SAXSdb — 2nsq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	1,2-ETHANEDIOL × 1 GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NED4L_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–155； UniProt 1–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2nsq
沉积日期 deposition_date	2006-11-06
结构标题 title	Crystal structure of the C2 domain of the human E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like protein
关键词 keywords	LIGASE, UBL-CONJUGATION PATHWAY, C2 DOMAIN, STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM, SGC; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2nsq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2nsq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2nsq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.78 Å
Rg（电子密度）	15.31 Å
总 Rg	16.53 Å
原子数	1149
残基数	140
排除体积	20536 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2nsq__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like protein
分子量 formula_weight	17935.6 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1275

GMATGLGEPVYGLSEDEGESRILRVKVVSGIDLAKKDIFGASDPYVKLSLYVADENRELALVQTKTIKKTLNPKWNEEFYFRVNPSNHRLLFEVFDENRLTRDDFLGQVDVPLSHLPTEDPTMERPYTFKDFLLRPRSHKSRVKGFLRLKMAYMP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	111

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2nsqa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family family	b.7.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2nsqA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — C2 domain

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7. 引用文献 (6)

The C2 domain of the human E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like protein

To be Published

PRIMARY

;14-3-3 proteins modulate the expression of epithelial Na+ channels by phosphorylation-dependent interaction with Nedd4-2 ubiquitin ligase ;

J.Biol.Chem. (2005)

PMID: 15677482 · DOI: 10.1074/jbc.M412884200

Serum and glucocorticoid-regulated kinase modulates Nedd4-2-mediated inhibition of the epithelial Na+ channel

J.Biol.Chem. (2002)

PMID: 11696533 · DOI: 10.1074/jbc.C100623200

N4WBP5, a potential target for ubiquitination by the Nedd4 family of proteins, is a novel Golgi-associated protein

J.Biol.Chem. (2002)

PMID: 11748237 · DOI: 10.1074/jbc.M110443200

NEDD4L on human chromosome 18q21 has multiple forms of transcripts and is a homologue of the mouse Nedd4-2 gene

Eur.J.Hum.Genet. (2001)

PMID: 11840194 · DOI: 10.1038/sj.ejhg.5200747

;Latent membrane protein 2A of Epstein-Barr virus binds WW domain E3 protein-ubiquitin ligases that ubiquitinate B-cell tyrosine kinases ;

Mol.Cell.Biol. (2000)

PMID: 11046148 · DOI: 10.1128/MCB.20.22.8526-8535.2000

晶胞边长 a length_a	32.930 Å
晶胞边长 b length_b	60.036 Å
晶胞边长 c length_c	74.510 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	27.840 Å
R 因子 r_factor	0.1740
R_work r_work	0.1710
R_free r_free	0.2180

Crystal structure of the C2 domain of the human E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2nsq__assembly_1__model_1

2nsq__assembly_1__model_1 | I(q)

2nsq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (6)

Crystal structure of the C2 domain of the human E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2nsq__assembly_1__model_1

2nsq__assembly_1__model_1 | I(q)

2nsq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (6)