Solution Structure of TAZ2-p53AD2 提交 2016-01-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1764–1855（92 aa） 片段：p53AD2, TAZ2 domain of CBP
未记录 ZN ZINC ION × 3 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；305 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR测量条件 pH 6.4；305 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] TAZ2-p53AD2, 20 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 10 % [U-2H] D2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] TAZ2-p53AD2, 20 mM [U-2H] TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM [U-2H] DTT, 99 % [U-2H] D2O, 99% D2O, 1% H2O | 99% D2O, 1% H2O
NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] TAZ2-p53AD2, 20 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 5 % [U-2H] D2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-13C] TAZ2, 1 mM p53AD2(38-61), 20 mM [U-2H] TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM [U-2H] DTT, 5 % [U-2H] D2O, 99% D2O, 1% H2O | 99% D2O, 1% H2O
NMR样品组成 1 mM [U-13C] p53AD2, 1 mM TAZ2, 20 mM [U-2H] TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM [U-2H] DTT, 99 % [U-2H] D2O, 99% D2O, 1% H2O | 99% D2O, 1% H2O
分辨率未提供
5HPD Solution Structure of TAZ2-p53TAD 提交 2016-01-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1764–1855（92 aa） 片段：p53TAD, TAZ2 domain of CBP
未记录 ZN ZINC ION × 3 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；305 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR测量条件 pH 6.4；305 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成 1.75 mM [U-13C; U-15N] TAZ2-p53TAD, 20 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 10 % [U-2H] D2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.75 mM [U-13C; U-15N] TAZ2-p53TAD, 20 mM [U-2H] TRIS, 50 mM sodium chloride, 1 mM [U-2H] DTT, 99 % [U-2H] D2O, 99% D2O, 1% H2O | 99% D2O, 1% H2O
NMR样品组成 1 mM [U-13C] TAZ2, 1 mM p53(13-37, 1 mM p53(38-61), 50 mM sodium chloride, 2 mM [U-2H] DTT, 99 % [U-2H] D2O, 20 mM [U-2H] TRIS, 99% D2O, 1% H2O | 99% D2O, 1% H2O
NMR样品组成 1 mM TAZ2, 1 mM [U-13C] p53(13-37), 1 mM [U-13C] p53(38-61), 20 mM [U-2H] TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM [U-2H] DTT, 99 % [U-2H] D2O, 99% D2O, 1% H2O | 99% D2O, 1% H2O
NMR样品组成 1 mM TAZ2, 1 mM [U-15N] p53(13-61), 20 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 10 % [U-2H] D2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-15N] TAZ2, 1 mM p53(13-61), 20 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 10 % [U-2H] D2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM TAZ2, 1 mM [U-13C] p53(13-61), 20 mM [U-2H] TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM [U-2H] DTT, 99 % [U-2H] D2O, 99% D2O, 1% H2O | 99% D2O, 1% H2O
NMR样品组成 1 mM [U-13C] TAZ2, 1 mM p53(13-61), 20 mM [U-2H] TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM [U-2H] DTT, 99 % [U-2H] D2O, 99% D2O, 1% H2O | 99% D2O, 1% H2O
分辨率未提供
5W0I CREBBP Bromodomain in complex with Cpd8 (1-(3-(7-(difluoromethyl)-6-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-3,4-dihydroquinolin-1(2H)-yl)-1-(tetrahydrofuran-3-yl)-1,4,6,7-tetrahydro-5H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-5-yl)ethan-1-one) 提交 2017-05-30 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1083–1198（116 aa） 片段：Bromodomain, UNP residues 1083-1198
未记录 9UA 1-{3-[7-(difluoromethyl)-6-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-3,4-dihydroquinolin-1(2H)-yl]-1-[(3S)-oxolan-3-yl]-1,4,6,7-tetrahydro-5H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-5-yl}ethan-1-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；0.2 M Li2SO4, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 23% PEG33500
分辨率 1.43 Å R-free 0.192
6DMX HBZ56 in complex with KIX and c-Myb 提交 2018-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 586–672（87 aa） 片段：residues 284-315
链 D 586–672（87 aa） 片段：residues 284-315
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350, ammonium iodide
分辨率 2.80 Å R-free 0.301
6DMX HBZ56 in complex with KIX and c-Myb 提交 2018-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 G 586–672（87 aa） 片段：residues 284-315
链 I 586–672（87 aa） 片段：residues 284-315
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350, ammonium iodide
分辨率 2.80 Å R-free 0.301
6DNQ HBZ77 in complex with KIX and c-Myb 提交 2018-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 586–672（87 aa） 片段：residues 586-672
链 D 586–672（87 aa） 片段：residues 586-672
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350, calcium chloride
分辨率 2.35 Å R-free 0.229
7LVS The CBP TAZ1 Domain in Complex with a CITED2-HIF-1-Alpha Fusion Peptide 提交 2021-02-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 340–439（100 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES pH 6.87, 28% PEG 4000
分辨率 2.02 Å R-free 0.241

共 23 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CBP_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–59； UniProt 2059–2117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2kkj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2kkj
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2kkj
沉积日期 deposition_date2009-06-24
结构标题 titleSolution structure of the Nuclear coactivator binding domain of CBP
关键词 keywordsCREB binding protein, iBID, nuclear coactivator domain, CBP, p160, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.38 Å
零角强度 I(0) i066069800.00
分子量 molecular_weight65677.0 kDa
排除体积 excluded_volume82334 ų
包络体积 envelope_volume30933 ų
水化壳体积 shell_volume14788 ų
包络直径 envelope_diameter64.0 Å
壳层 Rg shell_rg23.93 Å
包络 Rg envelope_rg19.26 Å
形状 Rg shape_rg14.34 Å
总 Rg total_rg15.16 Å
总原子数 total_atoms9440
残基数 n_residues590
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax61.8 Å
Rg (实空间) rg_real15.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real6.6070e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.9810e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal66070000.0000
解质量估计 total_estimate0.7668
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.2 Å
偏度 Skewness skewness0.490
峰度 Kurtosis kurtosis-0.104
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha69130.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.545; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.330; Smooth: 0.998
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2kkja_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.153 — Nuclear receptor coactivator interlocking domain
超家族 Superfamily superfamilya.153.1 — Nuclear receptor coactivator interlocking domain
家族 Family familya.153.1.1 — Nuclear receptor coactivator interlocking domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2kkjA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1630 — Creb-binding Protein; Chain: A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)