SAXSdb — 2l8j

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–115	未记录	NBR1-LIR peptide × 1 （Q14596）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成：0.6 mM [U-98% 15N] GABARAPL-1, 0.9 mM NBR1-LIR, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4.6 mM sodium azide, 1 mM protease inhibitor cocktail, 0.3 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：0.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] GABARAPL-1, 0.9 mM NBR1-LIR, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4.6 mM sodium azide, 1 mM protease inhibitor cocktail, 0.3 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：0.9 mM GABARAPL-1, 0.6 mM [U-98% 15N] NBR1-LIR, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4.6 mM sodium azide, 1 mM protease inhibitor cocktail, 0.3 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：0.9 mM GABARAPL-1, 0.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] NBR1-LIR, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4.6 mM sodium azide, 1 mM protease inhibitor cocktail, 0.3 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2L8J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2R2Q Crystal structure of human Gamma-Aminobutyric Acid Receptor-Associated Protein-like 1 (GABARAP1), Isoform CRA_a 提交 2007-08-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–111（109 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；25% PEG 3350, 0.2M Sodium chloride, 0.1M Hepes, 5% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 1.65 Å R-free 0.234
2R2Q Crystal structure of human Gamma-Aminobutyric Acid Receptor-Associated Protein-like 1 (GABARAP1), Isoform CRA_a 提交 2007-08-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 3–111（109 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；25% PEG 3350, 0.2M Sodium chloride, 0.1M Hepes, 5% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 1.65 Å R-free 0.234
5DPT Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human GABARAPL1_2-117 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–117（116 aa）片段：UNP Q9Y4G2 627-638, UNP Q9H0R8 2-117	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；278 K；20% w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.2 M NaCl, 8% MPD pH 7.2	分辨率 2.90 Å R-free 0.260
5DPT Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human GABARAPL1_2-117 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–117（116 aa）片段：UNP Q9Y4G2 627-638, UNP Q9H0R8 2-117	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；278 K；20% w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.2 M NaCl, 8% MPD pH 7.2	分辨率 2.90 Å R-free 0.260
5LXH GABARAP-L1 ATG4B LIR Complex 提交 2016-09-21	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–117（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.17 M AMSO4, 40 % PEG 4000, 15 % glycerol	分辨率 1.58 Å R-free 0.237
5LXH GABARAP-L1 ATG4B LIR Complex 提交 2016-09-21	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–117（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.17 M AMSO4, 40 % PEG 4000, 15 % glycerol	分辨率 1.58 Å R-free 0.237
5LXH GABARAP-L1 ATG4B LIR Complex 提交 2016-09-21	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–117（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.17 M AMSO4, 40 % PEG 4000, 15 % glycerol	分辨率 1.58 Å R-free 0.237
5LXI GABARAP-L1 ATG4B LIR Complex 提交 2016-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–117（117 aa）链 D 1–117（117 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PER PEROXIDE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MgCl2, 24.6 % PEG 400, 29.5 % PEG 8000, 0.1M TRIS 8.5	分辨率 1.44 Å R-free 0.230
6HOI Structure of Beclin1 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2018-09-17	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–117（117 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M sodium acetate, 0.1M Hepes pH 7.5, 12% PEG 4000	分辨率 1.14 Å R-free 0.166
6HOI Structure of Beclin1 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2018-09-17	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–117（117 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M sodium acetate, 0.1M Hepes pH 7.5, 12% PEG 4000	分辨率 1.14 Å R-free 0.166
6HOL Structure of ATG14 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2018-09-17	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–117（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；289 K；1M LiCl, 0.1M HEPES pH7, 20% PEG 6000	分辨率 1.40 Å R-free 0.203
6HOL Structure of ATG14 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2018-09-17	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–117（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；289 K；1M LiCl, 0.1M HEPES pH7, 20% PEG 6000	分辨率 1.40 Å R-free 0.203
6YOO Structure of SAMM50 LIR bound to GABARAPL1 提交 2020-04-14	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–117（117 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；24% w/v PEG 6000, 10 mM ZnCl2 and 0.1 M Tris pH 7.5	分辨率 1.06 Å R-free 0.147
7AA7 Structure of SCOC pS12/pS18 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–117（117 aa）	未记录	SAT sulfoacetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1M MES pH 6.5, 3.5M AMSO4, 1% MPD	分辨率 1.45 Å R-free 0.189
7AA7 Structure of SCOC pS12/pS18 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–117（117 aa）	未记录	SAT sulfoacetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1M MES pH 6.5, 3.5M AMSO4, 1% MPD	分辨率 1.45 Å R-free 0.189
7AA9 Structure of SCOC pT13/pT15 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 1500 0.1M TRIS 8	分辨率 1.72 Å R-free 0.261
7AA9 Structure of SCOC pT13/pT15 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 1500 0.1M TRIS 8	分辨率 1.72 Å R-free 0.261
7AA9 Structure of SCOC pT13/pT15 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 1500 0.1M TRIS 8	分辨率 1.72 Å R-free 0.261
7AA9 Structure of SCOC pT13/pT15 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 1500 0.1M TRIS 8	分辨率 1.72 Å R-free 0.261
7AA9 Structure of SCOC pT13/pT15 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 1500 0.1M TRIS 8	分辨率 1.72 Å R-free 0.261
7AA9 Structure of SCOC pT13/pT15 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 1500 0.1M TRIS 8	分辨率 1.72 Å R-free 0.261
7JHX Crystal structure of hEPG5 LIR/GABARAPL1 complex 提交 2020-07-21	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–117（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 MES buffer pH 5.5, 29% (w/v) PEG 4000	分辨率 1.91 Å R-free 0.245
7JHX Crystal structure of hEPG5 LIR/GABARAPL1 complex 提交 2020-07-21	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–117（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 MES buffer pH 5.5, 29% (w/v) PEG 4000	分辨率 1.91 Å R-free 0.245
8X8A Crystal structure of STBD1 LIR motif in complex with GABARAPL1 提交 2023-11-27	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；25% w/v Pentaerythritol Propoxylate (5/4 PO/OH), 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 0.05 M Magnesium chloride	分辨率 1.53 Å R-free 0.187
9HGC Crystal structure of human GABARAPL1 in complex with cyclic peptide GAB_D8 提交 2024-11-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–117（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.17 M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol	分辨率 2.52 Å R-free 0.259
9HGC Crystal structure of human GABARAPL1 in complex with cyclic peptide GAB_D8 提交 2024-11-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–117（117 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.17 M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol	分辨率 2.52 Å R-free 0.259
9HGC Crystal structure of human GABARAPL1 in complex with cyclic peptide GAB_D8 提交 2024-11-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–117（117 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.17 M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol	分辨率 2.52 Å R-free 0.259
9HGC Crystal structure of human GABARAPL1 in complex with cyclic peptide GAB_D8 提交 2024-11-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–117（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.17 M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol	分辨率 2.52 Å R-free 0.259
9JF2 Crystal structure of GABARAPL1 in complex with ATG16L1 提交 2024-09-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–117（117 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M Sodium cacodylate (pH 6.5), 40% v/v MPD, 5% w/v PEG 8000	分辨率 1.76 Å R-free 0.215
9JF2 Crystal structure of GABARAPL1 in complex with ATG16L1 提交 2024-09-03	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M Sodium cacodylate (pH 6.5), 40% v/v MPD, 5% w/v PEG 8000	分辨率 1.76 Å R-free 0.215

共 13 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GBRL1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–119； UniProt 2–115

NBR1-LIR peptide

Homo sapiens

UniProt Q14596

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 726–738	未记录	Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1 × 1 （Q9H0R8）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成：0.6 mM [U-98% 15N] GABARAPL-1, 0.9 mM NBR1-LIR, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4.6 mM sodium azide, 1 mM protease inhibitor cocktail, 0.3 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：0.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] GABARAPL-1, 0.9 mM NBR1-LIR, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4.6 mM sodium azide, 1 mM protease inhibitor cocktail, 0.3 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：0.9 mM GABARAPL-1, 0.6 mM [U-98% 15N] NBR1-LIR, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4.6 mM sodium azide, 1 mM protease inhibitor cocktail, 0.3 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：0.9 mM GABARAPL-1, 0.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] NBR1-LIR, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4.6 mM sodium azide, 1 mM protease inhibitor cocktail, 0.3 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2L8J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1WJ6 Solution structure of RSGI RUH-024, a PB1 domain in human cDNA, KIAA0049 提交 2004-05-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–88（88 aa）片段：PB1 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 1.15mM PB1 domain U-15N,13C; 20mM Tris-HCl buffer (pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2BKF Structure of the PB1 domain of NBR1 提交 2005-02-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–85（85 aa）片段：RESIDUES 1-85 (PB1 INTERACTION DOMAIN)	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.1；1.6 M AMMONIUM SULFATE,0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.1	分辨率 1.56 Å R-free 0.226
2CP8 Solution structure of the RSGI RUH-046, a UBA domain from human Next to BRCA1 gene 1 protein (KIAA0049 protein) R923H variant 提交 2005-05-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 916–956（41 aa）片段：UBA	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 2.62mM RSGI RUH-046 U-13C, 15N; 20mM Tris-HCl U-2H, 100mM NaCl, 1mM DTT U-2H, 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2G4S Anomalous substructure of NBR1PB1 提交 2006-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–85（85 aa）片段：PB1 domain	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.15 Å R-free 0.323
2MGW Solution Structure of the UBA Domain of Human NBR1 提交 2013-11-09	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 913–959（47 aa）片段：UNP residues 913-959	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.6；298 K；压力 ambient NMR样品组成 20 mM potassium phosphate-1, 5 mM potassium chloride-2, 1 mM EDTA-3, 1 mM benzamidine-4, 1 mM DTT-5, 0.02 % sodium azide-6, 1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1 residues 913-959-7, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 20 mM potassium phosphate-8, 5 mM potassium chloride-9, 1 mM EDTA-10, 1 mM benzamidine-11, 1 mM DTT-12, 0.02 % sodium azide-13, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1 residues 913-959-14, 12.5 mg/mL Pf1 phage-15, 150 mM sodium chloride-16, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2MJ5 Structure of the UBA Domain of Human NBR1 in Complex with Ubiquitin 提交 2013-12-25	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 913–959（47 aa）片段：UNP residues 916-959	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.6；298 K；压力 ambient NMR样品组成 20 mM potassium phosphate-1, 5 mM potassium chloride-2, 1 mM EDTA-3, 1 mM benzamidine-4, 1 mM DTT-5, 0.02 % sodium azide-6, 1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1 residues 913-959-7, 95 % H2O-8, 5 % D2O-9, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 20 mM potassium phosphate-10, 5 mM potassium chloride-11, 1 mM EDTA-12, 1 mM benzamidine-13, 1 mM DTT-14, 0.02 % sodium azide-15, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1 residues 913-959-16, 12.5 mg/mL Pf1 phage-17, 150 mM sodium chloride-18, 95 % H2O-19, 5 % D2O-20, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1_UBA-21, 2 mM Ubiquitin-22, 12.5 mg/mL Pf1 phage-23, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 20 mM potassium phosphate-24, 5 mM potassium chloride-25, 1 mM EDTA-26, 1 mM benzamidine-27, 1 mM DTT-28, 0.02 % sodium azide-29, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1 residues 913-959-30, 12.5 mg/mL Pf1 phage-31, 150 mM sodium chloride-32, 95 % H2O-33, 5 % D2O-34, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1_UBA-35, 2 mM Ubiquitin-36, 12.5 mg/mL Pf1 phage-37, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 2 mM NBR1_UBA-38, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-39, 12.5 mg/mL Pf1 phage-40, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] NBR1_UBA-41, 4.5 mM Ubiquitin-42, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
4OLE Crystal structure of a neighbor of BRCA1 gene 1 (NBR1) from Homo sapiens at 2.52 A resolution 提交 2014-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 365–485（121 aa）片段：UNP residues 365-485	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.33；277 K；2.35M ammonium sulfate, 0.1M TRIS pH 8.33, 0.01M Adenosine-5'-triphosphate disodium salt hydrate, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.52 Å R-free 0.188
4OLE Crystal structure of a neighbor of BRCA1 gene 1 (NBR1) from Homo sapiens at 2.52 A resolution 提交 2014-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 365–485（121 aa）片段：UNP residues 365-485	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.33；277 K；2.35M ammonium sulfate, 0.1M TRIS pH 8.33, 0.01M Adenosine-5'-triphosphate disodium salt hydrate, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.52 Å R-free 0.188
4OLE Crystal structure of a neighbor of BRCA1 gene 1 (NBR1) from Homo sapiens at 2.52 A resolution 提交 2014-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 365–485（121 aa）片段：UNP residues 365-485	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.33；277 K；2.35M ammonium sulfate, 0.1M TRIS pH 8.33, 0.01M Adenosine-5'-triphosphate disodium salt hydrate, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.52 Å R-free 0.188
4OLE Crystal structure of a neighbor of BRCA1 gene 1 (NBR1) from Homo sapiens at 2.52 A resolution 提交 2014-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 365–485（121 aa）片段：UNP residues 365-485	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.33；277 K；2.35M ammonium sulfate, 0.1M TRIS pH 8.33, 0.01M Adenosine-5'-triphosphate disodium salt hydrate, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.52 Å R-free 0.188
4OLE Crystal structure of a neighbor of BRCA1 gene 1 (NBR1) from Homo sapiens at 2.52 A resolution 提交 2014-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 365–485（121 aa）片段：UNP residues 365-485 链 B 365–485（121 aa）片段：UNP residues 365-485 链 C 365–485（121 aa）片段：UNP residues 365-485 链 D 365–485（121 aa）片段：UNP residues 365-485	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 28 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.33；277 K；2.35M ammonium sulfate, 0.1M TRIS pH 8.33, 0.01M Adenosine-5'-triphosphate disodium salt hydrate, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.52 Å R-free 0.188

共 7 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NBR1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–17； UniProt 726–738

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2l8j
沉积日期 deposition_date	2011-01-17
结构标题 title	GABARAPL-1 NBR1-LIR complex structure
关键词 keywords	selective autophagy, LC3 proteins, SIGNALING PROTEIN, SIGNALING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex; SIGNALING PROTEIN/PROTEIN BINDING
实验方法 method	SOLUTION NMR

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.46 Å
零角强度 I(0) i0	1307490000.00
分子量 molecular_weight	320960.0 kDa
排除体积 excluded_volume	406270 Å³
包络体积 envelope_volume	42040 Å³
水化壳体积 shell_volume	19409 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.7 Å
壳层 Rg shell_rg	24.60 Å
包络 Rg envelope_rg	18.19 Å
形状 Rg shape_rg	15.42 Å
总 Rg total_rg	15.76 Å
总原子数 total_atoms	44960
残基数 n_residues	2740
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.7 Å
Rg (实空间) rg_real	15.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3070e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6610e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1307000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7754
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	20.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.240
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.184
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	694800.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.698; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
分子量 formula_weight	14268.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	44960

GSPEFKFQYKEDHPFEYRKKEGEKIRKKYPDRVPVIVEKAPKARVPDLDKRKYLVPSDLTVGQFYFLIRKRIHLRPEDALFFFVNNTIPPTSATMGQLYEDNHEEDYFLYVAYSDESVY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NBR1-LIR peptide
分子量 formula_weight	1840.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GAMGSASSEDYIIILPES

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2l8ja1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.3 — GABARAP-like

结构域编号 domain_id	d2l8ja2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2l8jA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

▶

8. 引用文献 (1)

▶

fit	/app/data/saxs_computation/l8/2l8j/2l8j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l8/2l8j/2l8j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l8/2l8j/2l8j.dat

GABARAPL-1 NBR1-LIR complex structure

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NBR1-LIR peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)