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2m50

Analysis of the structural and molecular basis of voltage-sensitive sodium channel inhibition by the spider toxin, Huwentoxin-IV (-TRTX-Hh2a).

Method: SOLUTION NMR Dmax: 31.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mu-theraphotoxin-Hh2a

Haplopelma schmidti

UniProt P83303

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 53–87 片段：unp residues 53-87 突变：A82K 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.7；298 K；压力 ambient NMR样品组成：2 mM entity, 20 mM sodium phosphate, 150 uM sodium azide, 100 uM [U-99% 2H] EDTA, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2M50 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1MB6 Three dimensional solution structure of huwentoxin-IV by 2D 1H-NMR 提交 2002-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–35（35 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成 5MM HUWENTOXIN-IV MMOL/L PHOSPHATE BUFFER; 90%H2O, 10%D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2M4X Analysis of the structural and molecular basis of voltage-sensitive sodium channel inhibition by the spider toxin, Huwentoxin-IV (-TRTX-Hh2a). 提交 2013-02-11 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 53–87（35 aa） 片段：unp residues 53-87
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.7；25 K；压力 ambient
NMR样品组成 2 mM HWTX-IV, 20 mM sodium phosphate, 150 uM sodium azide, 100 uM EDTA, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2M4Z Analysis of the structural and molecular basis of voltage-sensitive sodium channel inhibition by the spider toxin, Huwentoxin-IV (-TRTX-Hh2a). 提交 2013-02-12 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 53–87（35 aa） 片段：unp residues 53-87
突变：A82W 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.7；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 2 mM entity, 20 mM sodium phosphate, 150 uM sodium azide, 100 uM [U-2H] EDTA, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5T3M Solution structure of a triple mutant of HwTx-IV - a potent blocker of Nav1.7 提交 2016-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 53–87（35 aa） 片段：residues 53-87
突变：E1G,E4G,Y33W 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成 400 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] [m3]-HwTx-IV, 20 mM sodium acetate, 5 % [U-100% 2H] D2O, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
5TLR Solution NMR structure of gHwTx-IV 提交 2016-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 54–87（34 aa） 片段：UNP residues 54-87
突变：E56G, Y58W, F85W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4；298 K；压力 ambient
NMR测量条件 pH 4；298 K；压力 ambient
NMR测量条件 pH 4；283 K；压力 ambient
NMR样品组成 90 % H2O, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 100 % D2O, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
6W6O NaChBac-Nav1.7VSDII chimera and HWTX-IV complex 提交 2020-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 C 53–87（35 aa） 片段：UNP residues 53-87
链 E 53–87（35 aa） 片段：UNP residues 53-87
链 G 53–87（35 aa） 片段：UNP residues 53-87
链 I 53–87（35 aa） 片段：UNP residues 53-87
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 10
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blotted for 5 seconds before plunging
分辨率 3.20 Å
7K48 Structure of NavAb/Nav1.7-VS2A chimera trapped in the resting state by tarantula toxin m3-Huwentoxin-IV 提交 2020-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 53–87（35 aa）
链 F 53–87（35 aa）
链 G 53–87（35 aa）
链 H 53–87（35 aa）
突变：E1G, E4G, Y33W 突变：E1G, E4G, Y33W 突变：E1G, E4G, Y33W 突变：E1G, E4G, Y33W 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5-4.0 seconds before plunging
分辨率 3.60 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TXH4_HAPSC
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–35； UniProt 53–87

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2m50

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2m50
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2m50
沉积日期 deposition_date2013-02-12
结构标题 titleAnalysis of the structural and molecular basis of voltage-sensitive sodium channel inhibition by the spider toxin, Huwentoxin-IV (-TRTX-Hh2a).
关键词 keywordsvenom toxin, toxin; TOXIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier8.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron9.14 Å
零角强度 I(0) i0106689000.00
分子量 molecular_weight80855.0 kDa
排除体积 excluded_volume99028 ų
包络体积 envelope_volume10025 ų
水化壳体积 shell_volume8142 ų
包络直径 envelope_diameter35.8 Å
壳层 Rg shell_rg16.05 Å
包络 Rg envelope_rg11.05 Å
形状 Rg shape_rg9.15 Å
总 Rg total_rg9.33 Å
总原子数 total_atoms10980
残基数 n_residues700
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax31.8 Å
Rg (实空间) rg_real8.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1630e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal8.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal106700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8364
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary10.9 Å
偏度 Skewness skewness0.224
峰度 Kurtosis kurtosis-0.103
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha22590.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.673; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.951; Smooth: 0.902
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2m50a_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.6 — omega toxin-like
家族 Family familyg.3.6.2 — Spider toxins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)