C-terminal Zinc Knucle of the HIV-NCP7
物种未注明
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 411–429 | 未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）6；压力 ambient NMR样品组成：1 mM C-terminal zinc knuckle of the HIVNCp7, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O | 分辨率未提供 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 2L44 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2L45 C-terminal zinc knuckle of the HIVNCp7 with DNA 提交 2010-10-01 | 聚集状态不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric |
链 A
411–429（19 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）6.0；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM C-terminal zinc knuckle of the HIVNCp7, 1 mM DNA, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2L46 C-terminal zinc finger of the HIVNCp7 with platinated DNA 提交 2010-10-01 | 聚集状态不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric |
链 A
411–429（19 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）6.0；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM C-terminal zinc knuckle of the HIVNCp7, 1 mM DNA, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3OUA MDR769 HIV-1 protease complexed with p1/p6 hepta-peptide 提交 2010-09-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 P
446–452（7 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；0.8M NaCl
01 M MES
, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.226 |
| 3OUC MDR769 HIV-1 protease complexed with p2/NC hepta-peptide 提交 2010-09-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 P
375–381（7 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；0.8M NaCl
0.1 M MES
, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.262 |
| 3P9G Crystal structure of the TSG101 UEV domain in complex with FA459 peptide 提交 2010-10-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
453–461（9 aa）
片段：Modified HIV-1 Gag PTAP Motif
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES-NAOH (PH7.5), 25% PEG 3350, 0.2M SODIUM NITRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.242 |
| 3P9H Crystal structure of the TSG101 UEV domain in complex with FA258 peptide 提交 2010-10-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
453–461（9 aa）
片段：Modified HIV-1 Gag PTAP Motif
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES-NAOH (PH7.5), 25% PEG 3350, 0.2M SODIUM NITRATE , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.253 |
| 4EP3 Crystal Structure of inactive single chain wild-type HIV-1 Protease in Complex with the substrate CA-p2 提交 2012-04-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
359–367（9 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.227 |
| 4EPJ Crystal Structure of inactive single chain wild-type HIV-1 Protease in Complex with the substrate p2-NC 提交 2012-04-17 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
374–381（8 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 ACT ACETATE ION × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.227 |
| 4EQ0 Crystal Structure of inactive single chain variant of HIV-1 Protease in Complex with the substrate p2-NC 提交 2012-04-17 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 P
374–381（8 aa）
|
未记录 | BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 3 ACT ACETATE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.264 |
| 4FAE Substrate p2/NC in Complex with a Human Immunodeficiency Virus Type 1 Protease Variant 提交 2012-05-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
375–381（7 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；0.1 M citric acid, 2.4 M ammonium sulfate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.279 |
共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | Q9YP46_9HIV1 |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–19； UniProt 411–429 |
