SAXSdb — 2l23

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 126–283	片段：ACID domain, UNP residues 391-548	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.75；293 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 AMBIENT NMR样品组成：0.3-0.5 MM [U-98% 13C U-98% 15N] MED25, 10 MM SODIUM PHOSPHATE, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 5 MM DTT, 90% H2O/ 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.3-0.5 MM [U-100% 15N] MED25, 10 MM SODIUM PHOSPHATE, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 5 MM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.3-0.5 MM [U-95% 13C] MED25, 10 MM SODIUM PHOSPHATE, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 5 MM DTT, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成：0.2 MM [U-100% 15N] MED25, 10 MM SODIUM PHOSPHATE, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 5 MM DTT, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2L23	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2KY6 Structure of ARC92VBD/MED25ACID 提交 2010-05-14	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 391–553（163 aa）片段：VP16-binding-domain (VBD) Activator-interacting domain (ACID) (UNP Residues 391-553)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 ambient NMR样品组成 50-1000 uM [U-99% 15N] ARC92VBD, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.0 mM ARC92VBD, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 200-1000 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] ARC92VBD, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 700 uM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] ARC92VBD, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 700 uM [ILV-100% 13C1H; U-100% 15N; U-100% 2H] ARC92VBD, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2L6U Solution NMR Structure of Med25(391-543) Comprising the Activator-Interacting Domain (ACID) of Human Mediator Subuniti 25. Northeast Structural Genomics Consortium Target HR6188A 提交 2010-11-24	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 391–543（153 aa）片段：ACID domain residues 391-543	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；压力 AMBIENT NMR样品组成 0.7 MM [U-100% 13C U-100% 15N] HR6188A, 20 MM MES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 5 MM CALCIUM CHLORIDE, 10 MM DTT, 0.02 % SODIUM AZIDE, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 MM [U-5% 13C U-100% 15N] HR6188A, 20 MM MES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 5 MM CALCIUM CHLORIDE, 10 MM DTT, 0.02 % SODIUM AZIDE, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2XNF The Mediator Med25 activator interaction domain: Structure and cooperative binding of VP16 subdomains 提交 2010-08-02	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 394–543（150 aa）片段：MED25 ACID DOMAIN, RESIDUES 394-543	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；295 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1.0 NMR测量条件 pH 6.5；295 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1.0 NMR样品组成 90%WATER/10% D2O	分辨率未提供
7EMF Human Mediator (deletion of MED1-IDR) in a Tail-extended conformation 提交 2021-04-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：27-meric	链 Y 1–747（747 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7LBM Structure of the human Mediator-bound transcription pre-initiation complex 提交 2021-01-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric	链 3 1–747（747 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 16 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
8GXQ PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in MH-binding state 提交 2022-09-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric	链 y 1–747（747 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.04 Å
8GXS PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in H-binding state 提交 2022-09-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric	链 y 1–747（747 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.16 Å
8T9D CryoEM structure of TR-TRAP 提交 2023-06-23	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：26-meric	链 T 1–747（747 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.66 Å
9CCV Crystal structure of human respiratory syncytial virus NS1 bound to human MED25 ACID 提交 2024-06-23	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 389–543（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.15 M ammonium tartrate, 0.1 M MES pH 5.6, 12% PEG 3350	分辨率 2.53 Å R-free 0.262

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MED25_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–159； UniProt 126–283

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2l23
沉积日期 deposition_date	2010-08-10
结构标题 title	NMR structure of the ACID (ACtivator Interacting Domain) of the human mediator Med25 protein
关键词 keywords	human mediator complex, Pancreatic tumor overexpressed domain, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.54 Å
零角强度 I(0) i0	1754380000.00
分子量 molecular_weight	367190.0 kDa
排除体积 excluded_volume	464590 Å³
包络体积 envelope_volume	49229 Å³
水化壳体积 shell_volume	20867 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.3 Å
壳层 Rg shell_rg	26.51 Å
包络 Rg envelope_rg	20.64 Å
形状 Rg shape_rg	16.51 Å
总 Rg total_rg	16.79 Å
总原子数 total_atoms	52180
残基数 n_residues	3220
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.6 Å
Rg (实空间) rg_real	16.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7540e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2630e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1754000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7270
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	19.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.345
峰度 Kurtosis kurtosis	0.106
角度范围 angular_range	— – 0.4700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	873600.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.495; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2l23A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	290 — Ku70; Chain: A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Mediator complex subunit 25, ACID domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25
分子量 formula_weight	19220.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	52180

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

NMR structure of the ACID (ACtivator Interacting Domain) of the human mediator Med25 protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/l2/2l23/2l23.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l2/2l23/2l23.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l2/2l23/2l23.dat