8t9d

CryoEM structure of TR-TRAP

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 263.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8t9d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8t9d
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8t9d
沉积日期 deposition_date2023-06-23
结构标题 titleCryoEM structure of TR-TRAP
关键词 keywordsTR-TRAP, mediator, CKM module, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier95.01
回转半径 Rg (电子) rg_electron95.33
零角强度 I(0) i07444150000.00
分子量 molecular_weight692010.0 kDa
排除体积 excluded_volume846230 ų
包络体积 envelope_volume1881800 ų
水化壳体积 shell_volume176140 ų
包络直径 envelope_diameter389.1
壳层 Rg shell_rg76.63
包络 Rg envelope_rg98.60
形状 Rg shape_rg95.45
总 Rg total_rg94.71
总原子数 total_atoms49135
残基数 n_residues7764
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax263.6
Rg (实空间) rg_real88.63
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.33
I(0) (实空间) i0_real7.1050e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3880e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal88.88
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7301000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9159
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary82.4
偏度 Skewness skewness0.401
峰度 Kurtosis kurtosis-0.476
角度范围 angular_range— – 0.0800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.7698
最高正则化参数 α highest_alpha357400000.0000
实空间数据点数 n_real_points17
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.025; Oscil: 0.989; Stabil: 0.981; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.010

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (26)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)