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2mpt

WW3 domain of Nedd4L in complex with its HECT domain PY motif

Method: SOLUTION NMR Dmax: 38.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like

Homo sapiens

UniProt Q96PU5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 496–539 链 B； UniProt 945–957 片段：WW3 domain, UNP RESIDUES 496-539 片段：HECT domain PY motif, UNP RESIDUES 945-957 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；压力 ambient NMR样品组成：0.7 mM WW3-1, 1.4 mM HECT_PY-2, 150 mM sodium chloride-3, 20 mM sodium phosphate-4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1 mM [U-100% 15N] WW3-5, 2 mM HECT_PY-6, 150 mM sodium chloride-7, 20 mM sodium phosphate-8, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] WW3-9, 1.6 mM HECT_PY-10, 150 mM sodium chloride-11, 20 mM sodium phosphate-12, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2MPT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2LAJ Third WW domain of human Nedd4L in complex with doubly phosphorylated human smad3 derived peptide 提交 2011-03-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 496–535（40 aa） 片段：WW 3 domain residues 496-535
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；285 K；离子强度（mmCIF原始值）0.420；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2LB2 Structure of the second domain of human Nedd4L in complex with a phosphorylated pTPY motif derived from human Smad3 提交 2011-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 386–420（35 aa） 片段：residues 386-420
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；285 K；离子强度（mmCIF原始值）0.420；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2LTY NEDD4L WW2 domain in complex with a Smad7 derived peptide 提交 2012-06-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 385–417（33 aa） 片段：WW2 domain (UNP residues 385-417)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.2；285 K；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM NEDD4LWW2, 2 mM SMAD7, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NEDD4LWW2, 3 mM SMAD7, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2NSQ Crystal structure of the C2 domain of the human E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like protein 提交 2006-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–154（154 aa） 片段：C2 Domain
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；14% PEG 4000, 0.2 M NaOAc, pH 6.5, 1 mM DTT. 20% Ethylene glycol added as cryoprotectant, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 6.50
分辨率 1.85 Å R-free 0.218
2ONI Catalytic Domain of the Human NEDD4-like E3 Ligase 提交 2007-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 594–967（374 aa） 片段：Hect Domain (ubiquitin transferase)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；THE PROTEIN WAS DISSOLVED AT 10 mg/mL IN 10 mM TRIS-HCL, PH 8.0, 100 mM NaCl, 2% GLYCEROL AND 1 mM DTT. CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS BY MIXING 2 MICROL PROTEIN SOLUTION WITH 2 MICROL WELL SOLUTION (1.7 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, PH 6.0, 1 mM DTT) AT TEMPERATURE 294.0K. FOR CRYOPROTECTION, THE CRYSTALS WERE SOAKED IN 2 M SODIUM-POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.0, 1 mM DTT, 25% ETHYLENE GLYCOL AND 2 mG/mL SEMETNEDD4L.574.947.
分辨率 2.20 Å R-free 0.259
2ONI Catalytic Domain of the Human NEDD4-like E3 Ligase 提交 2007-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 594–967（374 aa） 片段：Hect Domain (ubiquitin transferase)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；THE PROTEIN WAS DISSOLVED AT 10 mg/mL IN 10 mM TRIS-HCL, PH 8.0, 100 mM NaCl, 2% GLYCEROL AND 1 mM DTT. CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS BY MIXING 2 MICROL PROTEIN SOLUTION WITH 2 MICROL WELL SOLUTION (1.7 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, PH 6.0, 1 mM DTT) AT TEMPERATURE 294.0K. FOR CRYOPROTECTION, THE CRYSTALS WERE SOAKED IN 2 M SODIUM-POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.0, 1 mM DTT, 25% ETHYLENE GLYCOL AND 2 mG/mL SEMETNEDD4L.574.947.
分辨率 2.20 Å R-free 0.259
2ONI Catalytic Domain of the Human NEDD4-like E3 Ligase 提交 2007-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 594–967（374 aa） 片段：Hect Domain (ubiquitin transferase)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；THE PROTEIN WAS DISSOLVED AT 10 mg/mL IN 10 mM TRIS-HCL, PH 8.0, 100 mM NaCl, 2% GLYCEROL AND 1 mM DTT. CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS BY MIXING 2 MICROL PROTEIN SOLUTION WITH 2 MICROL WELL SOLUTION (1.7 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, PH 6.0, 1 mM DTT) AT TEMPERATURE 294.0K. FOR CRYOPROTECTION, THE CRYSTALS WERE SOAKED IN 2 M SODIUM-POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.0, 1 mM DTT, 25% ETHYLENE GLYCOL AND 2 mG/mL SEMETNEDD4L.574.947.
分辨率 2.20 Å R-free 0.259
3JVZ E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 596–975（380 aa） 片段：HECT domain
突变：576-949, C922A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.1-5.2, 2.4-2.5 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.30 Å R-free 0.267
3JVZ E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 596–975（380 aa） 片段：HECT domain
突变：576-949, C922A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.1-5.2, 2.4-2.5 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.30 Å R-free 0.267
3JW0 E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 596–975（380 aa） 片段：NEDD4L HECT DOMAIN (UNP 576-955)
突变：UBIQUITIN G76 ESTER-LINKED TO UBCH5B TO S85 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, 2.4M sodium chloride, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.10 Å R-free 0.287
3JW0 E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 596–975（380 aa） 片段：NEDD4L HECT DOMAIN (UNP 576-955)
突变：UBIQUITIN G76 ESTER-LINKED TO UBCH5B TO S85 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, 2.4M sodium chloride, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.10 Å R-free 0.287
5HPK System-wide modulation of HECT E3 ligases with selective ubiquitin variant probes: NEDD4L and UbV NL.1 提交 2016-01-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 594–975（382 aa） 片段：HECT domain (UNP residues 594-975)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Sodium cacodylate, NaCl, PEG 8000, 1-butanol
分辨率 2.43 Å R-free 0.227
6ZBT Structure of 14-3-3 gamma in complex with Nedd4-2 14-3-3 binding motif Ser342 提交 2020-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 338–347（10 aa）
链 G 338–347（10 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CFH 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol
分辨率 1.80 Å R-free 0.241
6ZBT Structure of 14-3-3 gamma in complex with Nedd4-2 14-3-3 binding motif Ser342 提交 2020-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 338–347（10 aa）
链 H 338–347（10 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CFH 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol
分辨率 1.80 Å R-free 0.241
6ZC9 Structure of 14-3-3 gamma in complex with Nedd4-2 14-3-3 binding motif Ser448 提交 2020-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 444–453（10 aa）
链 G 444–453（10 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol
分辨率 1.90 Å R-free 0.239
6ZC9 Structure of 14-3-3 gamma in complex with Nedd4-2 14-3-3 binding motif Ser448 提交 2020-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 444–453（10 aa）
链 H 444–453（10 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CFH 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol
分辨率 1.90 Å R-free 0.239
7LP1 Structure of Nedd4L WW3 domain 提交 2021-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 494–532（39 aa） 片段：WW 3 domain, residues 494-532
未记录 NO3 NITRATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293.15 K；3.6M ammonium nitrate, 5% glycerol, and 0.1M sodium acetate at pH 4.6
分辨率 1.35 Å R-free 0.213
7LP3 Structure of Nedd4L WW3 domain 提交 2021-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 193–226（34 aa） 片段：WW 1 domain, residues 193-226
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；310 K；1.6M (NH4)2SO4, 0.1M Potassium Sodium Tartrate, 5% glycerol, 0.1M Sodium Acetate
分辨率 1.61 Å R-free 0.210
7LP3 Structure of Nedd4L WW3 domain 提交 2021-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 193–226（34 aa） 片段：WW 1 domain, residues 193-226
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；310 K；1.6M (NH4)2SO4, 0.1M Potassium Sodium Tartrate, 5% glycerol, 0.1M Sodium Acetate
分辨率 1.61 Å R-free 0.210
7LP4 Structure of Nedd4L WW3 domain 提交 2021-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 493–539（47 aa） 片段：WW 3 domain, residues 493-539
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
7LP5 Structure of Nedd4L WW3 domain 提交 2021-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 493–539（47 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Angiomotin,E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like fusion, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] Angiomotin,E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like fusion, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
7NMZ Structure of 14-3-3 eta in complex with Nedd4-2(335-455) containing two 14-3-3 binding motifs Ser342 and Ser448 提交 2021-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 335–455（121 aa）
突变：T367A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03M of each NPS (sodium nitrate, sodium phosphate dibasic, ammonium sulfate), 0.1Mbicine/Trizma base pH 8.5, 30% sacharose
分辨率 2.30 Å R-free 0.235
9GIK Full-lenght Nedd4-2 E3 ubiquitin ligase 提交 2024-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–955（955 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 130 mM KCl, 20 mM NaCl, 1 mM EDTA, 1 mM TCEP, 3mM CHAPSO
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
9GIM Full-lenght Nedd4-2 E3 ubiquitin ligase in presence of Ca2+ 提交 2024-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–955（955 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 130 mM KCl, 20 mM NaCl, 1 mM TCEP, 1mM CaCl2, 3mM CHAPSO
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.11 Å
9Z5Q HECT domain of NEDD4-2 complex with a targeted nanobody, nb.C11 提交 2025-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 541–975（435 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, and 1 mM EDTA, 0.043% CHAPS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out at Argon atmosphere
分辨率 3.06 Å

共 18 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NED4L_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–48； UniProt 496–539 作者链 B； PDB构建体 1–13； UniProt 945–957

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2mpt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2mpt
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2mpt
沉积日期 deposition_date2014-06-02
结构标题 titleWW3 domain of Nedd4L in complex with its HECT domain PY motif
关键词 keywordsWW, Nedd4L, Nedd4.2, HECT, PY, WW3, Auto-ubiquitination, Proteasomal degradation, Ubiquitin ligase, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier10.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron10.36 Å
零角强度 I(0) i0159064000.00
分子量 molecular_weight108300.0 kDa
排除体积 excluded_volume135900 ų
包络体积 envelope_volume13870 ų
水化壳体积 shell_volume9757 ų
包络直径 envelope_diameter41.7 Å
壳层 Rg shell_rg17.83 Å
包络 Rg envelope_rg12.75 Å
形状 Rg shape_rg10.32 Å
总 Rg total_rg10.74 Å
总原子数 total_atoms14980
残基数 n_residues900
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax38.4 Å
Rg (实空间) rg_real10.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5910e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1170e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal10.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal159100000.0000
解质量估计 total_estimate0.7757
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary13.6 Å
偏度 Skewness skewness0.128
峰度 Kurtosis kurtosis-0.173
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha59280.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.376; Stabil: 0.992; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.981
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)