SAXS 散射曲线 SAXS Profile
P(r) 距离分布 P(r) Distribution
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条目编号 entry_id 2l5i 沉积日期 deposition_date 2010-11-02 结构标题 title structure of the spliceosomal phosphopeptide P140 (non-phosphorylated form) 关键词 keywords phosphorylation, HSC70, Lupus, SPLICING; SPLICING 实验方法 method SOLUTION NMR
回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier 7.37 Å 回转半径 Rg (电子) rg_electron 7.52 Å 零角强度 I(0) i0 6214670.00 分子量 molecular_weight 20504.0 kDa 排除体积 excluded_volume 25921 ų 包络体积 envelope_volume 5498 ų 水化壳体积 shell_volume 5745 ų 包络直径 envelope_diameter 27.4 Å 壳层 Rg shell_rg 13.61 Å 包络 Rg envelope_rg 8.92 Å 形状 Rg shape_rg 7.43 Å 总 Rg total_rg 8.39 Å 总原子数 total_atoms 2888 残基数 n_residues 168 球谐函数阶数 n_harmonics 20 q 范围 q_range — – 0.5000 Å−1 数据点数 n_points 101 壳层类型 shell_type directional 溶剂电子密度 solvent_density 0.3340 e/ų 壳层衬度 contrast_shell 0.0300 e/ų CRYSOL 版本 crysol_version 4.1.3
最大尺寸 Dmax dmax 21.7 Å Rg (实空间) rg_real 7.28 Å Rg 误差 (实空间) rg_real_error 0.03 Å I(0) (实空间) i0_real 6.1170e+06 I(0) 误差 (实空间) i0_real_error 3.8330e+04 Rg (倒空间) rg_reciprocal 7.35 Å I(0) (倒空间) i0_reciprocal 6215000.0000 解质量估计 total_estimate 0.7246 解质量评级 solution_quality
REASONABLE
a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks 1 主峰位置 r_peak_primary 9.3 Å 偏度 Skewness skewness 0.164 峰度 Kurtosis kurtosis -0.419 角度范围 angular_range — – 0.5000 Å−1 当前正则化参数 α current_alpha 5.8610 最高正则化参数 α highest_alpha 16740.0000 实空间数据点数 n_real_points 80 GNOM 版本 gnom_version 4.1.3 质量判据 quality_criteria
AN1: 0.000;
Oscil: 0.966;
Stabil: 0.961;
Sysdev: 0.000;
Positv: 1.000;
Valcen: 0.993;
Smooth: 0.658
晶胞参数 Unit Cell
晶胞边长 a length_a 1.000 Å 晶胞边长 b length_b 1.000 Å 晶胞边长 c length_c 1.000 Å 晶胞夹角 α angle_alpha 90.00 ° 晶胞夹角 β angle_beta 90.00 ° 晶胞夹角 γ angle_gamma 90.00 ° 晶胞分子数 Z z_pdb 1
对称性 Symmetry
空间群 space_group P 1 空间群编号 int_tables_number 1 晶系 crystal_system —
Entity 1
polymer
描述 description U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa 分子量 formula_weight 2565.0 kDa 来源方法 src_method syn 拷贝数 entity_count 1
聚合体 Polymer
聚合体类型 type polypeptide(L) 链编号 strand_id A 原子数 atom_count 2888
RIHMVYSKRSGKPRGYAFIEY
;The spliceosomal phosphopeptide P140 controls the lupus disease by interacting with the HSC70 protein and via a mechanism mediated by gammadelta T cells.
;
Plos One (2009)
Files (7)
pr_distribution /app/data/pr_computation/l5/2l5i/pr_distribution.jsonpr_output /app/data/pr_computation/l5/2l5i/2l5i.pr.outpr_plot /app/data/visualization/pr_computation/l5/2l5i/2l5i_pr_distribution.pngsaxs_curve_dat /app/data/saxs_computation/l5/2l5i/2l5i.datsaxs_fit /app/data/saxs_computation/l5/2l5i/2l5i.fitsaxs_log /app/data/saxs_computation/l5/2l5i/2l5i.logsaxs_plot /app/data/visualization/saxs_computation/l5/2l5i/2l5i_saxs_profile.png
Curves (3)
fit
/app/data/saxs_computation/l5/2l5i/2l5i.fit
pddf
/app/data/pr_computation/l5/2l5i/2l5i.pr.out
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/app/data/saxs_computation/l5/2l5i/2l5i.dat
