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2kox

NMR residual dipolar couplings identify long range correlated motions in the backbone of the protein ubiquitin

Method: SOLUTION NMR
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1. Protein Identity and Related Structures Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin

Homo sapiens

UniProt P62988

State in the Current Structure

Assembly Physical composition Protein state Molecular copy count Associated components Data consistency
1 Protein monomer Monomer Protein 1 No other associated polymer Consistent with protein count

Other States of the Same Protein in the Database

Monomer
1c3t 1d3z 1g6j 1sif 1ubi 1ubq 2gbj 2gbj 2gbk 2gbk 2gbk 2gbk

48 assemblies; showing the first 12

Homodimer
1tbe 2bgf 2gbk 2gbk 2gbr 2jf5 2pe9 2pea 2xk5 3h7p 3h7s 3nob

16 assemblies; showing the first 12

Homotetramer
1f9j 2o6v 2o6v 2o6v 2xew 2xew 2xew

7 assemblies

Other homooligomers
2gbr 2zcb 3eec 3eec

4 assemblies

Heteromeric or nucleic-acid complex
1fxt 1nbf 1nbf 1q5w 1s1q 1s1q 1xd3 1xd3 1yx5 1yx6 2ayo 2ayo

64 assemblies; showing the first 12

View Construct and Data Evidence
UniProt name UBIQ_HUMAN
Isoform —
PDB entities 1
Chains and sequence ranges Author chain A； PDBConstruct 1–76； UniProt 1–76

The page prioritizes protein identity, the current assembly, associated components, oligomeric state and cross-PDB links. Chain mapping and sequence ranges are retained as data evidence. Internal IDs, import timestamps and assembly operation expressions are maintenance fields and are not shown here.

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2. Structure Basics 2. Structure Basics

Entry ID entry_id2kox
Deposition date deposition_date2009-10-02
Structure title titleNMR residual dipolar couplings identify long range correlated motions in the backbone of the protein ubiquitin
Keywords keywordsubiquitin, residual dipolar coupling, simulated annealing, Isopeptide bond, Nucleus, Phosphoprotein, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
Experimental Method methodSOLUTION NMR
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3. Official assembly/model SAXS Official SAXS Profiles

This page reads only the latest assembly calculations. Every curve maps to an explicit PDB entry, official biological assembly and coordinate model.

2kox__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

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2kox__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 plotted points; both axes use logarithmic scales.

2kox__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

The new assembly/model P(r) has not been calculated yet This placeholder does not display legacy data r (Angstrom) P(r)
P(r) will be calculated and displayed separately for the same assembly/model.
Rg（Guinier）13.46 Å
Rg (electron density)11.73 Å
Total Rg13.22 Å
Atom count1231
Residues76
Excluded volume10817 ų
Maximum q0.500 Å⁻¹
Assembly Model Structure unit Oligomeric description Status CRYSOL Actions
1 1 2kox__assembly_1__model_1 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 2 2kox__assembly_1__model_2 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 3 2kox__assembly_1__model_3 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 4 2kox__assembly_1__model_4 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 5 2kox__assembly_1__model_5 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 6 2kox__assembly_1__model_6 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 7 2kox__assembly_1__model_7 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 8 2kox__assembly_1__model_8 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 9 2kox__assembly_1__model_9 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 10 2kox__assembly_1__model_10 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 11 2kox__assembly_1__model_11 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 12 2kox__assembly_1__model_12 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 13 2kox__assembly_1__model_13 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 14 2kox__assembly_1__model_14 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 15 2kox__assembly_1__model_15 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 16 2kox__assembly_1__model_16 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 17 2kox__assembly_1__model_17 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 18 2kox__assembly_1__model_18 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 19 2kox__assembly_1__model_19 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 20 2kox__assembly_1__model_20 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 21 2kox__assembly_1__model_21 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 22 2kox__assembly_1__model_22 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 23 2kox__assembly_1__model_23 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 24 2kox__assembly_1__model_24 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 25 2kox__assembly_1__model_25 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 26 2kox__assembly_1__model_26 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 27 2kox__assembly_1__model_27 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 28 2kox__assembly_1__model_28 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 29 2kox__assembly_1__model_29 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 30 2kox__assembly_1__model_30 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 31 2kox__assembly_1__model_31 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 32 2kox__assembly_1__model_32 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 33 2kox__assembly_1__model_33 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 34 2kox__assembly_1__model_34 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 35 2kox__assembly_1__model_35 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 36 2kox__assembly_1__model_36 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 37 2kox__assembly_1__model_37 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 38 2kox__assembly_1__model_38 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 39 2kox__assembly_1__model_39 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 40 2kox__assembly_1__model_40 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 41 2kox__assembly_1__model_41 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 42 2kox__assembly_1__model_42 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 43 2kox__assembly_1__model_43 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 44 2kox__assembly_1__model_44 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 45 2kox__assembly_1__model_45 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 46 2kox__assembly_1__model_46 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 47 2kox__assembly_1__model_47 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 48 2kox__assembly_1__model_48 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 49 2kox__assembly_1__model_49 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 50 2kox__assembly_1__model_50 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 51 2kox__assembly_1__model_51 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 52 2kox__assembly_1__model_52 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 53 2kox__assembly_1__model_53 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 54 2kox__assembly_1__model_54 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 55 2kox__assembly_1__model_55 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 56 2kox__assembly_1__model_56 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 57 2kox__assembly_1__model_57 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 58 2kox__assembly_1__model_58 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 59 2kox__assembly_1__model_59 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 60 2kox__assembly_1__model_60 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 61 2kox__assembly_1__model_61 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 62 2kox__assembly_1__model_62 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 63 2kox__assembly_1__model_63 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 64 2kox__assembly_1__model_64 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 65 2kox__assembly_1__model_65 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 66 2kox__assembly_1__model_66 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 67 2kox__assembly_1__model_67 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 68 2kox__assembly_1__model_68 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 69 2kox__assembly_1__model_69 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 70 2kox__assembly_1__model_70 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 71 2kox__assembly_1__model_71 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 72 2kox__assembly_1__model_72 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 73 2kox__assembly_1__model_73 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 74 2kox__assembly_1__model_74 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 75 2kox__assembly_1__model_75 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 76 2kox__assembly_1__model_76 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 77 2kox__assembly_1__model_77 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 78 2kox__assembly_1__model_78 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 79 2kox__assembly_1__model_79 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 80 2kox__assembly_1__model_80 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 81 2kox__assembly_1__model_81 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 82 2kox__assembly_1__model_82 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 83 2kox__assembly_1__model_83 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 84 2kox__assembly_1__model_84 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 85 2kox__assembly_1__model_85 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 86 2kox__assembly_1__model_86 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 87 2kox__assembly_1__model_87 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 88 2kox__assembly_1__model_88 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 89 2kox__assembly_1__model_89 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 90 2kox__assembly_1__model_90 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 91 2kox__assembly_1__model_91 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 92 2kox__assembly_1__model_92 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 93 2kox__assembly_1__model_93 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 94 2kox__assembly_1__model_94 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 95 2kox__assembly_1__model_95 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 96 2kox__assembly_1__model_96 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 97 2kox__assembly_1__model_97 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 98 2kox__assembly_1__model_98 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 99 2kox__assembly_1__model_99 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 100 2kox__assembly_1__model_100 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 101 2kox__assembly_1__model_101 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 102 2kox__assembly_1__model_102 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 103 2kox__assembly_1__model_103 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 104 2kox__assembly_1__model_104 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 105 2kox__assembly_1__model_105 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 106 2kox__assembly_1__model_106 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 107 2kox__assembly_1__model_107 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 108 2kox__assembly_1__model_108 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 109 2kox__assembly_1__model_109 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
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1 112 2kox__assembly_1__model_112 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
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1 115 2kox__assembly_1__model_115 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 116 2kox__assembly_1__model_116 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 117 2kox__assembly_1__model_117 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 118 2kox__assembly_1__model_118 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
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1 120 2kox__assembly_1__model_120 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 121 2kox__assembly_1__model_121 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 122 2kox__assembly_1__model_122 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 123 2kox__assembly_1__model_123 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 124 2kox__assembly_1__model_124 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 125 2kox__assembly_1__model_125 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 126 2kox__assembly_1__model_126 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 127 2kox__assembly_1__model_127 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 128 2kox__assembly_1__model_128 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 129 2kox__assembly_1__model_129 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 130 2kox__assembly_1__model_130 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 131 2kox__assembly_1__model_131 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 132 2kox__assembly_1__model_132 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 133 2kox__assembly_1__model_133 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
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4. Crystallography and Experiment 4. Crystallography & Experiment

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5. Entities and Polymers Entities & Polymers (1)

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6. Fold Classification (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

Domain ID domain_id2koxA00
Class class3 — Alpha Beta
Architecture architecture10 — Roll
Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
Homologous superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
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7. Citations (1)