2o7o

Crystal structure analysis of TetR(D) complex with doxycycline

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 70.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tetracycline repressor protein class D

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–207	片段：residues 2-208 突变：A2S	MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4 DXT (4S,4AR,5S,5AR,6R,12AS)-4-(DIMETHYLAMINO)-3,5,10,12,12A-PENTAHYDROXY-6-METHYL-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2-CARBOXAMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；1.1M AMMONIUM SULPHATE, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.89 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2O7O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A6I TET REPRESSOR, CLASS D VARIANT 提交 1998-02-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–217（216 aa）	突变：A2S, N5D, R6K, E7S, S8K, D11N, A12S, T20V, D23E, I36V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.275
1BJZ TETRACYCLINE CHELATED MG2+-ION INITIATES HELIX UNWINDING FOR TET REPRESSOR INDUCTION 提交 1998-06-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–207（206 aa）	突变：A2S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.20 Å R-free 0.296
1ORK TET REPRESSOR, CLASS D IN COMPLEX WITH 9-(N,N-DIMETHYLGLYCYLAMIDO)-6-DEMETHYL-6-DEOXY-TETRACYCLINE 提交 1998-05-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–207（206 aa）	突变：S2A	MG MAGNESIUM ION × 2 ATC 9-(N,N-DIMETHYLGLYCYLAMIDO)-6-DEOXY-6-DEMETHYL-TETRACYCLINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.275
1QPI CRYSTAL STRUCTURE OF TETRACYCLINE REPRESSOR/OPERATOR COMPLEX 提交 1999-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 3–205（203 aa）	未记录	IMD IMIDAZOLE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.00	分辨率 2.50 Å R-free 0.307
2FJ1 Crystal Structure Analysis of Tet Repressor (class D) in Complex with 7-Chlortetracycline-Nickel(II) 提交 2005-12-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–208（207 aa）片段：residues 2-208	突变：A2S	NI NICKEL (II) ION × 2 CL CHLORIDE ION × 6 CTC 7-CHLOROTETRACYCLINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；1.58 M Ammonium sulphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.20 Å R-free 0.215
2NS7 How an in vitro selected peptide mimics the antibiotic tetracycline to induce TET repressor 提交 2006-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 188–208（21 aa）链 B 188–208（21 aa）	突变：C68S, C88N, C121T, C144S 突变：C68S, C88N, C121T, C144S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；1.4M ammonium sulfate, 0.1M sodium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.40 Å R-free 0.277
2NS7 How an in vitro selected peptide mimics the antibiotic tetracycline to induce TET repressor 提交 2006-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 188–208（21 aa）链 D 188–208（21 aa）	突变：C68S, C88N, C121T, C144S 突变：C68S, C88N, C121T, C144S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；1.4M ammonium sulfate, 0.1M sodium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.40 Å R-free 0.277
2NS8 How an in vitro selected peptide mimics the antibiotic tetracycline to induce TET repressor 提交 2006-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 188–208（21 aa）链 B 188–208（21 aa）	突变：C68S, C88N, C121T, C144S 突变：C68S, C88N, C121T, C144S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；292 K；4M sodium formate, 0.1M Tris-HCl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.55 Å R-free 0.270
2NS8 How an in vitro selected peptide mimics the antibiotic tetracycline to induce TET repressor 提交 2006-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 188–208（21 aa）链 D 188–208（21 aa）	突变：C68S, C88N, C121T, C144S 突变：C68S, C88N, C121T, C144S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；292 K；4M sodium formate, 0.1M Tris-HCl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.55 Å R-free 0.270
2NS8 How an in vitro selected peptide mimics the antibiotic tetracycline to induce TET repressor 提交 2006-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 188–208（21 aa）链 B 188–208（21 aa）链 C 188–208（21 aa）链 D 188–208（21 aa）	突变：C68S, C88N, C121T, C144S 突变：C68S, C88N, C121T, C144S 突变：C68S, C88N, C121T, C144S 突变：C68S, C88N, C121T, C144S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；292 K；4M sodium formate, 0.1M Tris-HCl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.55 Å R-free 0.270
2TCT THE COMPLEX FORMED BETWEEN TET REPRESSOR AND TETRACYCLINE-MG2+ REVEALS MECHANISM OF ANTIBIOTIC RESISTANCE 提交 1995-03-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–207（207 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 CTC 7-CHLOROTETRACYCLINE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
2TRT TETRACYCLINE REPRESSOR CLASS D 提交 1994-03-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 TAC TETRACYCLINE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
2VKE Tet repressor class D complexed with cobalt and tetracycline 提交 2007-12-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–208（207 aa）片段：RESIDUES 2-208	未记录	TAC TETRACYCLINE × 2 CO COBALT (II) ION × 2 CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION WITH 2 UL (18 MG/ML PROTEIN) AND 2 UL (0.8 M AS, 50 MM TRIS/CL PH 7.5, 200 MM NACL, 5 MM COCL2). CRYSTAL WAS CRYOCOOLED WITH PARAFFIN OIL AS CRYOPROTECTANT. CRYSTAL SIZE WAS 0.6 X 0.6 X 0.2 MM	分辨率 1.62 Å R-free 0.297
2VKV TetR (BD) variant L17G with reverse phenotype 提交 2008-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 51–208（158 aa）片段：RESIDUES 1-50,51-208	突变：YES	TDC 5A,6-ANHYDROTETRACYCLINE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.7；277 K；0.1 M TRIS-HCL (PH 8.7), 0.3 M MGCL2, 20 % PEG 4000, 3 % DIOXANE, AT 277 K	分辨率 1.74 Å R-free 0.225
2X6O Tet Repressor class D in complex with 7-chlor-2-cyano-iso- tetracycline 提交 2010-02-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–208（206 aa）片段：DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 3-208	未记录	2TC (4S,4AS,6S,8AS)-6-[(1S)-7-CHLORO-4-HYDROXY-1-METHYL-3-OXO-1,3-DIHYDRO-2-BENZOFURAN-1-YL]-4-(DIMETHYLAMINO)-3,8A-DIHYDROXY-1,8-DIOXO-1,4,4A,5,6,7,8,8A-OCTAHYDRONAPHTHALENE-2-CARBONITRILE × 2 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；50 MM TRIS/HCL PH 9.5, 750 MM (NH4)2SO4, 70 MM NACL, 1 MM EDTA	分辨率 2.30 Å R-free 0.269
2X9D Tet repressor (class D) in complex with iso-7-chlortetracycline 提交 2010-03-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–208（207 aa）片段：RESIDUES 2-208	突变：YES	ITC ISO-7-CHLORTETRACYCLINE × 2 CL CHLORIDE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；0.002ML PROTEIN/COMPLEX (0.050 ML TETR(D) (C = 17.3 MG/ML)50 ML 2MM ISO-CLTC) PLUS ML BUFFER (50 MM TRIS PH 8, 1.1 M (NH4)2SO4, 100 MM NACL, 10 MM MGCL2) HANGING DROP AGAINST 0.5 ML BUFFER	分辨率 2.34 Å R-free 0.280
2XB5 Tet repressor (class D) in complex with 7-Iodotetracycline 提交 2010-04-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–208（207 aa）片段：RESIDUES 2-208	未记录	I7T 7-IODOTETRACYCLINE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；10MICROL PROTEIN (0.2MM TETR, 1MM IODOTC, 5MM MGCL2), 5MICROL RESERVOIR (35% AMMONIUM SULPHATE, TRIS-HCL PH 7.2) VAPOUR DIFFUSSION HANGING DROP	分辨率 2.50 Å R-free 0.230
2XGC Crystal structure of a designed heterodimeric variant T-A(I)B of the tetracycline repressor 提交 2010-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 51–208（158 aa）片段：RESIDUES 1-50,51-208	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.15 Å R-free 0.271
2XGC Crystal structure of a designed heterodimeric variant T-A(I)B of the tetracycline repressor 提交 2010-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 51–208（158 aa）片段：RESIDUES 1-50,51-208	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.15 Å R-free 0.271
2XGD Crystal structure of a designed homodimeric variant T-A(L)A(L) of the tetracycline repressor 提交 2010-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 51–208（158 aa）片段：RESIDUES 1-50,51-208	突变：YES	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.25 Å R-free 0.259
2XGE Crystal structure of a designed heterodimeric variant T-A(A)B of the tetracycline repressor 提交 2010-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 51–208（158 aa）片段：RESIDUES 1-50,51-208	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.14 Å R-free 0.260
2XGE Crystal structure of a designed heterodimeric variant T-A(A)B of the tetracycline repressor 提交 2010-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 51–208（158 aa）片段：RESIDUES 1-50,51-208	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.14 Å R-free 0.260
2XPU TetR(D) in complex with anhydrotetracycline. 提交 2010-08-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–208（207 aa）片段：RESIDUES 2-208	未记录	TDC 5A,6-ANHYDROTETRACYCLINE × 2 CL CHLORIDE ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 50 MM MES PH 6.5, 1.1 M (NH4)2SO4, 100 MM NACL, 1 MM EDTA	分辨率 1.55 Å R-free 0.272
2XPU TetR(D) in complex with anhydrotetracycline. 提交 2010-08-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–208（207 aa）片段：RESIDUES 2-208	未记录	TDC 5A,6-ANHYDROTETRACYCLINE × 2 CL CHLORIDE ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 50 MM MES PH 6.5, 1.1 M (NH4)2SO4, 100 MM NACL, 1 MM EDTA	分辨率 1.55 Å R-free 0.272
2XPV TetR(D) in complex with minocycline and magnesium. 提交 2010-08-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–208（207 aa）片段：RESIDUES 2-208	未记录	MIY (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；12% PEG 6000, 2.0 M NACL, pH 8	分辨率 1.49 Å R-free 0.201
2XPW TetR(D) in complex with oxytetracycline and magnesium. 提交 2010-08-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–208（207 aa）片段：RESIDUES 2-208	未记录	OTC OXYTETRACYCLINE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 6 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.45 M NA-MALONATE, 0.45 M NA-SUCCINATE, 0.1 M NA-CACODYLATE PH 5.55	分辨率 1.44 Å R-free 0.205
2XRL Tet-repressor class D T103A with doxycycline 提交 2010-09-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–208（206 aa）片段：RESIDUES 2-208	突变：YES	CL CHLORIDE ION × 4 DXT (4S,4AR,5S,5AR,6R,12AS)-4-(DIMETHYLAMINO)-3,5,10,12,12A-PENTAHYDROXY-6-METHYL-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2-CARBOXAMIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION WITH 2 UL (14 MG/ML PROTEIN) AND 2 UL (0.6 M NACL, 15 % PEG 4000, 0.1 M MES PH 6.5). CRYSTAL WAS CRYOCOOLED WITH PARAFFIN OIL AS CRYOPROTECTANT.	分辨率 1.85 Å R-free 0.279
3FK6 Crystal structure of TetR triple mutant (H64K, S135L, S138I) 提交 2008-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 51–208（158 aa）片段：DNA-binding domain (residues 1-50) and the effector-binding domain (residues 51-208) 链 B 51–208（158 aa）片段：DNA-binding domain (residues 1-50) and the effector-binding domain (residues 51-208)	突变：H64K, S135L, S138I 突变：H64K, S135L, S138I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；1M dipotassium hydrogen phosphate, 200mM sodium chloride, 50mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.10 Å R-free 0.262
3FK7 Crystal structure of TetR triple mutant (H64K, S135L, S138I) in complex with 4-ddma-atc 提交 2008-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 51–208（158 aa）片段：DNA-binding domain (residues 1-50) and the effector-binding domain (residues 51-208) 链 B 51–208（158 aa）片段：DNA-binding domain (residues 1-50) and the effector-binding domain (residues 51-208)	突变：H64K, S135L, S138I 突变：H64K, S135L, S138I	MG MAGNESIUM ION × 2 4DM (4aS,12aS)-3,10,11,12a-tetrahydroxy-6-methyl-1,12-dioxo-1,4,4a,5,12,12a-hexahydrotetracene-2-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；1M dipotassium hydrogen phosphate, 200mM sodium chloride, 50mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.06 Å R-free 0.261
3ZQF Structure of Tetracycline repressor in complex with antiinducer peptide-TAP1 提交 2011-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 188–208（21 aa）片段：RESIDUES 1-187,188-208	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；RESERVOIR: 3 M NACL, 0.1 M BIS-TRIS, PH 6.	分辨率 2.56 Å R-free 0.247
3ZQG Structure of Tetracycline repressor in complex with antiinducer peptide-TAP2 提交 2011-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 188–208（21 aa）片段：RESIDUES 1-187,188-208	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；RESERVOIR: 3 M NACL, 0.1 M BIS-TRIS, PH 6.5	分辨率 2.45 Å R-free 0.234
3ZQH Structure of Tetracycline repressor in complex with inducer peptide- TIP3 提交 2011-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 188–208（21 aa）片段：RESIDUES 1-187,188-208	突变：YES	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；0.2 M NACL, 0.1 M TRIS PH 9.0, 25% PEG 3350.	分辨率 1.60 Å R-free 0.224
3ZQI Structure of Tetracycline repressor in complex with inducer peptide- TIP2 提交 2011-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 188–208（21 aa）片段：RESIDUES 1-187,188-208 链 B 188–208（21 aa）片段：RESIDUES 1-187,188-208	突变：YES 突变：YES	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.2 M MAGNESIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE, PH 7.0, 20% PEG 8000.	分辨率 1.50 Å R-free 0.195
4ABZ TetR(D) in Complex with Tigecycline and Magnesium, co-crystallized 提交 2011-12-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 AAA 2–208（207 aa）	突变：A2S	T1C TIGECYCLINE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；Protein: 10.0 mg/mL TetR(D), 0.2M NaCl, 50 mM Tris/HCl, pH 8.0, 2mM [TigeTC], 2mM MgCl2. Precipitant: 1M (NH4)2SO4, 0.2M NaCl, 0.05M Tris/HCl, pH 8.0, 10mM MgCl2. Protein/precipitant 2+2 microL, against 0.5mL Precipitant.	分辨率 1.89 Å R-free 0.258
4AUX Tet repressor class D in complex with 9-nitrotetracycline 提交 2012-05-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–208（207 aa）片段：RESIDUES 2-208	未记录	XTC (4S,4aS,5aR,12aS)-4-(dimethylamino)-3,10,12,12a-tetrahydroxy-9-nitro-1,11-dioxo-1,4,4a,5,5a,6,11,12a-octahydrotetracene-2-carboxamide × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；1 M (NH4)2S04, 200 MM NACL, 5 MM MGCL2 AND 20 MM TRIS-HCL, PH 8.0 WITH 10 MG/ML TETR, 2 MM 9-NITROTC AND 5 MM MGCL2, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K	分辨率 2.25 Å R-free 0.258
4B1R Tetracycline repressor class D mutant H100A in complex with iso-7- Chlortetracycline 提交 2012-07-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–208（206 aa）片段：RESIDUES 3-208	突变：YES	ITC ISO-7-CHLORTETRACYCLINE × 2 CL CHLORIDE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M MES, PH 6.5, 0.6 M LI2SO4, 16.7 % PEG 4000	分辨率 1.95 Å R-free 0.260
4B3A Tetracycline repressor class D mutant H100A in complex with tetracycline 提交 2012-07-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–208（207 aa）片段：RESIDUES 2-208	突变：YES	TAC TETRACYCLINE × 2 CL CHLORIDE ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.5 M AMMONIUM SULPHATE, 1 M LITHIUM SULPHATE, 0.1 M MES PH 6.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.250
4D7M TetR(D) in complex with anhydrotetracycline and magnesium 提交 2014-11-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–208（207 aa）	未记录	TDC 5A,6-ANHYDROTETRACYCLINE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；50 MM TRIS-HCL PH 9.0, 1 M (NH4)2SO4, 70 MM NACL, 10 MM MGCL2	分辨率 1.55 Å R-free 0.217
4V2F Tetracycline repressor TetR(D), unliganded 提交 2014-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–208（206 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；PH 8.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.278
4V2G Tetracycline repressor TetR(D) bound to chlortetracycline and iso- chlortetracycline 提交 2014-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–208（206 aa）链 B 3–208（206 aa）	未记录	ITC ISO-7-CHLORTETRACYCLINE × 1 CTC 7-CHLOROTETRACYCLINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；PH 8.0	分辨率 2.71 Å R-free 0.252
6FPL TETR(D) E147A MUTANT IN COMPLEX WITH TETRACYCLINE AND MAGNESIUM 提交 2018-02-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–208（207 aa）	突变：A2S, E147A	TAC TETRACYCLINE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；Precipitant 0.1M Na-citrat, 0.8M Li2SO4, 0.5M (NH4)2SO4, 0.1mL Protein (10.19mg/ml, 0.1M MES pH 6.5) + 0.1mL 2mM Tc + 0.001mL 3M MgCl2 1:4 Precipitant/Protein	分辨率 1.60 Å R-free 0.221
6FPM TetR(D) T103A mutant in complex with tetracycline and magnesium 提交 2018-02-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–208（207 aa）	突变：A2S, T103A	TAC TETRACYCLINE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1M MES pH 6.5, 24% PEG 400, 70mM MgCl2. 2mM TC, 14.55mg/ml protein	分辨率 1.85 Å R-free 0.267
6FTS TETR(D) N82A MUTANT IN COMPLEX WITH PEG4 提交 2018-02-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–208（206 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；Precipitant: 2M (NH4)2SO4, 6% PEG400, 0.1M Tris pH8.5. 19.65mg/ml Protein, 2mM Tetracycline, 3M MgCl2.	分辨率 2.00 Å R-free 0.272
6QJW TetR(D) T103A mutant in complex with 7-chlortetracycline and magnesium 提交 2019-01-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–208（207 aa）	突变：A2S, T103A	CTC 7-CHLOROTETRACYCLINE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Precipitant: 30%PEG 400, 0.1M MES pH 6.5, 60 mM MgCl2. Protein: 12.15 mg/mL protein in 100mM NaCl, 50 mM Tris buffer, pH 8.0, 4mM 7ClTc, 3M MgCl2. Protein/precipitant 1/1	分辨率 2.10 Å R-free 0.290
6QJX TetR(D) T103A mutant in complex with minocycline and magnesium 提交 2019-01-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–208（207 aa）	突变：A2S, T103A	MIY (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；Precipitant: 0.1 M MES pH 6.5, 24% PEG 400, 70 mM MgCl2. Protein: 14.55 mg/mL protein in 100mM NaCl, 50 mM Tris buffer, pH 8.0, with 2mM MinoTc, 0.38 uL 3M MgCl2. Precipitant/protein 1/4.	分辨率 2.10 Å R-free 0.280
6RBL TETR(D) E147A MUTANT IN COMPLEX WITH DOXYCYCLINE AND MAGNESIUM 提交 2019-04-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–208（207 aa）	突变：A2S, E147A	DXT (4S,4AR,5S,5AR,6R,12AS)-4-(DIMETHYLAMINO)-3,5,10,12,12A-PENTAHYDROXY-6-METHYL-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2-CARBOXAMIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Precipitant: 2.0M (NH4)2SO4, 3% PEG 400, 0.1M MES pH 6.5, Protein: 0.1mL protein, 0.1,L 2mM doxyTc, 0.001mL 3M MgCl2, 100mM NaCl, 50mM Tris pH8.0, 1/3 protein/precipitant	分辨率 1.90 Å R-free 0.246
6RBM TETR(D) E147A MUTANT IN COMPLEX WITH MINOCYCLINE AND MAGNESIUM 提交 2019-04-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–208（207 aa）	突变：A2S, E147A	MIY (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；precipitant: 0.5M (NH4)2SO4, 0.68M Li2SO4, 0.1M Na-citrate, protein: 0.1mL protein, 0.1mL 2mM minoTc, 0.0005mL 3M MgCl2, 100 mM NaCl, 50 mM Tris pH 8.0, ratio 2/2	分辨率 2.05 Å R-free 0.263
6RCR TETR(D) H100A MUTANT IN COMPLEX WITH DOXYCYCLINE AND MAGNESIUM 提交 2019-04-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–208（207 aa）	突变：A2S, H100A	DXT (4S,4AR,5S,5AR,6R,12AS)-4-(DIMETHYLAMINO)-3,5,10,12,12A-PENTAHYDROXY-6-METHYL-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2-CARBOXAMIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；precipitant: 0.5M (NH4)2SO4, 1.0M Li2SO4, 0.1 M MES pH 6.5, protein: 0.050mL protein(10mg/mL), 0.050mL 2mM doxyTc, 0.0005mL 3M MgCl2, 100mM NaCl, 50mM Tris pH 8.0, 371 protein/precipitant	分辨率 2.05 Å R-free 0.257
6RGX TETR(D) N82A MUTANT IN COMPLEX WITH DOXYCYCLINE AND MAGNESIUM 提交 2019-04-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–208（206 aa）链 B 3–208（206 aa）	突变：A2S, N82A 突变：A2S, N82A	CL CHLORIDE ION × 10 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 DXT (4S,4AR,5S,5AR,6R,12AS)-4-(DIMETHYLAMINO)-3,5,10,12,12A-PENTAHYDROXY-6-METHYL-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2-CARBOXAMIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；precipitant: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.75M (NH4)2SO4, 5% PEG 400, 0.2M NaCl, protein: 0.1mL protein, 0.3mL 2mM doxyTc, 0.001mL 3M MgCl2, 100mM NaCl, 50mM Tris, pH 8.0, Protein/precipitant 2/2	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
6YR1 TetR(D) soaked with Tigecycline I4(1)22 提交 2020-04-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 AAA 2–208（207 aa）	突变：A2S	T1C TIGECYCLINE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Native crystal soaked in 1M (NH4)2SO4, 0.2M NaCl, 0.05M Tris/HCl, pH 7.0, 0.0142 mM Tigecycline, 2mM MgCl2, 22days	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
6YR2 TetR(D) soaked with Tigecycline P4(1)2(1)2 提交 2020-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 AAA 2–208（207 aa）链 BBB 2–208（207 aa）	突变：A2S 突变：A2S	SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 8 T1C TIGECYCLINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；Native crystal soaked in 1M (NH4)2SO4, 0.2M NaCl, 0.05M Tris/HCl, pH 7.0, 0.142 mM TigeTC, 2mM MgCl2, 14hours.	分辨率 1.95 Å R-free 0.237

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	TETR4_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–207； UniProt 1–207

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2o7o
沉积日期 deposition_date	2006-12-11
结构标题 title	Crystal structure analysis of TetR(D) complex with doxycycline
关键词 keywords	helix-turn-helix, metal coordination, TRANSCRIPTION REGULATOR; TRANSCRIPTION REGULATOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.21 Å
零角强度 I(0) i0	10785100.00
分子量 molecular_weight	23888.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29733 Å³
包络体积 envelope_volume	36815 Å³
水化壳体积 shell_volume	16312 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.7 Å
壳层 Rg shell_rg	25.30 Å
包络 Rg envelope_rg	20.73 Å
形状 Rg shape_rg	20.19 Å
总 Rg total_rg	21.05 Å
总原子数 total_atoms	1681
残基数 n_residues	207
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.1 Å
Rg (实空间) rg_real	20.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0790e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5870e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10790000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7958
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	20.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.359
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.425
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2352000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.805; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.928; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tetracycline repressor protein class D
分子量 formula_weight	23288.3 kDa
突变 mutation	A2S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1803

SRLNRESVIDAALELLNETGIDGLTTRKLAQKLGIEQPTLYWHVKNKRALLDALAVEILARHHDYSLPAAGESWQSFLRNNAMSFRRALLRYRDGAKVHLGTRPDEKQYDTVETQLRFMTENGFSLRDGLYAISAVSHFTLGAVLEQQEHTAALTDRPAAPDENLPPLLREALQIMDSDDGEQAFLHGLESLIRGFEVQLTALLQIV

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;(4S,4AR,5S,5AR,6R,12AS)-4-(DIMETHYLAMINO)-3,5,10,12,12A-PENTAHYDROXY-6-METHYL-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2-CARBOXAMIDE ;
分子量 formula_weight	444.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	102

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2o7oa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.9 — Tetracyclin repressor-like, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2o7oa2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.121 — Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	a.121.1 — Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain
家族 Family family	a.121.1.1 — Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2o7oA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	2o7oA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	357 — Tetracycline Repressor; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetracycline Repressor, domain 2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	65.830 Å
晶胞边长 b length_b	65.830 Å
晶胞边长 c length_c	179.502 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.890 Å
最低分辨率 resolution_low	19.340 Å
R 因子 r_factor	0.2042
R_work r_work	0.2021
R_free r_free	0.2432

fit	/app/data/saxs_computation/o7/2o7o/2o7o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o7/2o7o/2o7o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o7/2o7o/2o7o.dat