SAXSdb — 2lb2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 386–420	片段：residues 386-420	Mothers against decapentaplegic homolog 3 × 1 （P84022）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；285 K；离子强度（mmCIF原始值）0.420；压力 ambient NMR样品组成：1 mM NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1 mM [U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2LB2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2LAJ Third WW domain of human Nedd4L in complex with doubly phosphorylated human smad3 derived peptide 提交 2011-03-16	构建体不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 496–535（40 aa）片段：WW 3 domain residues 496-535	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；285 K；离子强度（mmCIF原始值）0.420；压力 ambient NMR样品组成 1 mM NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2LTY NEDD4L WW2 domain in complex with a Smad7 derived peptide 提交 2012-06-04	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 385–417（33 aa）片段：WW2 domain (UNP residues 385-417)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；285 K；压力 ambient NMR样品组成 1 mM NEDD4LWW2, 2 mM SMAD7, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NEDD4LWW2, 3 mM SMAD7, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MPT WW3 domain of Nedd4L in complex with its HECT domain PY motif 提交 2014-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 496–539（44 aa）片段：WW3 domain, UNP RESIDUES 496-539 链 B 945–957（13 aa）片段：HECT domain PY motif, UNP RESIDUES 945-957	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；压力 ambient NMR样品组成 0.7 mM WW3-1, 1.4 mM HECT_PY-2, 150 mM sodium chloride-3, 20 mM sodium phosphate-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] WW3-5, 2 mM HECT_PY-6, 150 mM sodium chloride-7, 20 mM sodium phosphate-8, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] WW3-9, 1.6 mM HECT_PY-10, 150 mM sodium chloride-11, 20 mM sodium phosphate-12, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2NSQ Crystal structure of the C2 domain of the human E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like protein 提交 2006-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–154（154 aa）片段：C2 Domain	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；14% PEG 4000, 0.2 M NaOAc, pH 6.5, 1 mM DTT. 20% Ethylene glycol added as cryoprotectant, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 6.50	分辨率 1.85 Å R-free 0.218
2ONI Catalytic Domain of the Human NEDD4-like E3 Ligase 提交 2007-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 594–967（374 aa）片段：Hect Domain (ubiquitin transferase)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；THE PROTEIN WAS DISSOLVED AT 10 mg/mL IN 10 mM TRIS-HCL, PH 8.0, 100 mM NaCl, 2% GLYCEROL AND 1 mM DTT. CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS BY MIXING 2 MICROL PROTEIN SOLUTION WITH 2 MICROL WELL SOLUTION (1.7 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, PH 6.0, 1 mM DTT) AT TEMPERATURE 294.0K. FOR CRYOPROTECTION, THE CRYSTALS WERE SOAKED IN 2 M SODIUM-POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.0, 1 mM DTT, 25% ETHYLENE GLYCOL AND 2 mG/mL SEMETNEDD4L.574.947.	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
2ONI Catalytic Domain of the Human NEDD4-like E3 Ligase 提交 2007-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 594–967（374 aa）片段：Hect Domain (ubiquitin transferase)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；THE PROTEIN WAS DISSOLVED AT 10 mg/mL IN 10 mM TRIS-HCL, PH 8.0, 100 mM NaCl, 2% GLYCEROL AND 1 mM DTT. CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS BY MIXING 2 MICROL PROTEIN SOLUTION WITH 2 MICROL WELL SOLUTION (1.7 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, PH 6.0, 1 mM DTT) AT TEMPERATURE 294.0K. FOR CRYOPROTECTION, THE CRYSTALS WERE SOAKED IN 2 M SODIUM-POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.0, 1 mM DTT, 25% ETHYLENE GLYCOL AND 2 mG/mL SEMETNEDD4L.574.947.	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
2ONI Catalytic Domain of the Human NEDD4-like E3 Ligase 提交 2007-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 594–967（374 aa）片段：Hect Domain (ubiquitin transferase)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；THE PROTEIN WAS DISSOLVED AT 10 mg/mL IN 10 mM TRIS-HCL, PH 8.0, 100 mM NaCl, 2% GLYCEROL AND 1 mM DTT. CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS BY MIXING 2 MICROL PROTEIN SOLUTION WITH 2 MICROL WELL SOLUTION (1.7 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, PH 6.0, 1 mM DTT) AT TEMPERATURE 294.0K. FOR CRYOPROTECTION, THE CRYSTALS WERE SOAKED IN 2 M SODIUM-POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.0, 1 mM DTT, 25% ETHYLENE GLYCOL AND 2 mG/mL SEMETNEDD4L.574.947.	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
3JVZ E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 596–975（380 aa）片段：HECT domain	突变：576-949, C922A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.1-5.2, 2.4-2.5 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.30 Å R-free 0.267
3JVZ E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 596–975（380 aa）片段：HECT domain	突变：576-949, C922A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.1-5.2, 2.4-2.5 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.30 Å R-free 0.267
3JW0 E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 596–975（380 aa）片段：NEDD4L HECT DOMAIN (UNP 576-955)	突变：UBIQUITIN G76 ESTER-LINKED TO UBCH5B TO S85	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, 2.4M sodium chloride, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.287
3JW0 E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 596–975（380 aa）片段：NEDD4L HECT DOMAIN (UNP 576-955)	突变：UBIQUITIN G76 ESTER-LINKED TO UBCH5B TO S85	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, 2.4M sodium chloride, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.287
5HPK System-wide modulation of HECT E3 ligases with selective ubiquitin variant probes: NEDD4L and UbV NL.1 提交 2016-01-20	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 594–975（382 aa）片段：HECT domain (UNP residues 594-975)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Sodium cacodylate, NaCl, PEG 8000, 1-butanol	分辨率 2.43 Å R-free 0.227
6ZBT Structure of 14-3-3 gamma in complex with Nedd4-2 14-3-3 binding motif Ser342 提交 2020-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 338–347（10 aa）链 G 338–347（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CFH 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol	分辨率 1.80 Å R-free 0.241
6ZBT Structure of 14-3-3 gamma in complex with Nedd4-2 14-3-3 binding motif Ser342 提交 2020-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 338–347（10 aa）链 H 338–347（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CFH 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol	分辨率 1.80 Å R-free 0.241
6ZC9 Structure of 14-3-3 gamma in complex with Nedd4-2 14-3-3 binding motif Ser448 提交 2020-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 444–453（10 aa）链 G 444–453（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol	分辨率 1.90 Å R-free 0.239
6ZC9 Structure of 14-3-3 gamma in complex with Nedd4-2 14-3-3 binding motif Ser448 提交 2020-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 444–453（10 aa）链 H 444–453（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CFH 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol	分辨率 1.90 Å R-free 0.239
7LP1 Structure of Nedd4L WW3 domain 提交 2021-02-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 494–532（39 aa）片段：WW 3 domain, residues 494-532	未记录	NO3 NITRATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293.15 K；3.6M ammonium nitrate, 5% glycerol, and 0.1M sodium acetate at pH 4.6	分辨率 1.35 Å R-free 0.213
7LP3 Structure of Nedd4L WW3 domain 提交 2021-02-11	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 193–226（34 aa）片段：WW 1 domain, residues 193-226	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；310 K；1.6M (NH4)2SO4, 0.1M Potassium Sodium Tartrate, 5% glycerol, 0.1M Sodium Acetate	分辨率 1.61 Å R-free 0.210
7LP3 Structure of Nedd4L WW3 domain 提交 2021-02-11	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 193–226（34 aa）片段：WW 1 domain, residues 193-226	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；310 K；1.6M (NH4)2SO4, 0.1M Potassium Sodium Tartrate, 5% glycerol, 0.1M Sodium Acetate	分辨率 1.61 Å R-free 0.210
7LP4 Structure of Nedd4L WW3 domain 提交 2021-02-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 493–539（47 aa）片段：WW 3 domain, residues 493-539	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7LP5 Structure of Nedd4L WW3 domain 提交 2021-02-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 493–539（47 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Angiomotin,E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like fusion, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] Angiomotin,E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like fusion, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7NMZ Structure of 14-3-3 eta in complex with Nedd4-2(335-455) containing two 14-3-3 binding motifs Ser342 and Ser448 提交 2021-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 335–455（121 aa）	突变：T367A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03M of each NPS (sodium nitrate, sodium phosphate dibasic, ammonium sulfate), 0.1Mbicine/Trizma base pH 8.5, 30% sacharose	分辨率 2.30 Å R-free 0.235
9GIK Full-lenght Nedd4-2 E3 ubiquitin ligase 提交 2024-08-19	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–955（955 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 130 mM KCl, 20 mM NaCl, 1 mM EDTA, 1 mM TCEP, 3mM CHAPSO cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.58 Å
9GIM Full-lenght Nedd4-2 E3 ubiquitin ligase in presence of Ca2+ 提交 2024-08-19	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–955（955 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 130 mM KCl, 20 mM NaCl, 1 mM TCEP, 1mM CaCl2, 3mM CHAPSO cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.11 Å
9Z5Q HECT domain of NEDD4-2 complex with a targeted nanobody, nb.C11 提交 2025-11-12	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 541–975（435 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, and 1 mM EDTA, 0.043% CHAPS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out at Argon atmosphere	分辨率 3.06 Å

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UniProt名称	NED4L_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–35； UniProt 386–420

Mothers against decapentaplegic homolog 3

物种未注明

UniProt P84022

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 178–189	片段：residues 178-189 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like × 1 （Q96PU5）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；285 K；离子强度（mmCIF原始值）0.420；压力 ambient NMR样品组成：1 mM NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1 mM [U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2LB2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1MHD CRYSTAL STRUCTURE OF A SMAD MH1 DOMAIN BOUND TO DNA 提交 1998-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–132（132 aa）片段：MH1 DOMAIN, RESIDUES 1 - 144 链 B 1–132（132 aa）片段：MH1 DOMAIN, RESIDUES 1 - 144	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 2.80 Å R-free 0.288
1MJS MH2 domain of transcriptional factor SMAD3 提交 2002-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 229–425（197 aa）片段：MH2 domain, residues 229-425	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.91 Å R-free 0.199
1MK2 SMAD3 SBD complex 提交 2002-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 220–425（206 aa）片段：MH2 domain, residues 220-425	未记录	ACY ACETIC ACID × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.74 Å R-free 0.271
1MK2 SMAD3 SBD complex 提交 2002-08-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 220–425（206 aa）片段：MH2 domain, residues 220-425	未记录	ACY ACETIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.74 Å R-free 0.271
1OZJ Crystal structure of Smad3-MH1 bound to DNA at 2.4 A resolution 提交 2003-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–144（144 aa）片段：DWA DOMAIN 链 B 1–144（144 aa）片段：DWA DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；citrate, PEG2000, ammonium acetate, spermine, magnesium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.270
1U7F Crystal Structure of the phosphorylated Smad3/Smad4 heterotrimeric complex 提交 2004-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 228–424（197 aa）片段：MH2 and Linker domains 链 C 228–424（197 aa）片段：MH2 and Linker domains	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；50 mM Tris-HCl, 0-15 mM magnesium chloride, 5-15% ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.247
2LAJ Third WW domain of human Nedd4L in complex with doubly phosphorylated human smad3 derived peptide 提交 2011-03-16	构建体不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 202–211（10 aa）片段：sequence database residues 202-211	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；285 K；离子强度（mmCIF原始值）0.420；压力 ambient NMR样品组成 1 mM NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5OD6 Crystal structure of Smad3-MH1 bound to the GGCGC site. 提交 2017-07-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 11–135（125 aa）链 B 11–135（125 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M lithium acetate, 20% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
5ODG Crystal structure of Smad3-MH1 bound to the GGCT site. 提交 2017-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 11–135（125 aa）片段：MH1 domain, UNP residues 11-135 链 B 11–135（125 aa）片段：MH1 domain, UNP residues 11-135	未记录	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.02 M sodium potassium phosphate, 0.1 M BisTris propane pH 6.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.12 Å R-free 0.242
5ODG Crystal structure of Smad3-MH1 bound to the GGCT site. 提交 2017-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 11–135（125 aa）片段：MH1 domain, UNP residues 11-135 链 B 11–135（125 aa）片段：MH1 domain, UNP residues 11-135	未记录	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.02 M sodium potassium phosphate, 0.1 M BisTris propane pH 6.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.12 Å R-free 0.242
5XOC Crystal structure of human Smad3-FoxH1 complex 提交 2017-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 220–416（197 aa）片段：UNP residues 220-416	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；0.1 M citrate pH 5.4, 0.8% ethylene imine polymer and 0.5 M NaCl	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
6ZMN Crystal structure of the Smad3-Smad5 MH1 domain chimera bound to the GGCGC site 提交 2020-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 10–136（127 aa）链 B 10–136（127 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium acetate	分辨率 2.33 Å R-free 0.252

共 10 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SMAD3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–12； UniProt 178–189

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2lb2
沉积日期 deposition_date	2011-03-22
结构标题 title	Structure of the second domain of human Nedd4L in complex with a phosphorylated pTPY motif derived from human Smad3
关键词 keywords	Nedd4L, SMAD, CDK, signal transduction, SIGNALING PROTEIN-TRANSCRIPTION complex; SIGNALING PROTEIN/TRANSCRIPTION
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	10.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	10.30 Å
零角强度 I(0) i0	311904000.00
分子量 molecular_weight	138000.0 kDa
排除体积 excluded_volume	167820 Å³
包络体积 envelope_volume	10658 Å³
水化壳体积 shell_volume	8287 Å³
包络直径 envelope_diameter	37.2 Å
壳层 Rg shell_rg	16.70 Å
包络 Rg envelope_rg	11.74 Å
形状 Rg shape_rg	10.20 Å
总 Rg total_rg	10.71 Å
总原子数 total_atoms	18725
残基数 n_residues	1150
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	34.0 Å
Rg (实空间) rg_real	10.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	10.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	311900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8172
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	12.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.152
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.573
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	46210.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.875; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like
分子量 formula_weight	4184.7 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	18725

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	Mothers against decapentaplegic homolog 3
分子量 formula_weight	1341.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

fit	/app/data/saxs_computation/lb/2lb2/2lb2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lb/2lb2/2lb2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lb/2lb2/2lb2.dat

Structure of the second domain of human Nedd4L in complex with a phosphorylated pTPY motif derived from human Smad3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mothers against decapentaplegic homolog 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)