2lqh

NMR structure of FOXO3a transactivation domains (CR2C-CR3) in complex with CBP KIX domain (2b3l conformation)

Method: SOLUTION NMR Dmax: 51.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CREB-binding protein

Mus musculus

UniProt P45481

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 586–672 片段:KIX domain Forkhead box O3 × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6;303 K;离子强度(mmCIF原始值)0.05;压力 ambient NMR样品组成:0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] KIX, 0.6 mM CR2C-CR3, 20 mM MES, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] KIX, 0.6 mM CR2C-CR3, 20 mM MES, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成:0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CR2C-CR3, 0.6 mM KIX, 20 mM MES, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CR2C-CR3, 0.6 mM KIX, 20 mM MES, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CBP_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–87; UniProt 586–672

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2lqh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2lqh
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2lqh
沉积日期 deposition_date2012-03-06
结构标题 titleNMR structure of FOXO3a transactivation domains (CR2C-CR3) in complex with CBP KIX domain (2b3l conformation)
关键词 keywordspromiscuous binding, intrinsic disorder, transcription; TRANSCRIPTION
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.77
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.15
零角强度 I(0) i01516990000.00
分子量 molecular_weight310330.0 kDa
排除体积 excluded_volume380380 ų
包络体积 envelope_volume39171 ų
水化壳体积 shell_volume18344 ų
包络直径 envelope_diameter57.4
壳层 Rg shell_rg24.12
包络 Rg envelope_rg18.04
形状 Rg shape_rg15.13
总 Rg total_rg15.34
总原子数 total_atoms42920
残基数 n_residues2780
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax51.2
Rg (实空间) rg_real15.69
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.28
I(0) (实空间) i0_real1.5170e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6740e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.70
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1517000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8127
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary50.6
偏度 Skewness skewness0.141
峰度 Kurtosis kurtosis-0.355
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha417200.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.854; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2lqha_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.12 — Kix domain of CBP (creb binding protein)
超家族 Superfamily superfamilya.12.1 — Kix domain of CBP (creb binding protein)
家族 Family familya.12.1.1 — Kix domain of CBP (creb binding protein)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2lqhA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Coactivator CBP, KIX domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)