SAXSdb — 2m5i

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BH3-interacting domain death agonist

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 61–195	未记录	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.6；318 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成：0.5 mM [U-15N] tBid in LPPG micelle, 0.8 mM [U-13C; U-15N] tBid in LPPG micelle, 0.8 mM [U-100% 15N; U-80% 2H] tBid in LPPG micelle, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] tBid in LPPG micelle, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2M5I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ZY3 Structural model of complex of Bcl-w protein with Bid BH3-peptide 提交 2005-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 82–101（20 aa）	突变：R203K	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 0.7 mM Bcl-w U-15N,13C, 0.7 mM Bid BH3-peptide, 20 mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM Bcl-w U-15N, 0.7 mM Bid BH3-peptide, 20 mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM Bid BH3-peptide U-15N, 0.7 mM Bcl-w, 20 mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2BID HUMAN PRO-APOPTOTIC PROTEIN BID 提交 1999-01-27	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–195（195 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；压力 1	分辨率未提供
2KBW Solution Structure of human Mcl-1 complexed with human Bid_BH3 peptide 提交 2008-12-09	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 76–106（31 aa）片段：BH3 motif, residues 76-106	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-95% 15N] Mcl-1-1, 0.5 mM Bid_BH3-2, 20 mM HEPES-3, 1 mM DTT-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM Mcl-1-5, 0.5 mM [U-95% 15N] Bid_BH3-6, 20 mM HEPES-7, 1 mM DTT-8, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] Mcl-1-9, 0.5 mM Bid_BH3-10, 20 mM HEPES-11, 1 mM DTT-12, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] Mcl-1-13, 0.5 mM Bid_BH3-14, 20 mM HEPES-15, 1 mM DTT-16, 100 % [U-100% 2H] D2O-17, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.5 mM Mcl-1-18, 0.5 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] Bid_BH3-19, 20 mM HEPES-20, 1 mM DTT-21, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM Mcl-1-22, 0.5 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] Bid_BH3-23, 20 mM HEPES-24, 1 mM DTT-25, 100 % [U-100% 2H] D2O-26, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.4 mM [U-95% 15N] Mcl-1-27, 0.4 mM Bid_BH3-28, 20 mM HEPES-29, 1 mM DTT-30, 6 mg/mL Pf1 phage-31, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM Mcl-1-32, 0.4 mM [U-95% 15N] Bid_BH3-33, 20 mM HEPES-34, 1 mM DTT-35, 8 mg/mL Pf1 phage-36, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4BD2 Bax domain swapped dimer in complex with BidBH3 提交 2012-10-04	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 76–109（34 aa）片段：RESIDUES 76-109	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 1.4 M SODIUM CITRATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 5.75	分辨率 2.21 Å R-free 0.227
4QVE Crystal structure of Bcl-xL in complex with BID BH3 domain 提交 2014-07-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 76–109（34 aa）片段：BID BH3, UNP RESIDUES 76-109	未记录	IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；291 K；2.0M Ammonium Sulphate, 0.2M Lithium Sulphate, 0.1M CAPS pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.224
4ZEQ Crystal Structure of human BFL-1 in complex with tBid BH3 peptide, Northeast Structural Genomics Consortium Target HX9247 提交 2015-04-20	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 125–150（26 aa）片段：UNP Residues 125-150	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；295 K；Sodium Malonate	分辨率 1.80 Å R-free 0.239
4ZIG Crystal Structure of core/latch dimer of Bax in complex with BidBH3mini 提交 2015-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 125–144（20 aa）片段：BH3 motif	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Tri-sodium citrate, Sodium cacodylate	分辨率 2.20 Å R-free 0.229
4ZII Crystal Structure of core/latch dimer of BaxI66A in complex with BidBH3 提交 2015-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 122–155（34 aa）片段：BH3 motif	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Tri-sodium citrate, sodium cacodylate	分辨率 2.19 Å R-free 0.223
5AJJ Crystal structure of variola virus virulence factor F1L in complex with human Bid BH3 domain 提交 2015-02-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 79–112（34 aa）片段：UNP RESIDUES 79-112	未记录	GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.8 M SODIUM ACETATE AND 0.1 M HEPES PH 6.5	分辨率 1.75 Å R-free 0.208
7M5A Crystal Structure of human BAK in complex with W3W5_BID 提交 2021-03-23	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 80–100（21 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.2 M Potassium Sodium tartrate, 20% PEG 3350	分辨率 1.50 Å R-free 0.219
7M5B Crystal Structure of human BAK in complex with M3W5_BID 提交 2021-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 80–100（21 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；293 K；15% PEG 4000 0.2 M NaCl 0.1 MES 6.5	分辨率 1.85 Å R-free 0.205
7M5B Crystal Structure of human BAK in complex with M3W5_BID 提交 2021-03-23	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 80–100（21 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；293 K；15% PEG 4000 0.2 M NaCl 0.1 MES 6.5	分辨率 1.85 Å R-free 0.205
7P33 Epstein-Barr virus encoded Bcl-2 homolog BHRF-1 in complex with Bid BH3 peptide 提交 2021-07-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 76–109（34 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4M Ammonium phosphate mono basic	分辨率 2.79 Å R-free 0.274
7P33 Epstein-Barr virus encoded Bcl-2 homolog BHRF-1 in complex with Bid BH3 peptide 提交 2021-07-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 76–109（34 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4M Ammonium phosphate mono basic	分辨率 2.79 Å R-free 0.274
7P33 Epstein-Barr virus encoded Bcl-2 homolog BHRF-1 in complex with Bid BH3 peptide 提交 2021-07-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 76–109（34 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4M Ammonium phosphate mono basic	分辨率 2.79 Å R-free 0.274
7P33 Epstein-Barr virus encoded Bcl-2 homolog BHRF-1 in complex with Bid BH3 peptide 提交 2021-07-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 76–109（34 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4M Ammonium phosphate mono basic	分辨率 2.79 Å R-free 0.274
7P33 Epstein-Barr virus encoded Bcl-2 homolog BHRF-1 in complex with Bid BH3 peptide 提交 2021-07-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 76–109（34 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4M Ammonium phosphate mono basic	分辨率 2.79 Å R-free 0.274
7QTW Kaposi sarcoma associated herpes virus(KSHV) encoded apoptosis inhibitor, KsBcl-2 in complex with Bid BH3 提交 2022-01-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 76–109（34 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1 M Sodium acetate pH 4.6 8% PEG 4000	分辨率 1.41 Å R-free 0.215

共 13 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BID_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–135； UniProt 61–195

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2m5i
沉积日期 deposition_date	2013-02-25
结构标题 title	NMR structures of human apoptotic protein tBid in LPPG micelle
关键词 keywords	tBid, apoptosis, membrane protein, LPPG micelle; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.41 Å
零角强度 I(0) i0	1471420000.00
分子量 molecular_weight	304450.0 kDa
排除体积 excluded_volume	375010 Å³
包络体积 envelope_volume	113880 Å³
水化壳体积 shell_volume	32320 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.3 Å
壳层 Rg shell_rg	36.08 Å
包络 Rg envelope_rg	29.97 Å
形状 Rg shape_rg	29.40 Å
总 Rg total_rg	29.58 Å
总原子数 total_atoms	43000
残基数 n_residues	2700
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.2 Å
Rg (实空间) rg_real	29.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4710e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2410e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1471000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7049
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.171
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.584
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	344000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.884; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.218; Positv: 1.000; Valcen: 0.929; Smooth: 0.925

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	BH3-interacting domain death agonist
分子量 formula_weight	15243.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	43000

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/m5/2m5i/2m5i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m5/2m5i/2m5i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m5/2m5i/2m5i.dat

NMR structures of human apoptotic protein tBid in LPPG micelle

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BH3-interacting domain death agonist

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)