2kn4

The structure of the RRM domain of SC35

Method: SOLUTION NMR Dmax: 103.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunoglobulin G-binding protein G,Serine/arginine-rich splicing factor 2

Homo sapiens

UniProt P19909

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 304–357 片段:UNP residues 304-357 from P19909, UNP residues 9-101 from Q01130 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6.8;305 K;离子强度(mmCIF原始值)100;压力 ambient NMR样品组成:0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SC35-1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SC35-2, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成:0.5 mM [U-100% 15N] SC35-3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.5 mM SC35-4, 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 76 个其他 PDB 条目、116 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPG2_STRSG
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–56; UniProt 304–357

Immunoglobulin G-binding protein G,Serine/arginine-rich splicing factor 2

Homo sapiens

UniProt Q01130

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 9–101 片段:UNP residues 304-357 from P19909, UNP residues 9-101 from Q01130 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6.8;305 K;离子强度(mmCIF原始值)100;压力 ambient NMR样品组成:0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SC35-1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SC35-2, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成:0.5 mM [U-100% 15N] SC35-3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.5 mM SC35-4, 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SRSF2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 66–158; UniProt 9–101

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2kn4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2kn4
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2kn4
沉积日期 deposition_date2009-08-14
结构标题 titleThe structure of the RRM domain of SC35
关键词 keywords;RRM domain, Cell wall, IgG-binding protein, Peptidoglycan-anchor, Secreted, mRNA processing, mRNA splicing, Nucleus, Phosphoprotein, RNA-binding, RNA BINDING PROTEIN ;; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.63
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.01
零角强度 I(0) i02112180000.00
分子量 molecular_weight361940.0 kDa
排除体积 excluded_volume442530 ų
包络体积 envelope_volume205060 ų
水化壳体积 shell_volume48700 ų
包络直径 envelope_diameter118.7
壳层 Rg shell_rg41.10
包络 Rg envelope_rg36.51
形状 Rg shape_rg26.00
总 Rg total_rg26.46
总原子数 total_atoms49620
残基数 n_residues3160
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax103.5
Rg (实空间) rg_real26.06
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.24
I(0) (实空间) i0_real2.1120e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5670e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.93
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2112000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6846
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.0
偏度 Skewness skewness0.682
峰度 Kurtosis kurtosis-0.086
角度范围 angular_range— – 0.3100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3917000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.268; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.102; Smooth: 0.990

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2kn4A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id2kn4A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)