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2kx4

Solution structure of Bacteriophage Lambda gpFII

Method: SOLUTION NMR Dmax: 54.5 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tail attachment protein

Bacteriophage lambda

UniProt P03714

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–117 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient NMR样品组成：1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] gpFII, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2KX4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1K0H Solution structure of bacteriophage lambda gpFII 提交 2001-09-19 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–117（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 1.3mM gpFII U-15N, 13C; 10MM PHOSPHATE BUFFER NA, 200MM NACL | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
8K37 Structure of the bacteriophage lambda neck 提交 2023-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 M 1–117（117 aa）
链 N 1–117（117 aa）
链 O 1–117（117 aa）
链 P 1–117（117 aa）
链 Q 1–117（117 aa）
链 R 1–117（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8XOW Mature virion portal of bacteriophage lambda 提交 2024-01-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric
链 f 1–117（117 aa）
链 f1 1–117（117 aa）
链 f2 1–117（117 aa）
链 f3 1–117（117 aa）
链 f4 1–117（117 aa）
链 f5 1–117（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.32 Å
8XPM Mature virion portal of phage lambda with DNA 提交 2024-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：68-meric
链 f 1–117（117 aa）
链 f1 1–117（117 aa）
链 f2 1–117（117 aa）
链 f3 1–117（117 aa）
链 f4 1–117（117 aa）
链 f5 1–117（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.90 Å
8XQB Mature virion portal vertex of bacteriophage lambda 提交 2024-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 71 PDB 声明：71-meric
链 f 1–117（117 aa）
链 f1 1–117（117 aa）
链 f2 1–117（117 aa）
链 f3 1–117（117 aa）
链 f4 1–117（117 aa）
链 f5 1–117（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 4.07 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VCF2_LAMBD
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2kx4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2kx4
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2kx4
沉积日期 deposition_date2010-04-26
结构标题 titleSolution structure of Bacteriophage Lambda gpFII
关键词 keywords;gpFII, connector protein, Structural Genomics, PSI, Protein Structure Initiative, Ontario Centre for Structural Proteomics, OCSP, VIRAL PROTEIN ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.21 Å
零角强度 I(0) i0276362000.00
分子量 molecular_weight127390.0 kDa
排除体积 excluded_volume155430 ų
包络体积 envelope_volume87634 ų
水化壳体积 shell_volume27024 ų
包络直径 envelope_diameter117.5 Å
壳层 Rg shell_rg32.99 Å
包络 Rg envelope_rg31.90 Å
形状 Rg shape_rg20.15 Å
总 Rg total_rg21.02 Å
总原子数 total_atoms17510
残基数 n_residues1170
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax54.5 Å
Rg (实空间) rg_real18.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.13 Å
I(0) (实空间) i0_real2.6140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4460e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal276300000.0000
解质量估计 total_estimate0.6687
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary18.7 Å
偏度 Skewness skewness0.505
峰度 Kurtosis kurtosis-0.278
角度范围 angular_range— – 0.3950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha1.7830
最高正则化参数 α highest_alpha1066000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.011; Oscil: 0.917; Stabil: 0.994; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2kx4a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.106 — Phage tail proteins
超家族 Superfamily superfamilyb.106.1 — Phage tail proteins
家族 Family familyb.106.1.2 — gpFII-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2kx4A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily180 — Phage tail proteins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)