SAXSdb — 2n73

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Golgi resident protein GCP60

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 241–308	片段：UNP residues 241-308	Phosphatidylinositol 4-kinase beta × 1 （A0A0B4J1S8）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成：0.47 mM [U-13C; U-15N] protein_1, 0.47 mM [U-13C; U-15N] protein_2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2N73	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2N72 Solution structure of the Q domain from ACBD3 提交 2015-09-02	聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 241–308（68 aa）片段：UNP residues 241-308	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 0.28 mM [U-13C; U-15N] protein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5LZ1 Crystal structure of human ACBD3 GOLD domain 提交 2016-09-29	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 364–528（165 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100mM Tris pH 8.8, 25% w/v PEG 3.350, 20% glycerol, 20mM 2-propanol/1,2 -propanediol/1,3-propanediol/1-butanol/1,4-butanediol/1,6-hexanediol	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
5LZ3 Crystal structure of human ACBD3 GOLD domain in complex with 3A protein of Aichivirus A 提交 2016-09-29	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 364–528（165 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100mM MOPS/HEPES pH 7.5, 12.5% w/v PEG 1.000, 12.5% w/v PEG 3.350, 12.5% v/v MPD, 20mM D-glucose/D-mannose/D-galactose/L-fucose/D-xylose/N-acetyl-D-glucosamine	分辨率 3.00 Å R-free 0.248
5LZ6 Crystal structure of human ACBD3 GOLD domain in complex with 3A protein of Aichivirus B 提交 2016-09-29	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 364–528（165 aa）	未记录	BGC beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100mM MOPSO/Bis-Tris pH 6.5, 15% w/v PEG 3.000, 1% w/v DDAO, 10% 1,4-butanediol, 10% w/v glucose, 20mM L-arginine/L-threonine/L-histidine/betaine, 10mM trans-4-hydroxy-L-proline	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
5TDQ Crystal Structure of the GOLD domain of ACBD3 提交 2016-09-19	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 367–528（162 aa）片段：GOLD domain, UNP residues 367-528	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；13% PEG 4000, 200 mM Ammonium Sulfate, 100 mM HEPES, 10% 2-propanol, 10% glycerol	分辨率 2.49 Å R-free 0.262
6HLN Crystal structure of human ACBD3 GOLD domain in complex with 3A protein of enterovirus-D68 提交 2018-09-11	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 364–528（165 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% w/v PEG 8000, 6% v/v 1,5-pentanediol, 14% v/v PEG 200, 10 mM spermine, 10 mM spermidine, 10 mM DL-ornithine, 10 mM 1,4-diaminobutane, 300 mM NaCl, 100 mM GlyGly/AMPD pH 8.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.251
6HLT Crystal structure of human ACBD3 GOLD domain in complex with 3A protein of rhinovirus-14 (HRV14) 提交 2018-09-11	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 364–528（165 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 100 mM bicine/Tris pH 8.5	分辨率 2.81 Å R-free 0.239
6HLT Crystal structure of human ACBD3 GOLD domain in complex with 3A protein of rhinovirus-14 (HRV14) 提交 2018-09-11	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 364–528（165 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 100 mM bicine/Tris pH 8.5	分辨率 2.81 Å R-free 0.239
6HLV Crystal structure of human ACBD3 GOLD domain in complex with 3A protein of poliovirus-1 (L24A mutant) 提交 2018-09-11	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 364–528（165 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；12,5% w/v PEG 4000, 20% v/v 1,2,6-hexanetriol, 4% v/v tert-butanol, 1 mM rubidium chloride, 1 mM strontium chloride, 1 mM cesium acetate, 1 mM barium acetate, 100 mM GlyGly/AMPD pH 8.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.241
6HLW Crystal structure of human ACBD3 GOLD domain in complex with 3A protein of enterovirus-A71 (fusion protein) 提交 2018-09-11	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 364–528（165 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；5% w/v PEG 20.000, 25% v/v 1,1,1-tris(hydroxymethyl)propane, 1% w/v NDSB 201, 0.5 mM MgCl2, 0.5mM CoCl2, 0.5 mM NiCl2, 0.5 mM ZnCl2, 100 mM BES/TEA pH 7.5	分辨率 2.73 Å R-free 0.256
6HLW Crystal structure of human ACBD3 GOLD domain in complex with 3A protein of enterovirus-A71 (fusion protein) 提交 2018-09-11	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 364–528（165 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；5% w/v PEG 20.000, 25% v/v 1,1,1-tris(hydroxymethyl)propane, 1% w/v NDSB 201, 0.5 mM MgCl2, 0.5mM CoCl2, 0.5 mM NiCl2, 0.5 mM ZnCl2, 100 mM BES/TEA pH 7.5	分辨率 2.73 Å R-free 0.256
6HM8 Crystal structure of human ACBD3 GOLD domain in complex with 3A protein of enterovirus-D68 (fusion protein) 提交 2018-09-12	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 364–528（165 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% w/v PEG 8000, 6% v/v 1,5-pentanediol, 14% v/v PEG 200, 10 mM spermine, 10 mM spermidine, 10 mM DL-ornithine, 10 mM 1,4-diaminobutane, 200 mM NaCl, 100 mM GlyGly/AMPD pH 8.5	分辨率 2.28 Å R-free 0.233
6HMV Crystal structure of human ACBD3 GOLD domain in complex with 3A protein of enterovirus-D68 (fusion protein, LVVY mutant) 提交 2018-09-13	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 364–528（165 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 100 mM bicine/Tris pH 8.5	分辨率 2.24 Å R-free 0.265

共 11 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GCP60_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–69； UniProt 241–308

Phosphatidylinositol 4-kinase beta

Homo sapiens

UniProt A0A0B4J1S8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 5–80	片段：UNP residues 5-80	Golgi resident protein GCP60 × 1 （Q9H3P7）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成：0.47 mM [U-13C; U-15N] protein_1, 0.47 mM [U-13C; U-15N] protein_2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2N73	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5LX2 Lt 14-3-3 in complex with PI4KIIIB peptide 提交 2016-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 304–309（6 aa）片段：UNP residues 304-309	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；MES, PEG 8000, ethylene glycol	分辨率 2.58 Å R-free 0.263
8Q6F HUMAN PI4KIIIB IN COMPLEX WITH COVALENTLY BOUND INHIBITOR (COMPOUND 4) 提交 2023-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 531–828（298 aa）	突变：R409Q,R412Q	KHR 3-(3-fluorosulfonyloxy-4-methoxy-phenyl)-2,5-dimethyl-7-(pyridin-4-ylmethylamino)pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Sodium Formate	分辨率 1.51 Å R-free 0.224
8Q6G HUMAN PI4KIIIB IN COMPLEX WITH COVALENTLY BOUND INHIBITOR (COMPOUND 8) 提交 2023-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 531–828（298 aa）	突变：R409Q,R412Q	KIH 3-(3,4-dimethoxyphenyl)-7-[(4-fluorosulfonyloxyphenyl)methylamino]-2,5-dimethyl-pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Sodium Formate	分辨率 1.54 Å R-free 0.221
8Q6H HUMAN PI4KIIIB IN COMPLEX WITH COVALENTLY BOUND INHIBITOR (COMPOUND 11) 提交 2023-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 531–828（298 aa）	突变：R409Q,R412Q	MG MAGNESIUM ION × 1 KI7 3-(3-fluorosulfonyloxy-4-methoxy-phenyl)-7-[(4-fluorosulfonyloxyphenyl)methylamino]-2,5-dimethyl-pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Sodium Formate	分辨率 1.94 Å R-free 0.237

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0B4J1S8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–80； UniProt 5–80

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2n73
沉积日期 deposition_date	2015-09-02
结构标题 title	Solution structure of the ACBD3:PI4KB complex
关键词 keywords	kinase, TRANSFERASE-TRANSFERASE REGULATOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE REGULATOR
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.85 Å
零角强度 I(0) i0	7816160000.00
分子量 molecular_weight	733030.0 kDa
排除体积 excluded_volume	911190 Å³
包络体积 envelope_volume	547030 Å³
水化壳体积 shell_volume	85333 Å³
包络直径 envelope_diameter	168.5 Å
壳层 Rg shell_rg	55.60 Å
包络 Rg envelope_rg	52.78 Å
形状 Rg shape_rg	32.79 Å
总 Rg total_rg	33.40 Å
总原子数 total_atoms	102735
残基数 n_residues	6705
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.6 Å
Rg (实空间) rg_real	22.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.1780e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.6810e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7813000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5620
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.359
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.822
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	8.5470
最高正则化参数 α highest_alpha	223700.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.967; Stabil: 0.908; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.678; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Golgi resident protein GCP60
分子量 formula_weight	8293.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	102735

MQQKQQIMAALNSQTAVQFQQYAAQQYPGNYEQQQILIRQLQEQHYQQYMQQLYQVQLAQQQAALQKQQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Phosphatidylinositol 4-kinase beta
分子量 formula_weight	8010.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GAMVEARSLAVAMGDTVVEPAPLKPTSEPTSGPPGNNGGSLLSVITEGVGELSVIDPEVAQKACQEVLEKVKLLHGGVAV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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8. 引用文献 (1)

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fit	/app/data/saxs_computation/n7/2n73/2n73.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n7/2n73/2n73.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n7/2n73/2n73.dat

Solution structure of the ACBD3:PI4KB complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Golgi resident protein GCP60

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phosphatidylinositol 4-kinase beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)